Tez özetleri Astronomi ve Uzay Bilimleri Anabilim Dalı

Tezin Yabancı Dildeki Adı : Effects Of Valeriana officinalis Extract on Cardiovascular System in Epileptic Rats

Yabancı Dildeki Özet :
Epilepsy is one of the most serious neurological desease and characterized as an uncontrolled excessive activity of the central nervous system totally or partly. Depending on the type of epilepsy, it has been seen to change cardiac ritm, heart beating, blood pressure, respiration rate and form, vasomotor activity, gastrointestinal motility and sphincter tonus. Moreover, in the patients had cardiac aritmia with epilepsy arise sudden unexpected deaths.
It has been reported that nitric oxide (NO) in animal models is functional in neurodegenerative deseases, heart failure and epilepsy. Although, NO is known to play a role in pathophysiology of epilepsy, it has been still discussed by researchers. Valeriana officinalis, which has sedative effects and promotes sleep, has been thought to affect gama amino butiric acid (GABA). However, it is not known exactly how it plays role in it. There has been limited study on the relationship between Valeriana officinalis and NO.
In this study, we aimed to investigate effects of Valeriana officinalis root extract, which was believed to be antiepileptic in ancient times and recorded to European Medicine Farmacopy as sedative and sleep regulator later on, and 7-Nitroindozol (7-NI), which is inhibitor of neuronal nitric oxide, on cardiovascular system both individually and together in the rat model made kindling epilepsy with pentylentetrazolium (PTZ).
For this purpose, we composed of 8 groups with six animals in each group. They were control group given only physiological saline intraperitonally (ip), kindling group given PTZ (40 mg/kg, ip), Valerian extract (VAL, 200 mg/kg, via gavage), 7-NI (25 mg/kg, ip) PTZ+VAL, PTZ+ 7-NI, 7-NI+ VAL, PTZ+VAL+ 7-NI. PTZ were given every other day in order to make Kindling epilepsy model, but applications of the other groups were daily for four weeks. After PTZ application, the groups were compared by observing intensity of convulsions, their frequency and latency times throughout 30 minutes. When the group given VAL+PTZ was compared with the group given only PTZ, we did not determine any significant differences in terms of convulsions intensity, frequency and latency times. Although, intensity and frequency of 7-NI+PTZ and VAL+7-NI+PTZ groups were significantly lower than PTZ administrated group, their higher latency times than PTZ administrated group were not significant.
When the groups were compared with control and PTZ groups considering heart beating, VAL+7-NI+PTZ and PTZ groups values were higher than control group. VAL, 7-NI, 7-NI+PTZ, VAL+PTZ and VAL+7-NI groups values lower than PTZ group. However, were close to those of control animals. Besides, and administrated groups values were lower than control group. QTc values of PTZ, VAL, VAL+PTZ and VNP groups were detected to be higher when compared with control group. However, when they were compored with PTZ, QTc times of 7-NI and 7-NI+PTZ were significantly lower and closer to those of control values. QRS times and ST segment heights had not significant difference when the groups were compared with control and PTZ groups.
Plasma total NO concentration of 7-NI+PTZ group was significantly lower than both control and PTZ. Total NO level of VAL+7-NI+PTZ was significantly lower than those of control values only. All 7-NI administarted and VAL+PTZ groups of total NO level of cytosolic fractions obtained from heart extract were significantly lower than control and PTZ groups. Homosistein levels (Hcy) of the groups administrated 7-NI+PTZ was lower than control group. However, VAL+7-NI+PTZ group was significantly lower than PTZ and control groups. Miyeloperoxidase (MPO) levels of VAL+7-NI and VAL+7-NI+PTZ groups were lower than control group but those of VAL+PTZ group increased. Also, MPO levels of 7-NI, VAL, VAL+7-NI, 7-NI+PTZ ve VAL+7-NI+PTZ groups were lower than PTZ group. Süperoxide dismutase (SOD) activity levels of Valerian+PTZ was significiantly higher than PTZ group, whereas, those of VAL+7-NI+PTZ group was significantly lower. Also, SOD levels of all groups higher than control.
Considering our findings, we can say that 7-NI administration alone to the rats with epilepsy is more effective than administration of 7-NI and Valerian extract together. Valerian extract exhibited its antiepileptic effect more faintly. Although it tend to decrease in attac latency, it had not an evident effect on attac frequency and degree. Also, it tend to drop blood pressure with its vasodilator effect. Thus, its antiaritmic effects on heart have to take into account in its long term usage. We can say that it is effective on epilepsy faintly. According to our findings, evident decrease in attac degree and frequency in 7-IN group, also being close to control group parameters such as heart beating, QTc times and RR range values in 7-NI+PTZ group have highlighted thought of 7-NI usage as a therapeutic agent in epilepsy. Therefore, more detailed studies in the future can provide to usage of 7-NI in antiepileptic medicine content.

