İNŞaat mühendiSLİĞİ anabiLİm dali

Definition Of Physical Symmetries in Noncommutative Space Time and Its Physical Applications
We have investigated space-time symmetric features of non-commutative space. We have also attempted to construct a supergravity model on non-commutative space. We realize that the theory should be superconformal due to the requirements imposed by the gauge theoretical limitations. We have also analysed some of the features of nonasssociative product which appear in the dynamics of closed and open string moving on a curved background. In this context, we discuss the effect of nonassociative Kontsevich product on the gauge invariance. We have applied the Kontsevich product to the gauge transformations of Ricci scalar and some other elements of gravity. We find that the gauge invariance must be restored because Kontsevich product or any other non-associative product is not loyal to the gauge invariance.

In the second part of the thesis, we demonstrate that when Scherk-Schwarz twist is imposed on the theory, S-duality still survives between heterotic and type IIA theory in four dimensions. We have type IIA theory obtained by dimensional reduction from 6-dimensional theory when T^2 space has an SS twist. We also have heterotic theory obtained from the same six dimensional theory when T^2 space had a similar but different SS twist. We showed that one can establish a massive S-Duality between these two theories. Also we demonstrated that the resulting theory can be put in a gauge supergravity formalism, the most general form of which is given by Schön and Weidner .

  

CIKIT Serpil
Danışman : Prof. Dr. K. Gediz AKDENİZ

Anabilim Dalı : Fizik

Programı : Atom ve Molekül Fiziği

Mezuniyet Yılı : 2014

Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. K. Gediz AKDENİZ

Prof. Dr. Nurten ÖNCAN

Prof. Dr. Handan GÜRBÜZ

Prof. Dr. Oya OĞUZ

Prof. Dr. Gönül BAŞAR

Optik Örgülerde Düzensizlik: Aşırı Soğuk Atomik Gazlarda Lokalizasyon Etkileri
Bir boyutlu optik örgü potansiyeli içinde bozon(⁴¹K)-bozon(⁸⁷Rb) karışımının Bose-Einstein yoğunlaşması farklı düzensizlikler altında incelenmiştir. Sistemin durumu sıkı bağlılık Bose-Hubbard Hamilton fonksiyonu ile belirlenmiş, durum yoğunluğu ve yerelleşme özelliklerini elde edebilmek için Green fonksiyonu yaklaşıklığı kullanılmıştır. Kısa-mesafe ilişkilendirilmiş düzensizlikli bir optik örgüde site enerjilerinin değişimi ile sistemin faz durumunun analizi yapılmış ve siteler arasındaki enerji farkı artışı ile sistemin lokalize olduğu görülmüştür.
Kısa-mesafe ve uzun-mesafe ilişkilendirilmiş düzensizlik altında her iki sistem için hoplama enerjisinin değişimin sistemin faz durumuna etkisi incelenmiş ve her iki sistemin karşılaştırması yapılmıştır. Her iki sistem için hoplama enerjisi artarken durum yoğunluklarının benzer davranış gösterdiği görülmüştür.

Disorder In Optical Lattices : Localization Effects In Ultracold Atomic Gases
The mixture of boson(⁴¹K)-boson(⁸⁷Rb) in one dimensional optical lattice Bose-Einstein Condensation are studied for different disorders. State of the system are determined with tight-binding Bose-Hubbard Hamiltonian. To examine density of state and lozalization properties are used Green function approach. State of the system within an optical lattice with short-range correlated disorder are analyised with changing of the site’s energy and it is determined that system is localized with increasing energy difference between sites.
With changing the hopping energy, state of the system is investigated for both of the system which is under short-range and long-range correlated disorder and is compared both of the systems. It is showed that density of the systems are similar as hopping energy increase for both of the systems.

