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La Vie des Sociétés

79. Affymetrix vient de lancer de deux nouvelles GeneChips, Mapping 10K pour l'analyse des SNPs et CustomSeq™ de reséquençage. PRNewswire-FirstCall (23JUL03). On y trouvera deux exemples d'accélérations des découvertes.

Le réseau Mapping 10K Array est adaptable et fournirait ses résultats en une seule opération avec une seule amorce et sans PCR multiplex, ce qui permettrait de cibler un gène intéressant avec une relative simplicité et 250 ng d'ADN. Elle permet, selon des chercheurs de Novartis, de cartographier des blocs de déséquilibre de liaison sans placer un marqueur tous les 5 kb.

Le réseau CustomSeq Resequencing Array permettrait de séquencer et de génotyper 30 kb en deux jours. La séquence des deux brins est produite automatiquement avec un minimum d'assemblage résiduel. Vu la taille des séquences, la technique serait indiquée pour les séquences mitochondriales (qui ont effectivement été réalisées) ou des pathogènes).

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80. Applied Biosystems annonce le lancement d'un réseau d'expression du rat destiné aux études pharmacologiques et toxicologiques, Rat Assays-on-Demand™.Applera Press Release (09JUL03).

Applied Biosystems annonce, par ailleurs, le premier instrument d'exploration du génome humain sur un seul réseau, Applied Biosystems Expression Array System. Il utilise des techniques propres de chimioluminescence, avec des sondes de 60 nucléotides correspondant à 30 000 gènes, et une sensibilité accrue. Il sera disponible avant la fin de l'année. Un système équivalent pour la souris devrait être disponible au début de l'année prochaine et pour le rat un peu plus tard. Applera Press Release (22JUL03).

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81. L'étiquetage des aliments contenant des acides gras trans qui va entrer en vigueur aux Etats-Unis, qui va entrer en vigueur en 2006,pousse les producteurs à réduire leur présence. Archer Daniels Midland vient donc de lancer sa production de NovaLipid™ issu de traitements enzymatiques et correspondant à cette préoccupation. ADM Press Releaase (18JUL03).

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82. Cargill Health & Food Technologies et Hayashibara se sont mis d'accord sur la vente de tréhalose en Europe. Cargill sera alors le seul vendeur de tréhalose en Europe. La production aura lieu suivant le procédé de Hayashibara. Cargill Press Release (08JUL03).

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83. Diversa a obtenu $1,38 million du Chemical and Biological Defense (CBD) Initiatives Fund du Department of Defense américain pour la détection immunologique rapide des attaques biologiques. l s'agit d'améliorer la sensibilité des appareils de détection (notamment contre des bactéries modifiées intentionnellement), mais aussi de préparer des anticorps humains stables pour une sérothérapie ou une prophylaxie éventuelles. Ce financement permettra, par ailleurs, de mettre au point, dans le cadre du programme de biodéfense de Diversa ”Rapid, Antibody-Based Biological Countermeasures”, une amélioration, par évolution dirigée, des anticorps contre la capsule du bacille du charbon. La découverte de nouvelles cibles de lutte est également au programme. Ce travail sera réalisé avec Arthur Friedlander et Randal Schoepp de l'U.S. Army Medical Research Institute of Infectious Diseases (USAMRIID). Diversa utilisera l'analyse du sang des survivants de l'attaque à l'anthrax de 2001 qui constitue un développement de son programme de l'analyse du protéome de Bacillus anthracis,entamé en Juin 2002. Diversa Press Release (16JUN03). On trouvera dans ce communiqué une justification de cette approche. Un travail sur la peste est également engagé et faisant intervenir la chromatographie liquide 3D couplée à la spectrométrie de masse en tandem. Diversa Press Release

La société a, par ailleurs, acquis un programme d'antifongiques au stade préclinique de GlaxoSmithKline. Comme d'habitude JM Short se flatte de l'excellence de ses initiatives (il n'est pas le seul). C'est une sordarine destinée à un usage humain. Cet antifongique constitue une nouvelle classe d'antifongiques avec un mode d'action différent des autres et un large spectre de cibles et plus efficace que les échinocandines et azoles. Diversa Press Release (22JUL03).

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84. Genencor et la Health Protection Agency britannique annoncent un programme de développement d'une stratégie d'éradication des prions. Il s'agit surtout de décontaminer les instruments de chirurgie. Le procédé concerné utilise une protéase thermostable brevetée de Genencor. On est encore loin d'une autorisation. Genencor Press Release (28JUL03).