  

ARSLAN AYDOĞDU Elif Özlem

Tez Adı :Farklı Legionella pneumophila izolatlarının virülans faktörlerinin incelenmesi

Danışman :Doç. Dr. Ayten ERDEM

Anabilim Dalı :Biyoloji

Programı (Varsa) :Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji

Mezuniyet Yılı :2012

Tez Savunma Jürisi :Doç. Dr. Ayten ERDEM, Prof. Dr. Ayşın ÇOTUK, Prof. Dr. Meral BİRBİR, Doç. Dr. İrfan TÜRETGEN, Doç. Dr. Seza ARSLAN


Tezin Türkçe Adı : Farklı Legionella pneumophila İzolatlarının Virülans Faktörlerinin İncelenmesi
Türkçe Özet : Lejyoner hastalığının etkeni olan Legionella pneumophila, göller, nehir, klima sistemleri, soğutma kuleleri ve dental üniteler gibi doğal ve insan yapımı su sistemlerinde yaygın olarak bulunurlar. Bu bakteriler bulundukları su kaynaklarından çevreye aerosoller ile taşınırlar. Hastalığın oluşumu için solunan aerosol içerisindeki bakterinin sayısı kadar bakterinin patojenite derecesi yani virülansı da önemlidir. Legionella bakterilerinin virülansları yaşadıkları çevrenin kimyasal, fiziksel ve biyolojik koşullarına bağlı olarak değişebilir. Bu nedenle bakterinin su sistemlerindeki varlığının araştırılması kadar patojenitesinin araştırılması da önemlidir. Klinik örneklerden izole edilen Legionella bakterilerinin virülansını belirlemeye yönelik çalışmalar mevcut olsa da çevresel izolatların patojenitesinin araştırıldığı herhangi bir çalışmaya rastlanmamıştır. Bu nedenle çalışmamızda soğutma kulelerinden izole edilen dokuz farklı L. pneumophila bakterileri ile standart L. pneumophila serogrup 1 (ATCC 33152, Philadelphia 1) bakterisinin virülans faktörleri incelenerek patojenitelerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
Çalışmamız kapsamında bakterinin hem doğada hayatta kalmasını sağlayan hem de konak hücreye girişini düzenleyen flagella yapısı ile biyofilm oluşturma kapasitesi, tip II sekresyon sisteminde yer alan ve bakterinin konak içi üremesini sağlayan enzimatik aktiviteleri (hemolizin, nükleazlar, proteaz, fosfolipaz A (PLA) ve C (PLC), asit ve alkali fosfataz ve lipaz) ile hemaglutinasyon yetenekleri, farklı konak hücrelerine (Acanthamoeba castellanii (ATCC 30234), fare peritoneal makrofajları ve insan periferal monositlerine) karşı tip IV sekresyon sistemi tarafından düzenlenen bakteriyel yapışma, invazyon ve hücre içi üreme özellikleri incelenmiştir.
Sonuçlar değerlendirildiğinde tüm bakterilerin hareketli, polar flagellalı ve mannoza dirençli hemaglutinasyon oluşturabildikleri dolayısıyla tip IV fimbriyaya sahip olduğu tespit edilmiştir. L. pneumophila bakterilerinin statik koşullar altında tutunma kapasitesinin 6. ve 24. saatlerde anlamlı ölçüde (p<0.05) arttığı, standart L. pneumophila bakterisi (ATCC 33152) ile izolatlar arasında tutunma kapasitesi ve biyofilm oluşturma kapasiteleri açısından istatistiksel olarak anlamlı bir fark olmadığı saptanmıştır (p>0.05).
Sekresyon sistemleri göz önünde bulundurulduğunda, izolat 1’in tip II sekresyon sistemi açısından izolat 2’nin ise tip IV sekresyon sistemi açısından en patojen L. pneumophila bakterisi olduğu saptanmıştır. Tüm virulans faktörleri açısından sonuçlar değerlendirildiğinde ise en patojen bakterinin izolat 2 olduğu saptanmıştır.
Tez çalışmamız kapsamında incelenen virülans faktörleri değerlendirildiğinde her izolatın farklı virülans özelliklerine sahip olduğu saptanmıştır. Genel olarak, virülans özellikleri açısından karşılaştırıldığında dokuz izolatın beşinin (izolat 1, 2, 3, 4, 5) standart ATCC 33152 bakterisinden daha virülent olduğu saptanmıştır.
Sonuçlar değerlendirildiğinde bakterilerin konak hücrelere yapışma, hücre içine giriş ve hücre içinde üreme yeteneklerinin hem konağa hem de incelenen L. pneumophila bakterilerine göre farklılık gösterdiği tespit edilmiştir. Bununla birlikte, bu beş izolatın epidemik risklerine rağmen neden herhangi bir salgına sebep olmadıkları genetik metotlar kullanılarak araştırılmalıdır.
Bu tez ülkemizde çevresel L. pneumophila bakterilerinin virülansını karşılaştırmak amacıyla yapılan ilk çalışmadır ve L. pneumophila’nın epidemiyolojisini belirlemede önemli bir adımdır.
 

