Tez özetleri Astronomi ve Uzay Bilimleri Anabilim Dalı

Yasemin GÜLEÇAL

I.Danışman: Prof.Dr. Mustafa TEMEL

II.Danışman: Doç.Dr.D’Arcy MEYER-DOMBARD

Anabilim Dalı: Su Ürünleri Temel Bilimler

Programı (varsa): İçsular Biyolojisi

Mezuniyet Yılı: 2012

Tez Savunma Jürisi: Prof.Dr. Mustafa TEMEL

Prof.Dr. Halil İbrahim SUR

Prof.Dr. Nuran ÜNSAL

Prof.Dr. Barış ÇALLI

Prof.Dr. Serap PULATSÜ
Tezin Türkçe Adı: JEOTERMAL SULARDAKİ MİKROORGANİZMALARIN AZOT DÖNGÜSÜNDEKİ ROLLERİNİN GENETİK OLARAK ARAŞTIRILMASI
Türkçe Özet : Bu çalışma University of Ilinois at Chicago, Earth and Environmental Science Department ta gerçekleştirilmiştir. Sunulan çalışmada jeotermal kaynak zenginliğinde dünyada 7.sırada olan ülkemizde, genetik yöntemlerle mikroorganizmaların biyolojik azot döngüsünündeki rollerinin saptanması hedeflenmiştir ve buna bağlı olarak mikrobiyal çeşitliliğin incelenmesi amaçlanmıştır.

Pamukkale, Karahayıt, İnaltı, Tekke, Babacık, Hisarköy, Yalova , Kara Mustafa Paşa ve Koza jeotermal kaynaklarından alınan örneklerden genomik DNA izolasyonu yapılmış ve spesifik primerler kullanılarak 16S rRNA geni ve azot döngüsünde görevli genler olan nirS, narG, nifH, amoA bakteri ve amoA arkea genleri PZR ile çoğaltılmıştır. Mikrobiyal çeşitliliğin tespiti için yeni bir teknik olan pyrosequencing DNA dizi analiz metodu kullanılmıştır. Elde edilen ham veriler analiz edilecek hale getirildikten sonra, istatistiki olarak yorumlanmıştır. Elde edilen veriler sonucunda termal kaynaklarımızın mikrobiyal çeşitliliğin yüksek olduğu sonucuna varılmıştır. Azot döngüsünde görevli nirS, narG, nifH, amoA bakteri ve amoA arkea genleri klonlamadan sonra Sanger metodu ile DNA dizi analizi yapılarak elde edilen verilerden filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur. Azot fiksasyonunda fonksiyonel olan nifH geni tüm örnek yerlerinde tespit edilmiştir. Denitrifikasyon genlerinden olan nirS geni İnaltı,Koza, Karahayıt ve Pamukkale numuneleri klonlarak filogenetik analizi yapılmıştır. Diğer bir denitrifikasyon geni olan narG geni, Koza, Pamukkale ve Karahayıt örnekleriden klonlarak, DNA dizileri elde edilmiştir. NCBI gen bankasında yapılan karşılaştırılmalardan sonra jeotermal alanlarda narG genini ilk defa bu çalışma sayesinde bulunduğu anlaşılıp, elde edilen diziler NCBI gen bankasına kaydettirilmiştir. Nitrifikasyonda rol alan amoA bakteri geni Pamukkale’den, amoA arkea geni yüksek sıcaklığa sahip olan İnaltı kaynağında tespit edilmiş ve diğer tespit edilen genler gibi NCBI gen bankasına kayıt ettirilmiştir.

Azot döngüsünde aktif olarak rol alan mikroorganizmalar ülkemiz jeotermal kaynaklarında ilk defa yapılan bu çalışma sonucunda tespit edilmiş ve ekstrem bir habitat olmasına karşın çeşitliliğin yüksek olduğu gözlemlenmiştir. Elde edilen sonuçlardan yola çıkarak jeotermal kaynaklarımızda gelecekte yapılacak olan azot döngüsü çalışmalarına bir temel oluşturacaktır. Ayrıca enzimleri açısından ekonomik değere sahip olan termofillerin ,ülkemizde ki çeşitliliğinin bilinmesi bu yöndeki çalışmalara ışık tutacaktır.