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La Politique

85. L'opposition aux animaux génétiquement modifiés est souvent justifiée par le caractère "non naturel" de l'opération. Un article de H Verhoog; Trends in Biotechnology 21 (JUL03) 294-297 discute ce terme de "naturel" qui est une notion toujours normative, définissant ce qui est "bon" ou "mauvais". Je tiens à souligner ici (et exceptionnellement), que les commentaires qui suivent ne relèvent que de ma responsabilité et n'engagent nullement l'INRA.

Il y a, dans le terme de "naturel", un composant éthique intrinsèque liée à la technique (le génie génétique est "mauvais" ou "bon" selon ses convictions), et une composante extrinsèque qui concerne les produits de ces techniques (ils sont "inutiles" ou "utiles", "dangereux" ou "inoffensifs").

Les arguments intrinsèques sont que l'on joue, de façon blasphématoire, aux "divinités", ou qu'il y a atteinte à l'"intégrité des êtres vivants".

Dans le rapport du Nuffield Council on Bioethics uniquement consacré aux cultures végétales, on note que l'agriculture traditionnelle est, par essence, une activité non naturelle. Ce qui choque les scientifiques est qu'aucun élevage moderne n'est naturel. Ceci débute avec la domestication, est suivi par la sélection qui a donné les races locales tant vantées pour leur diversité, pourtant obtenue par élimination de quantités de gènes peu adaptés à un contexte écologique et humain donné. Entre les bovins sauvages qui peuvent persister dans certaines régions comme les grandes étendues de l'Est africain et nos bovins un certain écart génétique n'est pas inattendu. Inversement l'introgression (volontaire ou non) de nombreux gènes des vaches laitières européennes dans les bovins N'Dama africains trypanotolérants conduit à des modifications "non naturelles" de la variabilité génétique, car l'homme est intervenu et a créé des animaux impensables par simples croisements naturels. Maintenant, on peut regretter cette pratique multimillénaire et souhaiter ne pas la prolonger par une intervention directe sur l'ADN.

Mais transferts d'embryons, fécondation in-vitro, clonages sont venus compléter ces "artifices naturels". La technique n'est donc pas en cause, mais son produit dans le cas des animaux (ne parlons pas de l'homme qui n'est pas ici notre problème).

Les seuls animaux supérieurs, Oiseaux et Mammifères sont, par ailleurs, considérés comme "animaux". L'abeille, du simple fait qu'elle est exploitée, bénéficie de certaines de ces retombées, mais tout juste. On n'a que peu de respect pour le bourdon qui fait la même chose, est utile et l'on extermine les guêpes qui sont aussi des animaux. La "Nature" et le "naturel" sont donc des notions sélectives dans la "Nature" car on se croit, oh paradoxe, obligé de justifier cette protection par l'utilité de l'abeille.

Il est clair que toutes les innovations technologiques depuis plusieurs milliers d'années écartent de plus en plus l'animal de son rôle propre dans sa reproduction. Là encore l'auteur souligne que ce n'est pas une raison pour continuer, mais peut-on prolonger ce raisonnement à toutes les innovations technologiques dans le domaine du vivant en faveur de l'homme?

Il existe une approche un peu différente, plus utilitaire, qui consiste à dire que l'on ne doit se préoccuper de ce que l'on fait aux animaux, que quand ils en souffrent (problème du bien-être animal), cas des techniques d'abattage moderne modifiées dans le but de diminuer cette souffrance. Cela ne coûte pas plus cher, donc allons y.

L'animal transgénique souffre-t-il plus? On n'a jamais interdit les races doubles-muscles (parmi les charolaises, blanc-bleue belges, etc…) qui imposent une césarienne systématique du fait de la taille des veaux à la naissance. On a condamné, sous le prétexte OGM, une modification qui supprime le besoin de bains de poussière chez les poulets (MAFF britannique "Report of the Committee to Consider the Ethical Implications of Emerging Technologies in the Breeding of Farm Animals dénommé "the Banner Report").

Ce Banner Report conclue que certaines modifications génétiques sont moralement répréhensibles, car elles entraînent les animaux vers le statut de matière première pour notre usage et indépendant des "buts" d'une espèce dans la nature. Mais c'est absolument le cas pour la sélection classique, ce que ne contredirait pas un pur végétarien.

Si on prend les cultures transgéniques, le rapport Nuffield (Nuffield Council on Bioethics, (1999) Genetically Modified Crops: the Ethical and Social Issues, NCB, London), qui leur est consacré, indique que les espèces évoluent indépendamment de nous et que seule la sélection va réduire la diversité et ne tiendra compte que de l'entretien des variants adaptés à une condition donnée, dont le blé cultivé est un bel exemple, probablement devenu tellement dépendant de nous (pratiques culturales, adaptation à des régions entières, que notre disparition entraînera certainement la sienne. Ceci concerne le produit de la génétique. Il reste les produits dans leur contexte, la "Nature".