 

 

Tezin Yabancı Dildeki Adı : Investigation of Virulance Factors of Different Legionella pneumophila Isolates
Yabancı Dildeki Özet : Legionella pneumophila which is the agent of Legionnaires’disease, is ubiquitous in natural and man-made aqueous environments such as lakes, air-conditioning systems, cooling towers, and dental devices. These bacteria are transmitted from the water source to environment with aerosols. For the formation of disease, numbers of bacteria in inhaled aerosol are important as well as pathogenity degree of bacteria which means virulence. The virulence of Legionella bacteria could change depending on chemical, physical and biological conditions of the environment where they live. Therefore, the investigation of this bacterium pathogenicity is important as well as its existence. Although there are studies to determine the virulence of L. pneumophila which was isolated from clinical samples, any investigation about the pathogenesis of the environmental isolates has not been found. For this reason, the aim of the study is to evaluate their pathogenicity, with examining to compare virulence factors between different nine environmental L. pneumophila isolates and L. pneumophila serogroup 1 (ATCC 33152, Philadelphia 1) standard strain.
In scope of the study, both to ensure the survival of bacterium in nature and the flagellar structure regulating to entry in the host cell and capacity of biofilm formation, hemagglutination capabilities and enzymatic activity in type II secretory system (hemolysin nucleases, protease, phospholipase A (PLA) and C (PLC), acid and alkaline phosphatase, lipase), and bacterial attached, invasion and intracellular multiplication, which were regulated by type IV secretory system, against different host cells (Acanthamoeba castellanii (ATCC 30234), murine peritoneal macrophages and human peripheral monocytes) were investigated.
When the results are evaluated, all bacteria have been identified as motile, polar flagellated and showing mannose resistant hemagglutination in consideration of they have type IV fimbria. It was determined that adherence capacities under static conditions of L. pneumophila bacteria were significantly (p<0.05) increased in 6^th and 24^th hours and there is no statistical significant (p>0.05) differences in the ability of attachment and biofilm formation between standard L. pneumophila bacterium and the isolates.
When the secretory systems is taken into consideration, isolate 1 and 2 in term of type II and type IV secretory system, respectively, were determined of the most pathogen bacteria. Considering all the experiments, the isolate 2 was found out as the most pathogen bacterium among all tested isoles.
When the virulence factors in our study were considered, it has been determined that, all bacteria have different virulence properties. Generally, five (isolate 1, 2, 3, 4, 5) of the nine isolates were found to be more virulent than ATCC 33152.
When the results of the thesis were evaluated, it was determined that ability of attachment, invasion and intracellular growth have differences depending on both host and L. pneumophila bacteria. Despite of their epidemic risks, it must be investigated using genetic methods why these five bacteria did not cause any outbreak.
This thesis is the first study performed in our country comparing the virulence of different environmental L. pneumophila isolates and the study is an important step to define the epidemiology of L. pneumophila.
Yasemin TUNALI AYUN

Tez Adı :Poliklorlu Bifeniller ve Vitamin E’nin TM3 Leydig Hücreleri Üzerine Etkileri