Tezin Yabancı Dildeki Adı: GENETIC INVESTIGATION THE ROLES OF MICROORGANISMS ON THE NITROGEN CYCLE IN HOT SPRINGS
Yabancı Dildeki Özeti: This study has been performed at Earth and Environmental Science Department, University of Illinois at Chicago. The objective of the study is to determine the roles of microorganisms on biologic nitrogen cycle through genetic methods in our country which is on the 7th grade in world in means of geothermal resource richness. Besides, it has been aimed to analyze microbial diversity in details.
Genomic DNA isolation has been made on the samples taken from the geothermal resources of Pamukkale, Karahayıt, İnaltı, Tekke, Babacık ,Hisarköy, Yalova, Kara Mustafa Paşa and Koza. By using specific primers, 16S rRNA gene and the genes taking part in nitrogen cycle nirS, narG, nifH, amoA bacteria and amoA archaea genes have been amplified with PCR. In order to determine microbial diversity, a new technique pyrosequencing has been applied. After the raw data obtained have been made ready for analysis, statistical interpretations have been made. As a result of all the data, it has been concluded that microbial diversity in our geothermal resources is high. The DNA sequence analyses of the genes taking part in nitrogen cycle nirS, narG, nifH, amoA bacteria and amoA archaea genes have been carried out with Sanger method after cloning and phylogenetic trees have been made out of the data obtained. nifH gene which is functional in nitrogen fixation has been detected to be present in all samples. The nirS gene which is one of denitrification genes has been cloned in Inaltı,Koza, Karahayıt and Pamukkale and its phylogenetic analysis has been performed. Moreover, another denitrification gene narG gene has been cloned from Koza, Pamukkale and Karahayıt samples and DNA sequences have been obtained. After the comparisons conducted in NCBI gene bank, it has been understood that narG gene has been firstly found due to this study and NCBI will has been recorded. amoA archaea gene which has taken role in nitrification has been detected Inaltı resource which has a high temperature and as the other detected genes, it has been recorded to NCBI gene bank.

As a result of this study, for the first time in our country, it has been detected that microorganisms do actively take roles in nitrogen cycle and the diversity is high even though there is an extreme habitat. The results obtained shall be the bases of the nitrogen cycle studies that will be done on geothermal resources in future. Moreover, the knowledge of thermophiles which have economic values in means of their enzymes will be a source for these kinds of studies.

Özcan GAYGUSUZ

Tez Adı : DARLIK BARAJINA AKAN BAZI DERELERDE CYPRINIDAE FAMİLYASINA AİT BASKIN İKİ TÜRÜN BİYOEKOLOJİK ÖZELLİKLERİ

Danışman : Prof. Dr. Mustafa TEMEL

Anabilim Dalı : Su Ürünleri Temel Bilimleri

Programı (Varsa) : İçsular Biyolojisi

Mezuniyet Yılı : 2012

Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. Mustafa TEMEL, Prof. Dr. Nuran ÜNSAL, Prof. Dr. Enis MORKOÇ, Prof. Dr. F. Güler EKMEKÇİ, Doç. Dr. Müfit ÖZULUĞ