2. BİYOLOJİ ANABİLİM DALI

  
KARATUĞ Ayşe

Danışman : Prof. Dr. Şehnaz BOLKENT

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı : Zooloji

Mezuniyet Yılı : 2014

Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. Şehnaz BOLKENT

Prof. Dr. Refiye YANARDAĞ

Prof. Dr. Kadriye AKGÜN DAR

Prof. Dr. Ayşen YARAT

Prof. Dr. Tülin AKTAÇ

Sıçan İnsülinoma β-Hücrelerinde (INS-1) 4-Metilkatekol’ün Etkileri
İnsülinoma, pankreasın endokrin kısmını oluşturan Langerhans adacıklarının beta hücrelerinden kaynaklanan ve insülin salgılayan bir tümördür. Sağlıklı bireylerde artan kan glukozunu düşürmek için beta hücrelerinden insülin salgılanır. Kan glukozu homeostaza ulaşınca inhibe edici bir mekanizma insülinin fazla salınımını durdurur. Oysa, bu mekanizma insülinoma da insülin salınımını düzenlemez ve insülinomalar insülin salınımına devam eder. 3, 4-dihidroksitoluen olarak da bilinen 4-metilkatekol bir katekolamin türevidir ve reaktif oksijen türlerini üreterek sitotoksik etkisini gösterdiği bilinmektedir. Çalışmanın amacı sıçan insülinoma β-hücrelerine (INS-1) uygulanan 4-metilkatekol’ün hücre ölümüne neden olan dozlarının belirlenerek, bu dozlarda hücrelerin hangi ölüm tipi ile öldüğünü ve meydana gelen hücre ölümünün moleküler mekanizmasını araştırmaktır.
Çalışmada insülinoma INS-1 hücre soyu kullanılmıştır. Hücre ölümünün olduğu dozlarda hücrenin erken apoptoz, geç apoptoz ve nekroz ölüm tiplerinden hangisi ile hangi oranda öldüğünü belirlemek için hücreler akridin oranj/etidyum bromür ile işaretlenerek floresan mikroskobunda görüntülenmiştir. Apoptoz kiti kullanılarak bu dozlardaki apoptoz oranı ve sitotoksisite kiti kullanılarak da nekroz oranı spektrofotometrik olarak hesaplanmıştır. Reaktif oksijen türlerini diklorofloressin diasetat ile, mitokondri membran potansiyel kaybı ise 3,3′-diheksiloksakarbosiyanin iyodit ile hücrelerin inkübasyonu sonucu spektrofotometrik olarak gösterilmiştir. Hücre içi ATP ve GTP azalması yüksek performanslı likit kromotografisi ile belirlenmiştir. Hücre içi ve sekresyonundaki insülin miktarı insülin ELISA kiti kullanılarak hesaplanmıştır. Ekzojen verilen 4-metilkatekol sonucu hücreleri ölüme götüren dozlarda JNK/ERK hücre sinyal yolağı incelenmiştir. Hem aktif hem de total JNK ve ERK miktarları ELISA yöntemi ile gösterilmiştir. Hücre içinde MAPK yolağında fonksiyonel olan p-RAF1, hem aktif hem total Elk1, c-Jun ve ATF2 transkripsiyon faktörleri, ısı şok proteinlerinden Hsp 70, Hsp 90, hem hücre içi hem de hücre sekresyonunda Betasellülin ve inhibin beta-A miktarları western blot yöntemi ile gösterilmiştir. Protein seviyeleri belirlenen moleküllerin ekpresyon dereceleri q-RT-PCR ile elde edilen Ct değerlerinden hesaplanmıştır.
INS-1 hücrelerinde 4-metilkatekol’ün 250-450 M arasındaki dozlarında hücre ölümünün olduğu gözlenmiştir. Belirlenen dozlarda apoptoz ile meydana gelen hücre ölümünün kontrol grubuna göre anlamlı bir artış gösterdiği hesaplanmıştır. 350, 400 ve 450 M 4-metilkatekol verilmesi ile apoptoza kıyasla daha yüksek oranda nekrotik hücre ölümü gözlenmiştir. Bu dozlarda laktat dehidrogenaz değerlerinde, reaktif oksijen türlerinde ve mitokondri membran potansiyel kaybında artış gözlenmiştir. ATP ve GTP azalması da bulgularımızı desteklemektedir.
JNK ve ERK hücre sinyal yolağına bakıldığı zaman ise, 4-metilkatekol verilmesi ile belirlenen dozlarda kontrol grubuna göre p-RAF1 aktivitesinde artma, ekspresyonunda azalma, total JNK miktarında azalma, aktif JNK miktarınında artma, ekpresyonunda azalma, total c-Jun miktarında artma bulunurken, aktif c-Jun miktarında ve ekspresyonunda değişiklik bulunmamıştır. Total ATF2 ve aktif ATF2 miktarlarında herhangi bir değişiklik gözlenmezken, ekpresyonunda azalma gözlenmiştir. Total ERK miktarı değişmezken, aktif ERK’da ve ekpresyonunda azalma görülmüştür. Total Elk1 ve aktif Elk1 miktarlarında değişiklik olmamıştır, ancak Elk1 ekspresyonunda azalma bulunmuştur. Isı şok proteinlerinden Hsp 70 ve Hsp 90 miktarlarında ve ekpresyonlarında gruplar arasında değişiklik bulunmamıştır. Betasellülin hem hücre içinde ve sekresyonda hem de ekpresyonda azalma göstermiştir. İnhibin beta A’nın ise hücre içi ve sekresyonda değişiklik görülmezken, ekspresyonda azalma dikkati çekmiştir.
Hücre içi insülin miktarında gruplar arasında fark gözlenmezken, Ins1 ekspresyonunda azalma görülmüştür. 4-metilkatekol’ün artan dozlarında düşük doz glukoz verilmesi ile insülin sekresyonu artarken, yüksek doz glukoz verilmesi sonucu gruplar arasında herhangi bir değişiklik gözlenmemiştir. Ayrıca GLUT2 ekspresyonunda azalma bulunmuştur.
Sonuç olarak, 250-450 M dozlarda 4-metilkatekol’ün insülinoma INS-1 hücrelerine uygulanması ile hücre ölümü gerçekleşmektedir. 350, 400 ve 450 M 4-metilkatekol verilmesi ile hücreler apoptoza oranla daha fazla olarak nekrotik ölüme gitmektedir. Hücrelerin bu nekrotik hücre ölümünü, i) fosforile olan RAF1 ve transkripsiyon faktörü c-Jun ile JNK yolağının aktif hale gelmesi, ii) Hsp 70 ve Hsp 90’nın hücre içerisinde herhangi bir değişiklik göstermeyerek, JNK yolağınının aktif halde kalması sonucunda gerçekleştirdiğini düşünmekteyiz.