Danışman : Prof. Dr. Melike ERKAN

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı (Varsa) : Zooloji

Mezuniyet Yılı : 2012

Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. Melike ERKAN

Prof. Dr. Ayhan BİLİR

Prof. Dr. Melda YARDIMOĞLU YILMAZ

Prof. Dr. Tuncay ORTA

Prof. Dr. Belgin SÜSLEYİCİ DUMAN
Tezin Türkçe Adı :Poliklorlu Bifeniller ve Vitamin E’nin TM3 Leydig Hücreleri Üzerine Etkileri
Türkçe Özet : Bu çalışmada poliklorlu bifenillerin TM3 Leydig hücreleri üzerindeki sitotoksititesinin ve bir antioksidan olan Vitamin E’nin bu hasardan hücreyi koruyucu etkisinin hücre canlılığı, lipid peroksidasyonu, hidroksil radikali, antioksidan enzimler (süperoksit dismutaz, katalaz, glutatyon peroksidaz, glutatyon S-transferaz) ve steroidogenik enzimlerdeki (3β-Hidroksisteroid dehidrogenaz ve 17β-Hidroksisteroid dehidrogenaz) oksidatif hasar belirlenerek araştırılması amaçlanmıştır.
Poliklorlu bifeniller 1930’lu yıllarda endüstriyel kullanım amacıyla üretilmeye başlanan, bir fenil molekülüne değişik sayıdaki (1 ile 10 arasında) klor iyonlarının farklı konfigürasyonlarda (orto, meta, para) bağlanmasıyla meydana gelen aromatik klorlu bileşiklerdir. Lipofilik özellikleri ve kimyasal kararlılıkları nedeniyle besin zincirinde birikerek çevresel kontaminasyona neden oldukları ve insan sağlığını tehdit etmeye başladıkları anlaşıldıktan sonra üretimleri dünyanın birçok ülkesinde yasaklanmış, bazılarında da kullanımı sınırlandırılmıştır. Ancak, birçok ülkede poliklorlu bifenil içeren endüstriyel teçhizat ve sanayi ürünleri hala kullanılmaktadır.
Poliklorlu bifenillerin sebep olduğu serbest radikallerin canlıya verdiği her türlü zararda esas olduğu tespit edilmiştir. Bu zarardan korunabilmesi için yeterli miktarda antioksidan bu maddelere maruz kalan canlılar tarafından tüketildiğinde zararın aza indirilmesi sağlanabilmektedir. Bu nedenle serbest radikal reaksiyonlarının oluşmasını önleyen bir zincir kıran antioksidan olan Vitamin E hücreyi oksidatif hasardan korumaktadır.
Leydig hücreleri 6, 12 ve 24 saat süreyle bazal ve LH uyarımlı koşullarda farklı dozlarda (10^-16 M’dan 10^-6 M’a) PCB’ye (Aroclor 1242 ve Aroclor 1260) ve bu dozlara ilave olarak antioksidant olarak vitamin E (50µM)’ye maruz bırakılmıştır. Uygulamalar sonunda Leydig hücrelerinde steroidogenic enzimler (3β-HSD ve 17β-HSD), lipid peroksidasyonu, hidroksil radikali ve enzimatik antioksidanlar (SOD, CAT, GPx ve GST) ölçülmüştür. Sonuçlar steroidogenic enzimler ve enzimatik antioksidanların doz ve zamana bağlı olarak azaldığını, lipid peroksidasyonu ve hidroksil radicalinin ise doz ve zamana bağlı olarak arttığını göstermiştir. Bu bulgular PCB’lerin Leydig hücrelerinde testosteron biyosentezini steroidogenik enzimleri ve antioksidan enzimleri inhibe ederek doğrudan etkilediğini ve hücrede hidroksil radikali ve lipid peroksidasyon miktarını arttırarak oksidatif hasarı teşvik ettiğini göstermektedir. Ayrıca vitamin E’nin Aroclor 1242 (A1242) ve Aroclor 1260 (A1260)’la oluşturulan toksisiteye karşı iyileştirici etkisi olduğu ortaya konulmuştur.
 

Tezin Yabancı Dildeki Adı : Effects of Polychlorinated Biphenyls and Vitamine E in TM3 Leydig Cells
Yabancı Dildeki Özet : In this study, polychlorinated biphenyls-induced cytotoxicity and the protective effect of Vitamine E which is an antioxidant supplementation from this damage on TM3 Leydig cells were purposed to research by determination of cell viability, lipid peroxidation, hydroxyl radical, oxidatif damage of antioxidant enzymes (superoxide dismutase, catalase, glutathione peroxidase, glutathione S-transferase) and steroidogenic enzymes (3β-hydroxysteroid dehydrogenase and 17β-hydroxysteroid dehydrogenase).
Polychlorinated biphenyls are aromatic chlorinated compounds, which were begun to be manufactured in 1930s for industrial purposes, are formed as a result of chlorine ions in different numbers (ranging between 1 and 10) attached to a phenyl molecule at different configurations (ortho-, meta, para). Their production have been prohibited completely in many countries and also, its use has been restricted in some countries across the world after it was found that they cause environmental contamination when they are deposited in food chain due to their lipophilic features and chemical stability and they began to threaten human health. However, industrial equipment and industrial products containing polychlorinated biphenyl are still in the use in many countries.
It was determined that free radicals caused by polychlorinated biphenyls are essential in every type of damage in an organism. Such damage in an organism, which has been made expose to these matters, may be minimized if the organism eats an antioxidant matter in sufficient amount to protect itself against this damage. Therefore, Vitamin E, which is a chain breaking antioxidant to prevent radical reactions from occurring, protects the cell against oxidative damages.
Leydig cells were made expose to PCB (Aroclor 1242 and Aroclor 1260) for 6, 12 and 24 hours under basal and LH-stimulated conditions at different doses (ranging between 10^-16 M and 10^-6 M) and, in addition to these doses, to vitamin E (50µM) as antioxidant. After these applications, steroidogenic enzymes (3β-HSD and 17β-HSD), lipid peroxidation, hydroxyl radical and enzymatic antioxidants (SOD, CAT, GPx and GST) in Leydig cells were measured. The results indicated that steroidogenic enzymes and enzymatic antioxidants decreased depending on dose and time while lipid peroxidation and hydroxyl radical increased depending on dose and time. These findings indicate that PCBs directly affect testosterone biosynthesis in Leydig cells by inhibiting steroidogenic enzymes and antioxidant enzymes and encourage oxidative damage by increasing hydroxyl radical and lipid peroxidation amount. Furthermore, it was evidenced that vitamin E has a healing effect on toxicity caused by Aroclor 1242 (A1242) and Aroclor 1260 (A1260).

