GDO tartışması sonuca bağlanmadı 2009 yılında kamuoyunu en çok meşgul eden konulardan biri de GDO'lu ürünlerin ithalini düzenlemek amacıyla yayınlanan yönetmelik oldu.
Türkiye'de uzun süreden beri denetimsiz bir şekilde GDO içeren ürünlerin ithal edildiği biliniyordu. Bu hususta üretici kesimde bir endişe vardı ve önlem alınması isteniyordu.
Ancak GDO'lu ürünleri üreten uluslararası gıda şirketleri ve bu ürünleri pazarlayan kesimler de, bu ürünlerin ithalini serbest bırakan bir yönetmelik konusunda uzun zamandan beri taleplerini dile getirmekteydi. Bu şirketlerin GDO'lu ürünlerin ithali konusunda alınan önlemleri haksız rekabet olarak gördükleri ve bu yönde önlemler alan bazı hükümetleri Dünya Ticaret Örgütü'ne şikayet ettikleri de biliniyordu.
Mevcut kontrolsüz girişe karşı çıkan tarım ve gıda sektöründe faaliyet gösteren bir çok sivil toplum örgütü ise GDO'lu ürünlerin sakıncalarına dikkat çekiyor ve yapılacak bir düzenlemeyle GDO'lu ürünlerin üretilmesinin ve ithal edilmesinin önüne geçilmesini talep ediyordu.
Daha önce bu konudaki düzenlemenin Biyogüvenlik Yasası çerçevesinde yapılacağı açıklanmıştı. Biyogüvenlik Yasası ile ilgili tartışmalar toplumda geniş bir ilgi uyandırmıştı ve Yasa'nın hazırlanması döneminde yasanın içeriğini belirlemek açısından bu tartışmaların yararlı etkileri olacaktı.
Hal böyleyken, Bakanlar Kurulu, ithalat konusunu Biyogüvenlik Yasası'nı beklenmeden ayrı bir yönetmelikle düzenlemeye yöneldi. Bu durumda, düzenlemenin, Biyogüvenlik Yasası'nın yol açacağı tartışmalar yapılmadan GDO'lu ürün üreten, ithal eden ve işleyen firmaların talepleri yönünde yapıldığı ve halihazırda ülkemize girdiği bilinen bu ürünlere "meşruiyet sağlama" amacına yönelik olduğu izlenimi uyandı.
Yönetmelikte belirlenen, binde 9 oranından az GDO içeren gıda ve yemlerin GDO'lu ürün olarak kabul edilmemesi, GDO'suz ürünlerin etiketlerinde bu hususun belirtilmesine izin verilmemesi, ithal edilen, üretilen veya dağıtımı yapılan GDO'lu gıda ve yemin çevre, insan veya hayvan sağlığı açısından olumsuzluğu tespit edildiğinde bu olumsuzluklar konusunda önlem almak ve resmi makamları bilgilendirme yetkisinin gıda veya yem işletmecisine verilmesi, GDO'lu ürünlerin ithali bazı sınırlamalarla genelde serbest bırakılırken, bu ürünlerin bebek mamalarında ve küçük çocuk ek besinlerinde kullanılmasının yasaklanması, bir ürünün GDO'lu olup olmadığını veya GDO'lu ise "insan ve hayvan tedavisinde kullanılan antibiyotiklere karşı direnç genleri içerip içermediğini belirleyecek bilimsel komitenin üyelerinin Bakanlık tarafından belirlenmesini öngörmesi gibi bazı koşullar da bu izlenimi güçlendirdi.
Bu maddelerin toplumda genel bir eleştiri konusu olması üzerine yönetmelikte bir değişikliğe gidilerek bu maddelerin büyük bölümü yeniden düzenlendi; ancak bu kez de yönetmeliğin yürürlüğe girme tarihinin ileri bir tarihe bırakılması, GDO'lu ürünleri o tarihe kadar serbestçe girmesi açısından eleştirildi ve daha sonra bu maddelerin yürürlüğü Danıştay tarafından durduruldu. Ancak daha sonra bu karara yapılan itiraz da kabul edildi.
Bütün bu kargaşanın en olumlu sonucu uzun zamandır TBMM gündemine gelmeyi bekleyen Biyogüvenlik Yasası'nın nihayet Meclis'e sevki olmuştur. Bu yasa tasarısının görüşülmesi sırasında bu tartışmaların yeniden yaşanacağı da görülmektedir.