The Effects of 4-Methylcatechol in Rat Insulinoma β-cells (INS-1)
Insülinoma is a tumor originating from the beta cells of the Langerhans islets, which form the endocrine part of the pancreas and secretes insulin. In healthy individuals, insulin is secreted from the beta cells in order to decrease the increased blood glucose. When the blood glucose reaches homeostasis, an inhibitory mechanism stops the excessive secretion of insulin. However, insulin secretion could not be regulated by this mechanism in insülinoma and insülinomas continue insulin secrection. 4-methylcatechol, which is also known as 3,4-dihydroxytoluene, is a catecholamine derivative and it is known that it show a cytotoxic effect by generating reactive oxygen species. The aim of this study was to determine the doses of 4-methylcatechol that caused cell death in rat insülinoma β-cells (INS-1), to find out the type of cellular death at these doses, and to investigate the molecular mechanism of cellular death occurred.
In this study, we have used INS-1 cell line. In order to determine the death rate of the cell along with what type of death (early apoptosis, later apoptosis, and necrosis) occurred at the doses causing cellular death, the cells were marked with acridine orange/ethidium bromide and visualized under fluorescent microscope. Under these doses, the apoptosis rate with apoptose kit and necrosis rate with cytotoxicity kit were measured as spectrophotometric method. Reactive oxygen species were shown by using dichlorofluorescein diacetate and mitochondrial membrane potential loss was indicated with 3,3'-dihexyloxycarbocyanine iodide, both spectrophotometric method, as a result of incubation of the cells. High-performance liquid chromatography was used to determine the intracellular ATP and GTP decrease. The amount of insulin in the cell and the secretion were calculated by using insulin ELISA kit. The JNK/ERK cellular pathway was investigated at the cell death-causing doses after exogeneously administered 4-methylcatechol. Both active and total JNK and ERK amounts were shown with the ELISA method. In the MAPK pathway, functional p-RAF1, both active and total Elk1, c-Jun and ATF2 transcription factors, heat shock proteins (Hsp 70 and Hsp 90) were shown in the cell. Betacellulin and inhibin beta-A amounts were shown in both the cell and the secretion with western blot method. Expression levels of the molecules that determined the protein levels were calculated from the Ct values obtained with q-RT-PCR method.
It was shown that cellular death was observed in between 250-450 µM doses of 4-methycatechol in INS-1 cells. We calculated that there was a significant increase of apoptotic cell death at determined doses compared to control group. It was observated more necrotic cells than apoptosis with administration of 350, 400, and 450 µM 4-methylcatechol. Lactate dehydrogenase levels, reactive oxygen species, and mitochondrial potential loss were increased at these doses. Our findings were supported by ATP and GTP losses.
When JNK and ERK cellular pathway were screened, an increase in p-RAF1 activity, a decrease in its expression, a decrease in the total JNK amount, an increase in active JNK amount, a decrease in its expression, an increase in total c-Jun amount were found, but no change in active c-Jun amount and its expression were observed by 4-methylcatechol administration when compared to control group at determinated doses. Total ATF2 and active ATF2 amounts did not lead to any change, but there was a decrease in its expression. Total ERK amount did not change, but active ERK and its expression did decrease. There was no change in total Elk1 and active Elk1 amounts, but it was found a decrease in Elk1 expression. The amounts of Hsp 70 and Hsp 90 from heat shock proteins their expressions were not found a change in between the groups. Betacellulin was decreased in the cell, the secretion and its expression. Inhibin beta A did not lead to a change in the cell and the secretion, while a decrease in its expression was noticed.
Intracellular insulin amount did not change significantly in between the groups, but Ins1 expression showed a decrease. Insulin secrection increased with giving a low dose of glucose in increasing doses of 4-methylcatechol, whereas there was no difference in between the groups with giving a high dose of glucose. In addition, a decrease was observed in GLUT2 expression.
As a result, cellular death occurred when 4-methylcatechol was applied to insülinoma INS-1 cells at 250-450 µM doses. Giving 350, 400, and 450 µM 4-methylcatechol led to more necrotic death of the cells. We concluded that cells perform necrotic death by the following options: i) phosphorylated RAF1 activates the JNK pathway with the activity of transcription factor c-Jun, ii) Hsp 70 and Hsp 90 did not show a change inside the cell, rendering the JNK pathway active.