Tezin Türkçe Adı : DARLIK BARAJINA AKAN BAZI DERELERDE CYPRINIDAE FAMİLYASINA AİT BASKIN İKİ TÜRÜN BİYOEKOLOJİK ÖZELLİKLERİ
Türkçe Özet : Bu çalışmada İstanbul’un günlük su ihtiyacının önemli bir kısmını karşılayan Darlık Baraj Gölü’ne akan derelerde baskın türler olan Rhodeus amarus ve Squalius cephalus’un biyoekolojik özellikleri ve derelere ait bazı hidrolojik, fiziksel, kimyasal ve biyolojik veriler incelenmiştir. Eylül 2008 tarihinde ön saha çalışması ile istasyonlar belirlenmiş ve Ekim 2008 ile Eylül 2010 tarihleri arasında Darlık Baraj Gölü’ne akan derelerde 5 farklı istasyonda aylık olarak balıklar yakalanmış, zooplankton, klorofil-a ve bazı hidrolojik, fiziksel ve kimyasal değişkenlerin ölçümü yapılmıştır. Su kalitesinin tespiti için 8 fiziksel ve 8 kimyasal değişkenin ölçümü yapılmıştır. Çalışma süresince ölçülen fiziksel parametrelerden derinlik, genişlik, suyun akış hızı ve debisinin balıkların bu habitattaki bolluklarını etkileyen en önemli değişkenler olduğu görülmüştür. Bununla birlikte, toplam fosfat, nitrit, sülfat ve çözünmüş oksijen önemli bulunan diğer değişkenler olmuşlardır.
Çalışma kapsamında Darlık Baraj Gölü’ne akan derelerde 13 balık türü tespit edilmiştir. Bu türlerden baskın olan Squalius cephalus ve Rhodeus amarus türlerinin büyüme, üreme ve beslenme biyolojileri çalışılmıştır. Çalışma süresince 1669 adet R. amarus ve 1050 adet S. cephalus bireyi elektroşok yöntemi ile elde edilmiştir. R. amarus ve S. cephalus türlerinin boy, ağırlık, yaş, eşey dağılımları ve oranları, yaş-boy ve yaş-ağırlık ilişkileri, von Bertalannfy sabitleri, kondisyon faktörü, gonadosomatik indeks değerleri, üreme dönemi, üreme yaşı ve boyu, fekondite, yumurta çapı bilgileri hesaplanmıştır. Balıkların beslenme biyolojileri mevsimlere ve yaşlara göre incelenmiştir.
Çalışmada yakalanan R. amarus bireyleri I.–V. yaş grupları arasında dağılım göstermiştir. Toplam boy değerleri tüm bireylerde 1,5–8,6 cm, ağırlık değerleri ise 0,0323–8,7011 g arasında değişmiştir. Boy-ağırlık ilişkisi tüm bireylerde W=0,0082*TL^3,273 olarak hesaplanmıştır. Tüm bireylere göre hesaplanan von bertalanffy büyüme sabitleri L_∞, W_∞, K ve t₀ sırası ile 10,045 cm, 15,4107 g, 0,028 ve -0,906 olarak saptanmıştır. Populasyonun genel durumunu vermesi açısından tüm bireylerde aylara göre kondisyon faktörü incelendiğinde, 2010 Şubat’ta en düşük (0,662), 2010 Ağustos’da en yüksek (0,899) değerde olduğu görülmüştür. Tüm bireylerde yaşlara göre ortalama kondisyon değerleri en düşük V. yaş grubunda (0,782) ve en yüksek ise II. yaş grubunda (0,838) bulunmuştur. Üreme dönemi GSI değerlerine göre Nisan-Haziran ayları arasındadır ve Temmuz-Ağustos aylarında az olsa devam ettiği saptanmıştır. R. amarus’un boy gruplarına %50’sinin eşeysel olgunluğa ulaşma boyu erkek bireyler için 3,20 cm, dişilerde ise 3,06 cm olduğu tespit edilmiştir. Bulunan bu boylar her iki eşey içinde I. yaş grubunda yer almaktadır. En düşük yumurta sayısı 69 adet/birey değeriyle II. yaş grubunda, en yüksek yumurta sayısı 238 adet/birey değer ile V. yaş grubunda bulunmuştur. En küçük yumurta çapı 0,66 mm ve en büyük yumurta çapı 2,07 mm ile II. yaş grubunda bulunmuştur. Sindirim kanalı içerisinde her mevsimde en sık rastlanan besin grupları sırası ile Detritus, Alg ve Insecta olmuştur.
Çalışmada yakalanan S. cephalus bireyleri ise I.–IX. yaş grupları arasında dağılım göstermiştir. Toplam boy değerleri tüm bireylerde 1,9–34,7 cm, ağırlık değerleri ise 0,0436–509,50 g arasında değişmiştir. Boy-ağırlık ilişkisi tüm bireylerde W=0,0077.*TL^3,1432 olarak hesaplanmıştır. Tüm bireylere göre hesaplanan von bertalanffy büyüme sabitleri L_∞, W_∞, K ve t₀ sırası ile 44,139 cm, 1138,9404 g, 0,158 ve 0,333 olarak saptanmıştır. Populasyonun genel durumunu vermesi açısından tüm bireylerde aylara göre kondisyon faktörü incelendiğinde, 2009 Ocak’da en düşük (0,701), 2010 Nisan’da en yüksek (0,869) değerde olduğu görülmüştür. Tüm bireylerde yaşlara göre ortalama kondisyon değerleri en düşük V. yaş grubunda (0,747) ve en yüksek ise VI. yaş grubunda (0,790) bulunmuştur. Üreme dönemi GSI değerlerine göre Nisan-Haziran ayları arasındadır. S. cephalus’un boy gruplarına %50’sinin eşeysel olgunluğa ulaşma boyu erkek bireyler için 9,515 cm, dişilerde ise 10,162 cm olduğu tespit edilmiştir. Bulunan bu boylar her iki eşey içinde II. yaş grubunda yer almaktadır. En düşük yumurta sayısı 789 adet/birey değeriyle III. yaş grubunda, en yüksek yumurta sayısı 17692 adet/birey değer ile VII. yaş grubunda bulunmuştur. En küçük yumurta çapı 0,943 mm ve en büyük yumurta çapı 1,547 mm ile III. yaş grubunda bulunmuştur. Sindirim kanalı içerisinde her mevsimde en sık rastlanan besin grupları sırası ile insecta, detritus ve alg olmuştur. Çalışmada Darlık Baraj Gölü’ne akan derelerde 30 zooplankton taksonu tespit edilmiştir.
 