  

Öğrencinin Adı Soyadı: Eda DALYAN

Tez Adı : Brassica juncea var. P78 Bitkisine Bazı Ağır Metallerin Uygulanmasıyla Anlatımı Değişen Genlerin Tanımlanması Ve Belirlenmesi

Danışman : Prof.Dr. Muammer ÜNAL

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı (Varsa) : Botanik

Mezuniyet Yılı : 2012

Tez Savunma Jürisi :


Tezin Türkçe Adı : Brassica juncea var. P78 Bitkisine Bazı Ağır Metallerin Uygulanmasıyla Anlatımı Değişen Genlerin Tanımlanması Ve Belirlenmesi
Türkçe Özet :
Brassica juncea (kahverengi hardal), belli ağır metalleri hiperakümüle ettiği bilinen ve gelişmiş kök sistemine sahip bir kara bitkisidir. Bu çalışmada B. juncea var. P78 bitkisine, Amerika Birleşik Devletleri Çevre Koruma Ajansı tarafından açıklanan en tehlikeli 10 kirletici arasında bulunan kurşun (50 µM Pb(NO₃)₂) ya da kadmiyum (25 µM CdSO₄) 24 saat boyunca uygulanmıştır. Pb uygulamasıyla anlatımı değişen genlerin tanımlanması ile ilgili çalışmaların çok sınırlı bulunması ve Pb’nin akümülasyonunda bitkideki en önemli kısmın kökler olması nedeniyle bu metalin uygulandığı B. juncea bitkisinin köklerinde mikroarray analiz yapılmıştır. B. juncea bitkisinin mikroarray platformunda ticari temsilcisi bulunmadığı için yapılan analizde aynı familyaya üye Arabidopsis bitkisine ait gen çipler kullanılmış ve türler arası hibridizasyon (TAH) denenmiştir. Ayrıca, TAH’ın gen ekspresyon profillemesi çalışmalarında kullanılabilirliği, Arabidopsis ve Brassica türleri öznelinde yapılan biyoenformatik çalışmayla irdelenmiştir. Mikroarray analiz sonucunda ağır metal metabolizmasında etkin olduğu düşünülen bazı genlerin mRNA düzeyindeki ekspresyon seviyeleri, Pb ya da Cd uygulamaları yapılan B. juncea bitkisinin kök, gövde ve yapraklarında RT-PCR yöntemiyle belirlenmiştir. Böylece bu genlerin metal homeostazisindeki rollerinin moleküler seviyede anlaşılması ve buna bağlı olarak türler arası hibridizasyonun kullanılabilirliğinin ortaya konması amaçlanmıştır.
Bu çalışmada, B. juncea var. P78 bitkisinin farklı kısımlarında ağır metal içeriklerinin belirlenmesi sonucunda bu bitkinin iyi bir Pb akümülatörü ve Cd hiperakümülatörü olduğu tespit edilmiştir. Pb uygulanmış bitkilerin kök kısmında yapılan mikroarray analiz sonucunda çoğunlukla türler arası düzeyde korunmuş az sayıda gen tanımlanmış ve buna bağlı olarak türler arası hibridizasyonun geniş ölçekte gen ekspresyonu profillemesinde kullanılabilirliğinin başarılı olmadığı ortaya konmuştur. Bu sonuç ayrıca, Arabidopsis ve Brassica türleri öznelinde yapılan biyoenformatik çalışmayla desteklenmiştir. Mikroarray analiz verilerinin güvenilirliği, ağır metal metabolizmasında rol oynadığı düşünülen birbirinden bağımsız 6 adet genin RT-PCR’de çalışılmasıyla doğrulanmıştır. Ağır metal alımı ve taşınmasıyla ilişkili olarak bu genlerin, Pb ve Cd uygulamaları yapılan bitkilerin kök, gövde ve yapraklarında mRNA düzeyindeki ekspresyon seviyelerinin belirlenmesi ile her iki ağır metale özgü anlatım gösteren genler bulunmuştur.

