Université Louis Lumière Lyon 2 Faculté de Géographie, Histoire de l’Art, Tourisme

sqq.

4 Voir [Honda, H., 1978], p. 536.

1 Voir [Honda, H., 1978].

2 “In the present report, Dirichlet domains have been shown to have the possibility to describe, within certain limits, cultured cells in a sheet, epithelial cells in surface or tissue, and so on […] Then, at every stage of pattern changes, we can quantitatively obtain several geometrical properties which may be interesting in studying histology and histogenesis with respect to individual cell behavior”, [Honda, H., 1978], pp. 537-538.

1 “The shapes of tree crowns are often of practical importance in timber, fruit, and ornamental trees, and are basic to the adaptive strategy of a species”, [Fisher, J. B., Honda, H., 1977], p. 377. Cette idée aura ensuite beaucoup d’importance dans le développement conjoint d’une approche dite souvent « sociologique » du comportement des arbres en forêts. On y repèrera ainsi des dominants et des dominés.

2 [Fisher, J. B., 1992], pp. s138 et s146.

3 “PREDICTION OF USEFUL TREE SHAPES – The overall shape of a tree is often of practical importance to the forester or horticulturist. It would be important to understand which parameters impart the desired changes in form. These parameters could then be selected for in seedlings or saplings, assuming that the parameters in question remain constant in an individual during ontogeny”, [Fisher, J. B., Honda, H., 1977], p. 381.

1 [Barker, S. B., Cumming, G. et Horsfield, K., 1973], p. 33.

2 [Barker, S. B., Cumming, G. et Horsfield, K., 1973], p. 34.

3 [Barker, S. B., Cumming, G. et Horsfield, K., 1973], p. 41.

4 [Barker, S. B., Cumming, G. et Horsfield, K., 1973], p. 42.

1 “We are not aware of any satisfactory method for sampling branching systems for the purpose of determining order and suggest that until a technique is developed it is necessary to count every branch”, [Barker, S. B., Cumming, G. et Horsfield, K., 1973], p. 43.

1 En 1971, Honda, pour sa part, ne semble pas connaître les travaux sur la loi de Horton. Il méconnaît donc a priori la pertinence du choix qu’il fait. Cette année-là, il se trouve que Leopold publie également son article, indépendamment, et dans le même numéro du Journal of Theoretical Biology. La rédaction du journal les imprime à la suite l’un de l’autre : les lecteurs de l’un seront donc ensuite inévitablement les lecteurs de l’autre.

2 Nous tenons ces informations d’une communication personnelle, par courrier électronique, en date du 28 octobre 2003, avec Jack B. Fisher lui-même.

3 [Fisher, J. B. et Honda, H., 1979a], p. 634.

4 “A major limitation to quantitative studies of the adaptive geometry of trees is the three-dimensional complexity of both branches and leaf orientations which has inhibited construction of reasonable structural models. However, the basic two-dimensionality of lateral branches and leaf clusters in Terminalia catappa L. greatly simplified the problem of analysing branch geometry”, [Fisher, J. B. et Honda, H., 1979a], p. 633.

1 [Fisher, J. B. et Honda, H., 1977], p. 377.

2 Selon leur propre expression : « mathematical model », [Fisher, J. B. et Honda, H., 1977], p. 378.

3 Voir [Fisher, J. B. et Honda, H., 1979a] et [Fisher, J. B. et Honda, H., 1979b].

4 [Honda, H. et Fisher, J. B., 1979], p. 3875.

5 [Honda, H. et Fisher, J. B., 1978], pp. 888-889.

1 [Fisher, J. B. et Honda, H., 1979a], p. 639.

2 “plant demographers”, [White, J., 1979], p. 122.

3 Alors en poste au Département de Botanique du University College de Dublin.

4 Cela est notamment évident pour les plantes à rhizomes. Voir [White, J., 1979], p. 122.

me [White, J., 1979], pp. 133-134.

1 Selon son expression : “morphological idealism”, [White, J., 1979], p. 134.

2 Nous devons cette précision à l’entretien par courrier électronique que nous avons eu avec Fisher le 28 octobre 2003.

1 [Fisher, J. B., 1992], p. s144.

2 Qui donnera son nom au laboratoire d’informatique de la Florida International University. Voir le site http://www.aul.fiu.edu/docs.