L'inquiétude peut porter sur le basculement non intentionnel (mais possible), de régulations au sein des populations d'une espèce et des écosystèmes. On se rapproche d'une vue holistique de la nature. Elle repose sur l'idée que les aspects réductionnistes incontestables du génie génétique se moquent des interactions avec les autres formes de vie et du milieu. Cela est peut-être vrai au début de l'opération, mais quel sélectionneur met directement sur le marché une plante sortie de son éprouvette? Les essais (que l'on détruit de temps à autre) sont précisément une sélection de produits dérivés d'hybridations entre variétés transgéniques et non transgéniques pour les adapter à un environnement donné. Quant aux relations avec les autres organismes, dans le cadre d'une vue holistique de la "vie", elle est sous-jacente à toute la lutte contre les infections : on gère une flore pathogène en faveur d'une autre forme de vie, plante ou animaux (dont l'homme). Prenons le cas des plantes résistantes à un pathogène; on n'a pas attendu les OGMs pour sélectionner des cultures résistantes à tel ou tel pathogène, opérer des modifications chimériques (voir le vignoble français face au phylloxéra), opérer des transferts géniques en introgressant des gènes de tomates sauvages, immangeables mais résistantes, puis on a répandu ces gènes sur tous les continents. La place de la "Nature" dans ces constructions humaines dont nous ne pouvons plus nous passer; devient de plus en plus évanescente. De toute façon la vue réductionniste de la Nature par les scientifiques (généticiens moléculaires ou pas) ne se situe pas sur le même plan que la perception globale du commun des mortels et explique le divorce entre ces deux populations dont une est majoritaire.

Dès les débuts de l'agriculture en Mésopotamie (le fameux "croissant fertile"), on a cherché à faire pousser avec la plus grande efficacité possible un petit nombre de plantes (celles qu'on arrivait à maîtriser) là où d'autres plantes étaient heureuses de vivre. Mais dans un autre document (le livre "Engineering genesis; The Ethics of Genetic Engineering in Non-Human Species" A. et D.Bruce (1999) Earthscan Publications) on peut noter que "The idea of the natural (or divine) wisdom of the natural order is an important principle", d'où la notion de "blasphème" évoquée au début de cette analyse

Il existe une dimension "sentimentale" (celles qui ne peut être affectée par des faits, ce qui est tout à fait respectable, comme les religions).

Le rapport du "Task Group on Public Perceptions of Biotechnology, (1999) Ethical Aspects of Agricultural Biotechnology, European Federation of Biotechnology, Den Haag", note que franchir la barrière de l'espèce peut être considéré comme d'une importance considérable. Il y a du vrai, car on a précisément défini l'espèce comme résultant d'un isolement reproducteur empêchant les échanges de gènes entre deux d'entre elles, et que l'espèce constitue un îlot génétiquement isolé. Ceci est à cheval sur une approche "sentimentale" et "rationnelle".

Quand, comme pour beaucoup de composées, la nature ne respecte pas cette règle et mélange facilement plusieurs groupes "génétiques" définis comme des espèces par des hybridations nombreuses rendant les systématiciens neurasthéniques (comme l'a été Mendel à la fin de sa vie), on est un peu décontenancé sur les vues de la "Nature" sur le sujet.

Rappelons, à ce propos, l'origine de nombreuses plantes cultivées, notamment ornementales sans aucune importance pour la survie humaine, qui ont été construites, souvent par hasard à la suite de croisements accidentels fertiles ou pas (le mulet a franchi la frontière, mais à ses dépens). Simplement, chez les plantes, il est beaucoup plus facile de perpétuer ces formes dont la reproduction sexuée est impossible ou très difficile (voir la banane-dessert dwarf Cavendish une Musa acuminata triploïde, par exemple).

Les animaux sont relativement protégés de tels écarts de la nature, encore que des hybrides de poissons, entre porcs et sangliers par exemple, puissent exister.

Un argument parfois avancé est que les animaux d'élevage perdent leur autonomie non seulement par rapport à leur propre devenir (mais souhaitent-t-il être mangés), mais encore le rapport éleveur/animal élevé est complètement modifié par l'intervention d'acteurs extérieurs qui détiennent la technique. C'était déjà vrai au début de l'insémination artificielle, des césariennes utilisées pour plusieurs races de bovins, mais sont revenus dans les mains des éleveurs dans certains cas.

Il est cependant peu probable que le génie génétique puisse être pratiqué à la ferme. En gros, il y a une évolution continue, mais avec un saut qualitatif important, et l'ingéniérie génétique a peut être fait prendre conscience rétrospectivement d'une évolution des mentalités qui nous a poussé très loin dans l'artificiel. Par ailleurs, au niveau moléculaire, les aspects qualitatifs de l'animal disparaissent.