Tezin Yabancı Dildeki Adı : THE BIOECOLOGICAL FEATURES OF TWO DOMINANT SPECIES OF CYPRINIDAE IN SOME STREAMS OF DARLIK DAM LAKE
Yabancı Dildeki Özet : In this study, bio-ecological features of two dominant fish species, Rhodeus amarus ve Squalius cephalus in the streams of Darlık Reservoir, which is providing important part of water demand of city of Istanbul and some hydrological, physical, chemical and biologic features of the streams, were investigated. Sampling stations were determined with a preliminary study in September 2008 and samples of fish, zooplankton, chlorophyll-a, were collected with hydrological, physical, chemical features measurements between October 2008 and September 2010 in the streams, flowing into the Darlık Reservoir. For determination of water quality, total 16 physical and chemical variables were measured. Among physical parameters, depth and width of the streams, flow and velocity of the water were found to be the most important variables while total phosphate, nitrite, sulphate, and dissolved oxygen were the most important chemical variables, which affected the abundance of fishes in the studied habitats during the study period.
During the study period 13 fish species were determined in the Darlık Reservoir. Of these species, growth, reproduction and feeding activity of the dominant species, Squalius cephalus and Rhodeus amarus were studied. During the study period, 1669 R. amarus individuals and 1050 S. cephalus individuals were caught by electrofishing. Length, weight, age, sex distribution and rate, age-length and age-weight relationship, Von Bertalannfy parameters, condition factor, gonadosomatic index, spawning time, and age and length at maturity, fecundity, egg diameter of R. amarus ve S. cephalus were calculated. Feeding biology of both species was studied according to seasons and ages.