3 Voir [Weeks, C. L. et Comfort, J. C., 1983], p. 655.

4 Le Terminalia, le Cameraria et le Tabernaemontana. Voir [Weeks, C. L. et Comfort, J. C., 1983], p. 649.

5 “While no photographs of equivalent ages are immediately available, J. B. Fisher, of Fairchild Tropical Garden, has testified to the botanical reasonableness of the simulated structures”, [Weeks, C. L. et Comfort, J. C., 1983], p. 654.

6 Il est possible qu’à cette époque-là, Comfort et Weeks aient eu connaissance des travaux bien plus avancés de l’école française du CIRAD. Ces derniers avaient en effet été publiés entre 1981 et 1983. Nous les resituerons bientôt dans leur contexte d’apparition.

1 P. B. Tomlinson est un anglais d’origine. Il fait des études de biologie et de botanique à l’Université de Leeds, en Angleterre, entre 1949 à 1955. En 1955, il y obtient un doctorat en botanique. Ses recherches touchent principalement à l’anatomie systématique des monocotylédones et à la morphologie développementale des arbres et des forêts. Entre 1965 et 1971, il est attaché de recherche auprès de l’institut de foresterie Harvard Forest de l’Université d’Harvard. À partir de 1971, il devient professeur de Biologie à Harvard et chercheur rattaché au Jardin Tropical de Fairchild en Floride. Il sera professeur à Harvard jusqu’en 2001. Entre-temps, il collabore étroitement avec l’école française d’architecture végétale de Francis Hallé et Roelof A. A. Oldeman. Nous retrouverons cette école plus bas.

2 Voir [Honda, H., Tomlinson, P. B. et Fisher, J. B., 1981].

3 Voir [Honda, H. et Tomlinson, P. B., 1982] et [Borchert, R. et Honda, H., 1984].

4 [Honda, H., Tomlinson, P. B. et Fisher, J. B., 1981], p. 570 et [Honda, H. et Tomlinson, P. B., 1982], p. 2.

5 [Borchert, R. et Honda, H., 1984], p. 185.

6 [Honda, H., Hatta, H. et Fisher, J. B., 1997].

1 Pour ce paragraphe, nous nous sommes notamment appuyé sur les indications fournies par de Reffye lui-même, au cours de notre entretien de 2001 : [Reffye (de), Ph. et Varenne, F., 2001].

2 Le jardin botanique de Chèvreloup, situé dans le parc de Trianon à côté de Versailles, a été créé par le botaniste du Jardin du Roi (futur Jardin des Plantes), Bernard de Jussieu, en 1759. Il est annexé au Museum National d’Histoire Naturelle depuis 1922. Il devient un arboretum par décret en 1927. On y trouve actuellement plus de 2500 espèces et variétés d’arbres des régions tempérées. Les plantes tropicales sous serres du Jardin des Plantes y ont été transférées depuis 1986.

1 Voir l’entretien [Reffye (de), Ph. et Varenne, F., 2001], p. 1.

2 Voir sur ce point [Cousin, R. et Poupardin, D., 1996], p. 68.

1 Dans le Compte-Rendu de l’Académie des Sciences qui correspond à la séance du 9 mai 1973. Le titre de cette note est : « Sur l’existence possible d’une unité naturelle de longueur des chromosomes métaphasiques de Lolium perenne L. : le module. »

2 Cette homologie stricte est nécessaire pour qu’après la méiose du génome de l’hybride (la méiose est cet enchaînement de deux divisions cellulaires de cellules diploïdes donnant naissance à des cellules haploïdes, appelées gamètes ou cellules sexuelles), l’appariement des chromosomes parentaux ou zygotène se fasse sans problème pour les cellules filles.

3 [Reffye (de), Ph. et Essad, S., 1973], p. 2661.

4 [Reffye (de), Ph. et Essad, S., 1973], p. 2661.

5 [Reffye (de), Ph. et Essad, S., 1973], p. 2662.

1 Phase de la mitose pendant laquelle les chromosomes sont très condensés et se présentent en plaque équatoriale avant de se cliver en chromosomes fils. Voir [Vogel, G. et Angermann, H., 1984, 1994], p. 79.

2 Parce que l’outil mathématique sert ici à exprimer et retrouver les longueurs supposées réelles à partir des longueurs apparentes ou mesurées.

3 [Reffye (de), Ph. et Essad, S., 1973], p. 2661.

4 [Reffye (de), Ph. et Essad, S., 1973], p. 2662.

5 [Reffye (de), Ph. et Essad, S., 1973], p. 2662.

1 [Reffye (de), Ph. et Essad, S., 1973], p. 2663.