Malheureusement les choix entre plusieurs conceptions normatives de ce qui est "naturel" ne peuvent être basés sur des affirmations factuelles. C'est ce que montre le rejet des OGMs par les partisans de l'agriculture "biologique". Ces derniers ont, au-delà du besoin d'un créneau lucratif, une conception de la nature qui est souvent basée sur des données écologiques réelles et relativement holistiques où l'aspect réductionniste du génie génétique (on ne transfère qu'un seul gène, etc…) ne peut être pris en compte. Le génie génétique est donc rejeté.

Par ailleurs, cela peut être une approche non-anthropocentrique, avec une composante émotionnelle, une considération pour la "Nature", non pas tant pour son caractère "sauvage" que pour sa "différence", qu'on ne veut pas troubler. Le respect des frontières de l'espèce, évoquée plus haut, en fait partie.

L'auteur de la revue fait reproche à tous les rapports évoqués de ne pas avoir compris cet aspect émotionnel, et je suis assez d'accord avec lui. Mais je rapproche son attitude de l'intolérance vis-à-vis des aspects culturels de beaucoup de religions. Les religions sémitiques interdisent la consommation de porc, et on peut bien leur asséner les raisons techniques originales (sanitaires) de ce rejet, personne ne les fera changer d'avis sur le sujet. Ce n'est pas un problème de faits incontestés, c'est une approche émotionnelle (pour ne pas dire irrationnelle) qui peut se comprendre. Je dirais que le problème de la nature de la "Nature" est également religieux à sa façon. Il nous faudrait, respecter, sous cet aspect émotionnel, le foulard de certains objecteurs, s'ils avaient le même respect pour les initiatives des scientifiques qui ont d'autres arguments à avancer. Je poserais volontiers une dernière question: est-il bien naturel que l'homme envahisse toute la planète, en devenant le plus grand prédateur de tous les temps, relativement protégé des épidémies, et pour qui les guerres sont répréhensibles? Il fut un temps où cette pression humaine était bien plus faible, et on pouvait facilement parler d'une nature sauvage, dont on détruit les derniers restes en Amazonie et dans les jungles de Bornéo. Même si on essaye de protéger ces derniers restes, la "nature" a disparu depuis trois mille ans.

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86. Une étude chinoise sur les avantages et inconvénients de la culture de cotons Bt est parue dans J Huang et al.; Agricultural Economics 29 (JUL03) 55-67.

Le but précis est de déterminer si, et combien, ces cultures permettent d'économiser sur le chapitre des pesticides, la nature et la source de ces réductions et de préciser les externalités non pécuniaires de ces réductions éventuelles. Consacrée aux petits fermiers du Nord de la Chine, l'étude a été réalisée sur des données de 2001. Elle ne prend pas en compte l'impact sur la qualité des aliments, les problèmes de toxicité aiguë et chronique des pesticides,, la qualité de l'eau etc…qui sont, cependant, des externalités notables mais qui ne pouvaient être prises en compte, probablement du fait de données insuffisantes..

L'étude conclue que le coton Bt réduit sensiblement le nombre des pulvérisations, la quantité d'insecticides et les dépenses afférentes. Les variétés chinoises et celles de Monsanto seraient techniquement équivalentes (ce qui faciliterait l'embargo contre les importations). Une diminution de la quantité de travail est également notée.

Il faut rappeler que la Chine est un utilisateur majeur de pesticides dans le monde. On y est passé de 211 000 tonnes d'agents actifs par an en 1985 à 340 000 tonnes en 1996. Les contaminations des sols, des eaux et des produits agricoles sont également devenues spectaculaires.

Des efforts ont donc été faits pour accroître les résistances naturelles et pratiquement toutes les nouvelles variétés distribuées ces vingt dernières années sont de ce type. Au moins dans le cas du riz, ces nouvelles variétés ont, à elles seules, diminué la quantité des pesticides utilisés.

On voit cependant apparaître des résistances des pathogènes à ces variétés ainsi qu'aux pesticides de synthèse comme des auteurs le notent en 1998 et 1999. e montage de plantes transgéniques a commencé en 1990. Les semenciers chinois ont en développement et essais au champ, des variétés Bt de riz, maïs, coton et plantes maraîchères.

Les cotons Bt sont maintenant commercialisés, au vu des résultats désastreux des traitements chimiques, et ceci depuis 1997. Des millions de petits cultivateurs utilisent maintenant ces variétés.

On trouvera dans cette étude des tableaux indiquant l'évolution de l'utilisation des pesticides, une étude des corrélations entre adoption des cotons Bt et l'usage des pesticides. ainsi que les conséquences qu'on peut déduire de ces analyses.

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