Age varied between I and V ages for R. amarus. Total length values were between 1.5 and 8.6 cm while weight values were between 0.0323 and 8.7011 g. Length-weight relationship was W=0.0082*TL^3.273 in all individuals. Calculated von Bertalanffy parameters, L_∞, W_∞, K and t₀ were 10.045 cm, 15.4107 g, 0.028 and -0.906, respectively in all individuals. To assess general status of the population, calculated condition values were maximum in 2010 August (0.899) and minimum was in 2010 February (0.662). Mean condition values of ages in all individuals was minimum in age V. (0.782) and maximum was in age II. (0.838). Main spawning period was between April and June however it was determined that it also continued between July and August. Length at maturity of R. amarus was 3.20 for males and 3.06 for females. These lengths corresponded with the first age group for both sexes. Minimum egg number was in second age group with 69 eggs/individual and maximum egg number was in fifth age group with 238 eggs/individual. Minimum egg diameter was 0.66 mm and maximum egg diameter was 2.07 mm both belonging second age group. Most frequently encountered food item was Detritus, Algae and Insecta, respectively.

Age varied between I. and IX. ages for S. cephalus. Total length values were between 1.9 and 34.7 cm while weight values were between 0.0436 and 509.50 g. Length-weight relationship was W=0.0077*TL^3.1432 in all individuals. Calculated von Bertalanffy parameters, L_∞, W_∞, K and t₀ were 44.139 cm, 1138.9404 g, 0.158 and 0.303 respectively in all individuals. To assess general status of the population, calculated condition values were maximum in 2010 April (0.869) and minimum was in 2009 Jaunary (0.701). Mean condition values of ages in all individuals was minimum in age V. (0.747) and maximum was in age VI. (0.790). Spawning period was between April and June. Length at maturity of S. cephalus was 9.515 for males and 10.162 for females. These lengths corresponded with the second age group for both sexes. Minimum egg number was in third age group with 789 eggs/individual and maximum egg number was in seventh age group with 17692 eggs/individual. Minimum egg diameter was 0.943 mm and maximum egg diameter was 1.547 mm both belonging third age group. Most frequently encountered food item was Insecta, Detritus, and Algae, respectively. In this study, 30 zooplankton taxa were determined in the streams, which are flowing into the Darlık Reservoir.

SUÜRÜNLERİAVLAMAVEİŞLEMETEKNOLOJİSİANABİLİMDALI

Öğrencinin Adı Soyadı:Seda DURSUN OĞUR

Tez Adı :Dumanlanmış Balıkların Kalite ve Raf Ömrü Üzerine Yenilebilir Protein Film Kaplamanın Etkisi