2 Cette information qui n’apparaît bien sûr pas dans la publication telle quelle nous a été donnée par Philippe de Reffye lui-même, lors d’un échange de courriers électroniques le 18 février 2003.

3 Cette relative précipitation filtre à travers les mots de la dernière phrase du document : « Les travaux visant à approfondir ces données sont actuellement en cours et les premiers éléments seront présentés en détail ailleurs », [Reffye (de), Ph. et Essad, S., 1973], p. 2664.

er [Reffye (de), Ph. et Essad, S., 1973], p. 2663.

1 D’où également le « possible » qui figure dans le titre de la communication : « Sur une existence possible d’une unité naturelle … »

2 Si l’on voulait utiliser l’analogie avec la géométrie projective, on pourrait dire qu’ici le modèle mathématique n’a pas pour fonction de condenser les données mais plutôt de nous les donner sous la forme d’un géométral : sans plus de projection, donc sans perte d’information. Il s’agit de redresser les données pour donner à voir ce que Leibniz appelle lui aussi un géométral ou bien encore une ichnographie.

3 Surtout en France, à l’époque. De plus François Jacob, André Lwoff et Jacques Monod ont reçu le prix Nobel, quelques années auparavant, en 1965. Rappelons que Michel Morange, après Richard Burian et Jean Gayon, attribue cette primauté de la physiologie sur la morphologie dans la biologie française à la longue influence de la pensée de Claude Bernard. Voir [Morange, M., 1994], p. 212.

4 [Reffye (de), Ph. et Essad, S., 1973], p. 2663.

5 Rappelons brièvement que la théorie du réplicon a été proposée par Jacob, Brenner et Cuzin dans un article de 1963. Cette théorie est d’abord intervenue dans l’explication des phénomènes de division cellulaire chez les bactéries. Mais, par la suite, sa généralité a été relativement bien confirmée. Le réplicon y est présenté comme une unité de réplication autonome œuvrant sur la molécule d’ADN du chromosome et dont l’activité est régulée de manière complexe. Les cellules des organismes supérieurs (dites eucaryotes ou à noyau individualisé) disposent par exemple de plusieurs milliers de réplicons sur leurs molécules d’ADN. Pour ce rappel, nous nous sommes appuyé sur l’article « chromosome » de Denise Zyckler publié dans l’Encylopaedia Universalis, édition 1989 et CD-ROM 1995, Tome 5, p. 774a

1 Voir [Cousin, R. et Poupardin, D., 1996], p. 68.

2 [Morange, M., 1994], pp. 221-223 et [Gaudillière, J.-P., 2002], chapitre 3.

3 L’IFCC a été créé le 30 décembre 1957 et ses bureaux étaient installés 20, rue Monsieur, à Paris. Il est devenu l’IRCC en 1983, Institut de Recherche sur le Café, le Cacao et autres plantes stimulantes. Cet institut sera ensuite rattaché à d’autres pour former plus tard, en 1984, le CIRAD (Centre Internationale de Recherche en Agronomie pour le Développement).

1 Sous la quatrième République, entre le 20 janvier 1955 et le 23 février 1955. Source : Guide des sources de l’Histoire de l’Asie et de l’Océanie dans les archives françaises – Tome I : Archives. Cette information nous a été directement communiquée par le Centre des Archives d’Outre-Mer d’Aix-en-Provence que nous remercions pour l’occasion.

2 [Juglas, J.-J., 1957], p. 3.

3 [Jagoret, P. et Descroix, F., 2002], p. 45.

4 Pour une production mondiale de 848000 tonnes de fèves de cacao en 1955-1956, la Côte-d’Ivoire et le Cameroun en produisaient à eux-seuls 130000 tonnes. Mais leur progression (de 10000 tonnes) entre 1956 et 1957 accompagnait tout au plus la progression mondiale totale (avec un production prévue par le FAO à 900000 tonnes pour 1957) sans leur permettre d’accroître leur part de marché. Voir pour ces données [Café, Cacao, Thé, Vol. 1, n°1, 1957], pp. 41-42.

5 En ce sens, l’idéologie de la « mise en valeur des colonies » ([Bonneuil, C., 1991], p. 40) telle qu’elle s’affichait après 1918 dans le souci louable de relever l’économie nationale n’était pas aussi prégnante après 1945.

6 Voir le répertoire législatif publié dans [Café, Cacao, Thé, Vol. 1, n°1, 1957], pp. 52-53.

1 [Picard, J.-F., 1990], p. 44.