3. MATEMATİK ANABİLİM DALI

  
ÜNLÜ Canan

Danışman : Prof. Dr. İ. Müfit GİRESUNLU

Anabilim Dalı : Matematik

Programı : -

Mezuniyet Yılı : 2014

Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. İ. Müfit GİRESUNLU

Prof. Dr. Mehmet AHLATÇIOĞLU

Prof. Dr. Mustafa SİVRİ

Prof. Dr. Yusuf AVCI

Prof. Dr. Serap ÖZTOP

Kesirli Türevli Diferansiyel Denklemler ve Çözüm Yöntemleri
Bu tez çalışmasında, kesirli türevli diferansiyel denklemler için bazı çözüm yöntemleri ele alınmıştır. Bu yöntemler, varyasyonel iterasyon yöntemi ve modifiye varyasyonel iterasyon yöntemidir. Lineer olmayan kesirli mertebeden diferansiyel denklem sistemlerini çözmek için varyasyonel iterasyon yönteminin bir modifikasyonu verilmiştir. Lineer olmayan kesirli mertebeden Van der Pol, Brusselator ve Genesio-Tesi diferansiyel denklem sistemlerinin hem standart varyasyonel iterasyon yöntemi hem de modifiye varyasyonel iterasyon yöntemi ile yaklaşık çözümleri bulunmuş ve bu çözümler grafiklerle gösterilmiştir. Böylece varyasyonel iterasyon yöntemi ve modifiye varyasyonel iterasyon yöntemiyle elde edilen yaklaşık çözümlerin karşılaştırılması yapılmıştır. Sonuç olarak, modifiye varyasyonel iterasyon yöntemiyle elde edilen seri çözümlerin, standart varyasyonel iterasyon yöntemiyle elde edilen seri çözümlere göre tam çözüme daha hızlı yakınsadığı gösterilmiştir.
 

Fractional Differential Equations and Their Solution Methods
In this thesis study, some solutions methods are presented for fractional differential equations. These methods are the variational iteration method and a modification of the variational iteration method. A modification of the variational iteration method for solving systems of nonlinear fractional-order differential equations is proposed. Approximate solutions of systems of nonlinear fractional-order Van der Pol, Brusselator and Genesio-Tesi are obtained by standard variational iteration method and modification of variational iteration method and these approximate solutions are showed by graphs. Thus, these approximate solutions obtained from variational iteration method and modification variational iteration method are compared with each others. It is demostrated that series solutions obtained by using modification of the variational iteration method converges exact solution faster relative to the approximate solutions by standard variational iteration method.