 

Tezin Yabancı Dildeki Adı : The Identıfıcatıon And Characterızatıon Of Heavy Metal Stress Responsıve Genes In Brassica juncea var. P78

Yabancı Dildeki Özet :
Brassica juncea (brown mustard) is a land plant that is known that it hyper-accumulates certain heavy metals and has a developed root system. In this study, lead (50 µM Pb(NO₃)₂) or cadmium (25 µM CdSO₄), which are among 10 most hazardous pollutants that have been declared by United States of America Environmental Protection Agency, were administered to the plant of B. juncea var. P78 for 24 hours. Because the studies on identification of genes, whose expression has been changed through Pb administration, are very restricted and the most important part in plants in Pb accumulation is roots, microarray analysis was conducted on roots of B. juncea plant, which had been made expose to the metal. Because commercial representative of B. juncea plant is not available on microarray platform, gene chips of Arabidopsis plant, which is a member of the same family, were used in the conducted analysis and hybridization between species (TAH) was tested. Furthermore, usability of TAH in gene expression profiling studies was searched through the bioinformatics study conducted on the subject of Arabidopsis and Brassica species. mRNA expression levels of certain genes, which are believed to be effective in heavy metal metabolism, as a result of the microarray analysis, were identified in root, stem and leaves of B. juncea plant treated with Pb and Cd with the help of RT-PCR method. Thus, the objective has been to discover these genes’ roles in metal homeostasis at molecular level and accordingly, to evidence usability of hybridization between species.
It was understood as a result of identification of heavy metal contents in different parts of B. juncea var. P78 in the present study that this plant is a good Pb accumulator and Cd hyper-accumulator. Genes, which had mostly been protected at interspecies level, were identified in low number as a result of the microarray analysis conducted on root section of Pb-treated plants and thus, it was evidenced that usability of hybridization between species has failed in wide scale gene expression profiling. This result was supported by a bioinformatics study conducted on subject of Arabidopsis and Brassica species. Reliability of data from microarray analysis was verified by studying 6 independent genes, which are believed that they have a role in heavy metal metabolism, in RT-PCR. Genes displaying expression specific to both of the heavy metals were identified upon identification of mRNA expression levels in root, stems and leaves of the plants treated with Pb and Cd with respect to heavy metal intake and carrying.

  

Berrin Akyıldırım

Danışman : Prof.Dr. Orhan Küçüker

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı (Varsa) : Botanik

Mezuniyet Yılı : 2013

Tez Savunma Jürisi : Prof.Dr. Orhan KÜÇÜKER

Prof.Dr. Muammer ÜNAL

Prof. Dr. Celal YARCI

Prof.Dr. Meral ÜNAL

Prof.Dr. Gül CEVAHİR ÖZ


Türkiye’nin Bazı Monotipik Endemik Bitkileri Üzerinde Morfolojik ve Sistematik Araştırmalar
Türkiye ılıman kuşakta yer alan dünya ülkeleri arasında floristik yapısı bakımından en zengin ve ilginç ülkelerden biridir. Endemik bitki taksonu sayısı 3500’ten fazladır. Bu endemik tür sayısı zenginliğinin yanı sıra endemik cinsler açısından da en zengin ülkeler arasında yer almaktadır. Toplamda 9 familyaya ait 15 endemik cins bulunmaktadır. Türkiye’deki bu endemik cinslerin tamamı monotipiktir.
Bu doktora çalışmasında Türkiye florasından altı monotipik endemik cinsin sistematik, morfolojik ve mikromorfolojik (SEM) özellikleri araştırılmıştır.
Çalışma sırasında 2009-2012 yılları arasında Batı ve Güney Anadolu, Doğu Anadolu, Orta Anadolu bölgelerine yapılan araştırma gezilerinde altı monotipik endemik cins toplanmıştır. Bu taksonların vejetatif ve generatif organ özellikleri stereomikroskop ve Tarama Elektron Mikroskobu (SEM) ile incelenmiştir.
Çalışmanın sistematik bölümünde; Türkiye’deki monotipik endemik cinslerin sayıları, bugüne kadar yapılmış çalışmaları, güncel taksonomik ve nomenklatürel değişiklikler, ile kırmızı liste koruma kriterleri sunulmuştur.
Çalışmanın morfoloji bölümünde; monotipik endemik cinslerin genel görünüşü, vejetatif ve generatif organlarının detaylı tanımlamaları sayısal ölçüm değerleri ile birlikte fotoğraflar eşliğinde verilmiştir.
Çalışmanın mikromorfoloji kısmında; yaprak, meyve ve tohum yüzeyleri Tarama Elektron Mikroskobu (SEM) ile ilk kez bu çalışmada incelenmiş ve mikrofotoğrafları verilmiştir.
Tez çalışması sonucunda, Türkiye’deki 6 monotipik endemik cinsin yayılış bilgileri güncellenmiştir. Güncel taksonomik statüleri saptanmıştır. Morfolojik özellikleri verilmiştir. Yaprak, meyve ve tohum mikromorfolojisi SEM ile ortaya konulmuştur.