2 [Picard, J.-F., 1990], p. 80. Pour plus de précisions, voir également [Bonneuil, C., 1991], pp. 83-93. L’historien Christophe Bonneuil y explique le fait que placer la recherche coloniale sous la tutelle directe du ministère des colonies à travers une structure d’« office » revenait à lui imposer un axe plus technique, plus appliqué et finalisé. Au contraire, ce que promettait la tutelle du ministère de l’instruction publique, à travers le projet d’une section coloniale au CNRS (le CNRS était lui-même à cette époque sous la tutelle de l’instruction publique), était une orientation clairement plus fondamentale pour la recherche dans les colonies [Bonneuil, C., 1991], p. 87.

3 [Juglas, J.-J., 1957], p. 3.

4 Voir sur ce point [Coste, R., 1958].

1 Voir [Bonneuil, C., 1991], chapitre I : pp. 21-57.

2 En quelques années, les rendements crurent d’au moins un tiers pour le maïs et triplèrent pour le blé. Pour ces chiffres, voir [Coste, R., 1958], p. 59.

3 [Jagoret, P. et Descroix, F., 2002], p. 45.

4 [Coste, R., 1958].

5 Même si l’IFCC prévoyait aussi l’amélioration des rendements par la maîtrise des conditions écologiques et par l’ajout de substances de croissance ou engrais, comme en témoigne abondamment la revue de l’Institut (Café, Cacao, Thé) qui a paru de 1957 à 1994. Notons d’ailleurs que l’existence de cette revue a précédé d’un an celle de l’IFCC. En effet, elle a d’abord été créée puis transitoirement soutenue par l’ORSTOM et son service « Café-Cacao-Thé ».

6 Donc en continuité avec les programmes de protection et de stabilisation des cours mis en place par les gouvernements français. Il y a là, comme on le voit, une telle imbrication des motifs scientifiques, techniques et de gestion, de plus accentuée par l’entreprise centralisatrice de contrôle et de régulation, que les ingénieurs agronomes vont définitivement détrôner les naturalistes dans la mise en valeur des colonies. Sur le conflit initial entre ces deux corporations et leurs institutions, voir [Bonneuil, C., 1991], pp. 41 et 45.

1 Evoquant cette centralisation, René Coste, chef du service « Café-Cacao-Thé » à sa création, écrivait dans le premier numéro de la revue Café, Cacao, Thé de janvier-avril 1957 : « Cette importante et judicieuse mesure permettra, avec une direction centralisée, une répartition rationnelle des activités, un meilleur contrôle de l’exécution des programmes et une coordination des efforts, difficiles à réaliser jusqu’alors avec des organismes dispersés dans de lointains territoires et placés sous la dépendance de diverses autorités administratives. Cela permettra aussi, et c’est un des aspects les plus réconfortants de cette réforme, grâce au Fonds commun de la recherche scientifique et technique d’outre-mer, d’assurer le financement régulier de toutes les opérations entreprises », [Café, Cacao, Thé, vol. 1, n°1, p. 9].

2 La Station Expérimentale d’Abengourou en Côte-d’Ivoire, située plus au nord du pays et spécialisée dans l’amélioration du cacao, existait cependant depuis 1947.

3 Pour les dates, voir [Bonneuil, C., 1991], p. 105.

4 [Juglas, J.-J., 1957], p. 3.

1 [Coste, R., 1958], p. 67.

1 [Capot, J., Dupautex, B. et Durandeau, A., 1968], p. 114.

2 Ce travail d’hybridation interspécifique n’a pas été trivial car il a fallu d’abord doubler artificiellement le nombre de chromosomes du Robusta diploïdes (1 répétition des chromosomes : 2n = 22) pour qu’ils puissent s’apparier à ceux de l’Arabica tétraploïdes (2 répétitions des chromosomes : 2n=44). La polyploïdie est très fréquente chez les végétaux.

3 « Ce vocable rendant bien compte de la dualité de leur constitution », [Capot, J., 1972), p. 4. Malgré leur intérêt, nous ne rendrons pas compte ici de ces recherches et de leur contexte dans le détail puisqu’elles ne se réfèrent pas directement à la problématique de la modélisation et à son évolution. Cependant, il nous faut les évoquer car ce sont elles qui mettent à disposition des agronomes un nouveau matériel d’étude qui va en retour les inciter à poser au végétal des questions précises nouvelles en vue d’une pratique de sélection variétale mieux armée. Elles contribuent donc bien à dessiner le contexte scientifique et technique des travaux de modélisation qui suivront.

1 [Capot, J., 1972], p. 15.

2 [Reffye (de), Ph. et al., 1996], p. 3.