EMİROĞLU Esra
Danışman : Prof. Dr. İ. Müfit GİRESUNLU

Anabilim Dalı : Matematik

Programı : -

Mezuniyet Yılı : 2014

Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. İ. Müfit GİRESUNLU

Prof. Dr. Müjgan TEZ

Prof. Dr. Alp EDEN

Prof. Dr. Erhan ÖZDEMİR

Yard. Doç. Dr. Kadri Ulaş AKAY


Optimizasyon Uygulaması Olarak Regresyon Parametrelerinin Tahmini
Yanıt degiskeninde aykırı degerler oldugunda ya da hatalar uzun-kuyruklu dağılımda oldugunda En Küçük Mutlak Sapma (Least Absolute Deviation, LAD) regresyonu popular En Küçük Kareler (Least Squares, LS) regresyonuna güçlü bir alternatifdir. En Küçük Mutlak Daralma ve Seçim Operatoru (Least Absolute Shrinkage and Selection Operator, LASSO) degisken seçimi ve parametre tahmini için populer bir seçimdir. Bu iki klasik yöntemin birlestirilmesiyle elde edilen En Küçük Mutlak Sapma ve En Küçük Mutlak Daralma ve Seçim Operatörü (Least Absolute Deviation and Least Absolute Shrinkage and Selection Operator, LAD-LASSO) degisken seçimini ve parametre tahminini aynı anda yapabilen, uzun kuyruklu dagılımlara ve aykırı degerlere dirençli olan bir tahmin edicidir. Bu tezin amacı, LAD-LASSO problemini yeniden formüle etmek ve yeniden formüle ettigimiz LAD-LASSO problemini Matematik Programlamanın çözüm yöntemlerinden Simpleks Yöntem ile çözmektir.

Estimation of Regression Parameters as Optimization Application
The least absolute deviation (LAD) regression is more robust alternative to the popular least squares (LS) regression whenever there are outliers in the response variable, or the errors follow a heavy-tailed distribution. The least absolute shrinkage and selection operator (LASSO) is a popular choice for shrinkage estimation and variable selection. By combining these two classical ideas, Least Absolute Deviation and Least Absolute Shrinkage and Selection Operator (LAD-LASSO) is an estimator which is able to perform shrinkage estimation while at the same time selecting the variables and is resistant to heavy-tailed distributions and outliers. The aim of this thesis is to reformulate LAD-LASSO problem and solve this reformulated LAD-LASSO problem with the Simplex Algorithm, which is a subject of Mathematical Programming.

4. MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI
  

ADIGÜZEL Zelal
Danışman : Prof. Dr. Nazlı ARDA

Anabilim Dalı : Moleküler Biyoloji ve Genetik

Programı : -

Mezuniyet Yılı : 2014

Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. Nazlı ARDA

Prof. Dr. Ayşegül TOPAL SARIKAYA

Prof. Dr. Süha YALÇIN

Prof. Dr. Kemal BAYSAL

Doç. Dr. Ali KARAGÖZ

İnsan Torasik Aortik Anevrizmalarında Oksidatif Stres ve Apoptozla İlişkili Gen Anlatımlarının İncelenmesi
Torasik aortik anevrizma (TAA), nispeten nadir görülen, ölüm riski çok yüksek bir hastalıktır. Reaktif oksijen türlerinin (ROT) bu hastalığın patogenezinde önemli bir rolü olduğu gösterilmiştir. Artmış oksidatif stres, aorttaki düz kas hücrelerinde apoptoza yol açar. Bu hücrelerin kaybı TAA gelişimine yol açan en önemli faktörlerden biridir.
Bu çalışmanın amacı, torasik aortik anevrizmalı (deney grubu) ve anevrizmasız (kontrol grubu) dokulardan çıkan hücrelerde oksidatif stres ve apoptoz ile ilgili bazı genlerin anlatım düzeylerini karşılaştırarak TAA’da ölüm yolaklarına ilişkin mevcut bilgilere katkıda bulunmaktır.
Anevrizmalı ve anevrizmasız dokular, Kartal Koşuyolu Eğitim ve Araştırma Hastanesindeki uzman hekimler tarafından, etik kurul onayı ile cerrahi operasyon sırasında toplandı. Doku örnekler kullanılarak primer hücre kültürleri kuruldu. Düz kas hücrelerinde oksidatif stresi indüklemek için oksisteroller (7-ketokolesterol ve 25-hidroksikolesterol) kullanıldı. Bu ajanlar uygulandıktan sonra hücre içi ROT düzeyleri belirlendi. ROT’a bağlı ölüm yanıtı, antioksidan (resveratrol ve N-asetilsistein) uygulamaları ile doğrulandı. Oksidatif strese karşı bu hücrelerin apoptoz mekanizmasıyla öldüğü, canlı hücre mikroskopisi, DNA kondensasyonu/ fragmentasyonu analizleri ve kaspaz 3 aktivitesi ölçümleriyle belirlendi.
Seçilen bir dizi genin (Bax, p53, kaspaz 3, Akt1 ve Akt2), TAA hücrelerinin apoptozundaki rolü gen susturma teknolojisiyle araştırıldı. Gen susturma etkinliği, gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PZR) ile doğrulandı. Ek olarak, oksidatif stres yanıtı ile ilişkili SOD ve Nox4 genlerinin anlatım düzeyleri incelendi.
Oksisterollerin hem deney hem de kontrol hücrelerinde oksidatif stresi indükleyerek apoptoza yol açtığı ve kaspaz 3 aktivitesini artığı belirlendi. Bununla beraber bu hücrelerde apoptotik genlerden Bax, p53 ve kaspaz 3’ün ve oksidatif stres yanıtı genlerinden SOD ve Nox4’ün anlatım düzeyi anlamlı bir değişim göstermedi.
Bu bulgularla, 1) TAA’larda oksisterollerle indüklenen oksidatif stresin apoptoz ile sonuçlanarak hücrelerin ölümüne yol açtığı; 2) SOD ve Nox4 anlatımını değiştirmediği; 3) hücre ölümünün Bax, p53 ve kaspaz 3 moleküllerinden bağımsız meydana geldiği; 4) anti-apoptotik Akt1 ve Akt2 gen anlatımlarının azaltılması ile hücre ölümünün artmadığı ve 5) tüm bu süreçlerin anevrizmasız dokulardan çıkan hücrelerdekine benzer bir şekilde gerçekleştiği sonucuna varıldı.
TAA’nın tüm mekanizmasını daha iyi anlamak için ilgili tüm genleri protein düzeyinde de çalışmak ve diğer ölüm yolaklarını araştırmak gereklidir.

Investigation of Gene Expressions Related to Oxidative Stress and Apoptosis in Human Thoracic Aortic Aneurysms
Thoracic aortic aneurysm (TAA) is a relatively rare disease with a high risk of mortality. It has been shown that reactive oxygen species (ROS) play an important role in the pathogenesis of this disease. Increased oxidative stress induces apoptosis in smooth muscle cells within the aorta. Loss of these cells is one of the prominent factors lead to development of TAA.
The aim of this study is to contribute to current knowledge on death pathways in TAA by comparing the expression levels of some genes related to oxidative stress and apoptosis in smooth muscle cells from aneurysmal (experimental group) and non-aneurysmal (control group) tissues.
Both aneurysmal and non-aneurysmal tissues were collected during the surgical operation by expert medical doctors at Kartal Kosuyolu Training and Research Hospital with the approval of ethics council. Primary cell cultures were established using the tissue samples. Oxysterols (7-ketocholesterol and 25-hydroxycholesterol) were used to induce oxidative stress in smooth muscle cells. Intracellular ROS levels were determined after the treatment with these agents. The cell death in response to ROS was confirmed via treatment with antioxidant agents, resveratrol and N-acetylcysteine. The mean of cell death via apoptosis was determined by live cell imaging microscopy, DNA condensation/fragmentation analyses and caspase 3 activity measurements.
The role of a selected set of genes (Bax, p53, caspase 3, Akt1 and Akt2) in the apoptosis of TAA cells was investigated using gene silencing technology. The silencing efficiency was verified using real-time polymerase chain reaction (RT-PCR). In addition, expression levels of SOD and Nox4 genes involving oxidative stress response were analyzed.
It was observed that oxysterols caused apoptosis through inducing oxidative stress, and increased caspase 3 activity in both experimental and control cells. However, expression level of apoptotic genes, Bax, p53 and caspase 3, and oxidative stress response genes, SOD and Nox4 did not change significantly in these cells.
With these findings, it was concluded that 1) the oxidative stress response has triggered cell death via apoptotic pathways in TAAs; 2) SOD and Nox4 expression levels have not changed; 3) cells could undergo apoptosis independent of Bax, p53 and caspase 3; 4) cell death has not been enhanced by silencing anti-apoptotic genes, Akt1 or Akt2; and 5) all these processes in TAAs have occurred similar to non-aneurysmal tissues.
For a better understanding of whole mechanism of TAA all related genes might be studied on protein level and other death pathways should also be investigated.