  

 

 

 
 

Morphological and Systematical Investigations on some Monotypic Endemic Plants of Turkey

Turkey, among the countries of the temperate zone of the world, is one of the richest countries in terms of floristic structure and interesting. The number of endemic plant taxa are 3500. The number of endemic species richness as well as among the richest countries in terms of endemic genera. A total of 15 endemic genera are belonging to 9 families. All of these endemic genera in Turkey are monotypic.

The systematical, morphological and micromorphological (SEM) characteristic of six monotypic endemic taxa from the flora of Turkey were studied in this doctorate thesis.
During the study in the West and the South Anatolia, Eastern Anatolia, Central Anatolia regions six monotypic endemic plant genera were collected between the years 2009-2012. Characteristics of vegetative and generative organs of the taxa examined with stereomicroscope and Scanning Electron Microscopy (SEM).
The numbers of the monotypic endemic genera, the taxonomical and nomenclatural changes and new localities also the red list criteria related with the examined taxa have been presented in the systematical part of the study.
The habitus of the monotypic endemic genera, photographs of the vegetative and reproductive organs accompanied by detailed descriptions were given in conjunction with the numerical measurements values in the morphological section of the study.
The surfaces of the leaves, fruits and seeds were examined with Scanning Electron Microscope (SEM) also microphotographs were presented for the first time in the part of the micromorphological studies.
As a result of this thesis, distributional data of six monotypic endemic genus in Turkey, has been updated. Current taxonomic status of the taxa was determined. Morphological characteristics of the taxa are given. The leave, fruit and seed micromorphology of the taxa were analyzed with SEM.

Savaş ÜSTÜNOVA

Danışman : Prof. Dr. Cihan DEMİRCİ-TANSEL

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı (Varsa) : Zooloji

Mezuniyet Yılı : 2012

Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. Cihan DEMİRCİ-TANSEL

Prof. Dr. Berrak YEĞEN

Prof. Dr. Sönmez UYDEŞ DOĞAN

Prof. Dr. Nazlı ARDA

Prof. Dr. İsmail MERAL

Staphylococcus aureus İle Enfekte Edilen Sıçanların İzole Kalplerinde İskemi/Reperfüzyon Hasarına Karşı Koenzim-Q10’un Etkisi
Mikroorganizmaların ve toksinlerinin kan akımına karışması ve genel inflamasyonun konak yanıtı ile birarada olması durumuna sepsis denir. Toplumda görülen sepsis olgularında rastlanan etken mikroorganizmalardan biri Staphylococcus aureus
(S. aureus)’tur ve insanlarda menenjite, septisemiye, iltihaplı yaralara ve eklem romatizmalarına neden olan gram pozitif bir bakteridir. İnfektif endokarditin en sık etkeni olarak stafilokoklar, özellikle de Staphylococcus aureus gösterilmektedir.

Koenzim Q10 (KoQ10), oksidatif fosforilasyonda çok önemli role sahiptir ve biyolojik zarlarda lipit peroksidasyonunu inhibe ederek mitokondriyal proteinleri ve DNA’yı oksidatif hasarlara karşı korur. Son zamanlarda iskemi/reperfüzyon hasarı, hipertansiyon, koroner arter hastalıkları ve kalp krizleri gibi rahatsızlıkların tedavilerinde ve bunlardan korunmada etkili olduğu rapor edilmektedir.

Bu çalışma, sıçanlarda S. aureus enjeksiyonu ile sepsis gelişiminin sağlanması, sepsiste meydana gelen miyokardiyal fonksiyon bozukluklarının Langendorff izole kalp sisteminden elde edilen kardiyodinamik verilerin yanında, biyokimyasal analiz sonuçları ile belirlenmeye çalışılması ve etkili bir antioksidan olan KoQ10’un, meydana gelebilecek bu miyokardiyal hasara karşı koruyucu bir rolünün olup olmadığının belirlenmesi amacıyla yapılmıştır.

Çalışmamızda kontrol grubunun yanında, KoQ10 ve sepsis uygulamaları ile devamlı perfüzyon ve iskemi/reperfüzyon uygulanan gruplar oluşturularak, Langendorff sistemindeki izole kalplere fizyolojik ve biyokimyasal yöntemler uygulanmış, elde edilen veriler istatistiksel olarak değerlendirilmiştir.