1 [Reffye (de), Ph. et al., 1996], p. 3.

2 [Reffye, (de), Ph., 1974a].

3 Il s’agit d’une analyse de données sur des variables numériques ou tout au moins scalées (c’est-à-dire ordonnées entre elles avec des distances relatives constantes). Comme l’analyse factorielle des correspondances qui, elle, se concentre sur des variables nominales ou qualitatives, l’analyse en composantes principales consiste à rechercher les axes d’inertie du nuage de points que forment les données et à les exprimer en fonction de ces nouveaux axes ou « composantes principales ». Voir [Lagarde (de), J., 1995], pp. 101-109.

4 Dans les ouvrages d’analyse de données, ils sont également appelés « modèles explicatifs » par contraste avec les modèles d’analyses en composantes principales souvent dits « descriptifs », dans la mesure où ils sont un cas particulier d’analyse en composantes principales. Il s’agit du cas où il n’y a qu’une seule variable à expliquer en fonction de toutes les autres. Il est intéressant de noter que le modèle est considéré comme explicatif ou tout au moins prévisionnel à partir du moment où, comme dans une équation mathématique explicite (y = f(x) ), une variable est manifestement privilégiée en étant exprimée comme combinaison linéaire de toutes les autres.

1 Dans la page 32 de son article « programmation mathématique » de l’Encyclopaedia Universalis, Tome 19, édition 1989, CD-ROM 1995, le mathématicien Ivar Ekeland écrit : « La programmation mathématique consiste à chercher, parmi tous les points x vérifiant certaines conditions du type g_j (x) ≤ 0, 1 ≤ j ≤ J (contraintes) et h_k (x) = 0, 1 ≤ k ≤K (liaisons) celui ou ceux qui rendent minimal (ou maximal, suivant le cas) un certain critère f (x) qui sera interprété comme un gain dans le premier cas (et comme un coût dans le second). Quand la variable x est de dimension finie, et que ses composantes (x₁, …, x_n) ne peuvent prendre que des valeurs entières, on parle de programmation en nombres entiers ; quand elle est continue, c’est-à-dire quand x décrit ⁿ ou un autre espace vectoriel, on parle de programmation linéaire [« les contraintes sont des fonctions linéaires des variables x_i » et le « critère est lui-même linéaire », précise-t-il plus bas ], convexe ou non convexe suivant les propriétés de fonctions f, g_j et h_k. Enfin, la variable x peut avoir une structure, c’est-à-dire se présenter comme une fonction d’autres variables plus primitives, notamment le temps ; on emploie alors la programmation dynamique. »

2 [Reffye, (de), Ph., 1974a], p. 167.

3 [Reffye, (de), Ph., 1974a], p. 169.

1 Cette « naturalité » de la plante est justement contestable dès lors que, par la génétique, on « fait » des plantes nouvelles. Devenant par là manifestement et plus que jamais un artefact humain, et perçue comme telle, la plante peut se voir plus aisément transférer les méthodes d’ingénieur auparavant appliquées à la gestion des entreprises humaines.

2 [Reffye, (de), Ph., 1974a], p. 171.

3 [Reffye, (de), Ph., 1974a], p. 173. La technique de recherche d’optimum de production du nuage de points consiste d’abord à trouver l’équation de l’ellipsoïde qui le borne et, ensuite, par une méthode de type multiplicateur de Lagrange, à exprimer la maximisation du module du vecteur S des Si comme la maximisation de la distance euclidienne de l’hyperplan caractéristique de ce vecteur à l’origine. Lorsque l’hyperplan est tangent à l’ellipsoïde, tout autre hyperplan définissant un rendement moindre, le point de contact définit bien l’optimum. Or, cet optimum peut, sans ambiguïté, être exprimé mathématiquement. C’est ce qu’a fait auparavant de Reffye, à la page 169 de son article.

4 [Reffye, (de), Ph., 1974a], p. 174.

1 [Reffye, (de), Ph., 1974a], p. 174.

2 [Reffye, (de), Ph., 1974a], p. 174.

3 [Reffye, (de), Ph., 1974a], p. 176. Cette suggestion sera une de celles qui justifieront l’approche modélisatrice de la thèse de 1979.

4 [Reffye, (de), Ph., 1974a], p. 176.

1 Selon le titre de [Reffye, (de), Ph., 1974b], p. 237.

2 Il écrira plus tard : « Il fallait démonter le mécanisme de la chaîne de production qui conduit de la fleur au fruit », [Reffye (de), Ph.,