Danışman :Prof. Dr. Nuray ERKAN ÖZDEN

Anabilim Dalı :Su Ürünleri Avlama ve İşleme Teknolojisi

Programı (Varsa) :İşleme Teknolojisi

Mezuniyet Yılı :2012

Tez Savunma Jürisi :Prof. Dr. Nuray ERKAN ÖZDEN

Prof. Dr. Sühendan MOL TOKAY

Prof. Dr. Aydın YAPAR

Prof. Dr. Candan VARLIK

Doç. Dr. Saadet KARAKULAK
Tezin Türkçe Adı : DUMANLANMIŞ BALIKLARIN KALİTE VE RAF ÖMRÜ ÜZERİNE YENİLEBİLİR PROTEİN FİLM KAPLAMANIN ETKİSİ
Türkçe Özet : Gıda endüstrisinde enzimatik ve bakteriyel bozulmanın geciktirilmesi ile raf ömrünün uzatılarak gıda güvenliğinin sağlanması için farklı muhafaza ve ambalaj teknikleri kullanılmaktadır. Bu konudaki önemli gelişmelerden birisi olan yenilebilir film ve kaplamalar; gıdaları korumak, raf ömürlerini uzatmak amacıyla bir gıdanın yüzeyi üzerinde oluşturulmuş ince tabakalı, gıdayla birlikte yenilebilen, sentetik olmayıp doğal kaynaklardan elde edilen maddelerdir.
Bu tez çalışmasında protein bazlı yenilebilir filmleri kullanarak su ürünlerinin kalitesi ve raf ömrünün olumlu yönde geliştirilmesi amaçlanmıştır. Tez kapsamında dumanlanmış alabalıklar izolat veya konsantre haldeki protein kaynaklarından (soya protein izolatı (SPI), konsantre peynir altı suyu proteini (PASP), yumurta akı tozu proteini (YATP), buğday proteini (G), mısır proteini (Z), jelatin (J), kollajen (KL)) ve ayrıca tarafımızca hazırlanmış iki balık türünün proteininden (alabalık proteini (AP) ve uskumru proteini (UP)) üretilen yenilebilir filmlerle kaplanmış, kaplanan örnekler 2±2 ºC’de soğuk depoda 8 hafta depolanmış, duyusal, fiziksel, kimyasal ve mikrobiyolojik analizler periyodik olarak yapılmıştır.
SPI, G, Z, KL, AP ve UP gruplarının mikrobiyolojik analiz sonuçlarına göre 8 hafta süresince 7 log kob/g değerine ulaşmadığı bulunmuştur. Duyusal analiz sonuçlara göre K, SPI, PASP, YATP, G, Z, AP ve UP gruplarının 3 hafta süreyle, J ve KL gruplarının 5 hafta süreyle tüketilebilir kaliteyi koruduğu tespit edilmiştir. TVB-N sonuçlarına göre; YATP grubu 2 haftalık, K grubu 3 haftalık, PASP grubu 4 haftalık, SPI ve KL grubu 5 haftalık, Z grubu 7 haftalık raf ömrüne sahip olurken; G, AP ve UP grupları ise 8 hafta sonunda belirlenen kabul edilebilir değeri aşmamıştır. Lipid oksidasyon parametrelerinden TBA-i değerinde KL ve AP gruplarının daha etkili olduğu belirlenmiştir. Uygulanan protein kaplamaların renk ve tekstür parametreleri üzerine olumsuz etkisi görülmemiştir.
Sonuç olarak; mikrobiyolojik, duyusal, kimyasal ve fiziksel analiz sonuçlarına göre KL filminin oldukça üstün özelliklere sahip olduğu, sıcak dumanlanmış alabalık örneklerinin raf ömrünü arttırdığı ve kalitesini yükselttiği açıkça görülmüştür.

Tezin Yabancı Dildeki Adı : THE EFFECT OF EDIBLE PROTEIN FILM COATING ON THE QUALITY AND SHELF LIFE OF SMOKED FISH

Yabancı Dildeki Özet : It is used different conservation and packaging techniques in food industry to prolong shelf life of products by delaying enzymatic and microbial spoilage. One of the important development in this issue is edible films and coatings. These materials are made from natural biopolymers and constituted with thin layer on the surface of food.
In our thesis study was aimed to enhance quality and shelf life of seafood positive using protein based edible films. In this context, edible films was produced from seven commercial protein sources (soy protein isolate (SPI), concentrated whey protein (PASP), egg white powder protein (YATP), wheat protein (G), corn protein (Z), gelatine (J) and collagen(KL)) and the protein of two fish species (Rainbow trout protein (AP) and Atlantic Bonito protein(UP)), which was prepared in our laboratory, to coating hot smoked rainbow trout’s. Coated sample were stored at 2±2 ºC during 8 weeks and was made sensorial, physical, chemical and microbial analysis periodically.
It was observed, that the groups of SPI, Z, KL, AP, UP were not reached to up 7 log cfu/g during 8 weeks according to microbiological analysis results. It was determined; that the groups of K, SPI, PASP, YATP, G, Z, AP and UP was found acceptability quality in 3th week of storage, the groups of J and KL was found acceptability quality in 5th week of storage. The result of TVB-N analysis that the shelf life of YATP group was 2 week, the shelf life of K group was 3 week, the shelf life of PASP group was 4 week, the shelf life of SPI and KL groups were 5 week, the shelf life of Z group was 7 week and the groups of G, AP and UP not exceeded acceptable limit value after 8 weeks.
Oxidation of the lipid parameters, the value TBA-i the groups of KL and AP was determined to be more effective. On colour and texture parameters of the applied protein coatings was not observed negative impact. According to microbiological, sensory, chemical and physical analysis results obtained that KL film had very superior features, was exceeded the shelf life of hot-smoked trout and was improved the quality of products.

ENFORMATİK