İntraperitonal olarak 15x10⁸ KOB (Koloni Oluşturan Birim) S. aureus enjekte edilerek sepsis oluşturulan sıçanlardan alınan kan ve kalp dokusu homojenatı örneklerinde ciddi oranda bakteri varlığına rastlandı. S. aureus uygulanan grupta, sepsiste önemli inflamasyon belirteçleri olarak kullanılan C-Reaktif Protein (CRP) ve miyeloperoksidaz (MPO) düzeyleri ile hücresel hasar belirteçleri olan N-Terminal-pro-Beyin Natriüretik Peptid (NT-proBNP), kardiyak troponin T (cTnT) ve kreatin kinaz-MB (CK-MB) düzeylerinin yüksek, total antioksidan kapasitenin ise düşük olduğu tespit edildi. Sepsis grubuna ait kardiyodinamik veriler kontrol grubu ile karşılaştırıldığında, perfüzyon basıncının, son diyastolik basıncın düşük, kalp vurumunun, Max dP/dt, kasılma indeksi ve RPP değerlerinin yüksek olduğu belirlendi. İskemi/reperfüzyondan kaynaklanan kardiyodinamik anormallikler iskemi/reperfüzyon grubunda yeterince düzeltilemezken, sepsis uygulanan iskemi/reperfüzyon grubunda incelenen hemen hemen tüm parametrelerde reperfüzyon süresince anlamlı derecede geri dönüşler olduğu belirlendi. KoQ10 uygulamasının ise, kısmen de olsa kardiyodinamik parametreleri olumlu yönde etkilediği tespit edildi.

Sonuç olarak bu çalışmada, sepsisin miyokardiyal fonksiyon bozukluklarına neden olduğu, ancak S. aureus enjeksiyonunun gecikmiş bir ön koşullama sağlayarak, iskemi/reperfüzyon hasarına karşı kalbi dirençli hale getirdiği tespit edilmiştir. Önemli bir antioksidan olan KoQ10’un, uygulanan doz ve süreye bağlı olarak hem normal hem de septik bireylerde miyokardiyal fonksiyonları kısmen de olsa olumlu yönde etkilemesinin yanında, pro-oksidan etkileri ile belirli oranda hücresel hasara da yol açabileceği belirlenmiştir.

The Effect Of Coenzyme-Q10 on Ischemia/Reperfusion Injury in Isolated Hearts Of Rats Infected by

Staphylococcus aureus
Sepsis is defined as a condition in which microorganisms and their toxins are introduced into the bloodstream, and inflammation and the host response coexist. Staphylococcus aureus is one of the causative microorganisms in sepsis cases seen in the population, which is a gram positive bacterium leading to meningitis, septicemia, inflammatory lesions and rheumatoid arthritis. Staphylococci, especially Staphylococcus aureus (S. aureus) is shown to be the most common causal agent of infective endocarditis.

Coenzyme Q10 (CoQ10) plays an important role in oxidative phosphorylation, and protects mithocondrial proteins and DNA against oxidative damage by inhibiting lipid peroxidation in biological membranes. Recently, it has been reported to be effective in treatment and protection of/against diseases such as ischemia/reperfusion injury, hypertension, coronary artery diseases and heart attacks.

This study aimed to achieve sepsis in rats by injection of S. aureus, to reveal myocardial dysfunction with the help of cardiodynamic parameters which will be obtained from Langendorff system, and as well as the results of biochemical analysis, and to establish whether CoQ10 plays a protective role against a possible myocardial injury.

In the present study, continuous perfusion and ischemia/reperfusion groups subjected to CoQ10 and sepsis, and accompanying control groups were formed, physiological and biochemical methods were applied to the isolated hearts in Langendorff system, and obtained data were statistically evaluated.

A considerable amount of bacteria were present in blood and heart tissue homogenate samples taken from rats with sepsis which was achieved by injection of 15x10⁸ CFU
S. aureus, intraperitonally. In the group subjected to S. aureus, levels of C-Reactive Protein and myeloperoxidase, important biomarkers of inflammation in sepsis, and
N-Terminal-pro-Brain Natriuretic Peptid, cardiac troponin T and creatine kinase-MB all biomarkers of cellular damage, were higher, while total antioxidant capacity was lower. In comparison of cardiodynamic parameters of sepsis group with the control, perfusion pressure and end diastolic pressure were lower, whereas values of heart rate, Max dP/dt, contractility index and rate pressure product were higher. Cardiodynamic abnormalities resulted from ischemia/reperfusion could not be recovered sufficiently in ischemia/reperfusin group; however, sepsis induced ischemia/reperfusion group displayed significant recoveries in almost all parameters during reperfusion. On the other hand, CoQ10 application positively affected cardiodynamic parameters, in part.

As a result of this study, one can suggest that sepsis causes myocardial malfunction, but S. aureus injection renders the hearts resistant to ischemia/reperfusion injury by providing a delayed preconditioning. A significant antioxidant, CoQ10 positively affected myocardial functions in both healthy and septic individuals in a dose- and time-dependent manner, partially. However, it may give rise to some cellular damage through its pro-oxidant effects.