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Le dépôt des thèses électroniques – 22/02/2013

Le dépôt des thèses électroniques

Formation collège doctoral 22/02/2013

Objectif de la formation : exposer concrètement les procédures de dépôt et de signalement des thèses ; situer ces opérations dans leur contexte, afin d’aider à comprendre les stratégies qui ont mené à cette forme de dépôt et de signalement.

Support réalisé à partir d’ouvrages et de sites dont on trouvera la liste complète en fin de document et d’après les supports précédemment réalisés par la BIU.

1Principes et enjeux du dépôt électronique et de la diffusion des thèses sur internet


1.1Evolution du modèle traditionnel de diffusion de l’IST


Depuis une quinzaine d’années, on assiste à un mouvement important dit du « libre-accès » et des  « archives ouvertes », né d’initiatives diverses dans le monde de la recherche et relayées institutionnellement (au niveau national et international) pour valoriser différemment les résultats de recherche, dans un contexte de crise de l’édition scientifique. L’enjeu du point de vue des chercheurs comme des établissements et institutions qui les soutiennent est clairement de se réapproprier les résultats de la recherche par la promotion de l’auto-publication et l’auto-archivage des chercheurs et la constitution d’archives ouvertes et institutionnelles.

1.1.1Crise de l’édition scientifique


Modèle traditionnel de sélection et de diffusion de l’information scientifique =



  • Des journaux spécialisés édités par des éditeurs commerciaux, des sociétés savantes, des institutions de recherche

  • Un mode de sélection et de validation assis sur le principe du jugement par les pairs. C’est le peer review (une validation soumise au jugement de 2 chercheurs du domaine en aveugle ou non) : une évaluation est assez longue et s’étend sur plusieurs mois. Une fois accepté (avec ou sans corrections), l’article est publié et alors accessible sur abonnement.

A partir de la fin des années 1990, avec le passage du papier à l’électronique, crise de ce modèle :

  • Concentration excessive des éditeurs commerciaux (en particulier en sciences et techniques) : qq très grands groupes mondiaux (Reed Elsevier, Thomson Publishing, Klüwer, Springer, Blackwell…), qq très grandes sociétés savantes surtout, y compris au niveau local (comme en France : Editions Masson rachetées par les Editions Scientifiques et Médicales Elsevier)

  • Une inflation régulière du nombre de titres : environ 24 000 journaux peer-reviewed publiés en 2009 ce qui représente environ 2,5 million d’articles par an.

  • Une augmentation excessive des coûts d'abonnement aux revues scientifiques ces 20 dernières années (de 150 à 300%), ce qui, dans un contexte de restrictions budgétaires et de recherche de maîtrise des coûts n’est pas sans poser problème.

  • Passage d’une économie de stocks à une économie de flux (on achète un accès à une base en ligne et non plus un stock de documents que l’on archive).

En parallèle : un contexte et des contraintes éditoriales qui pénalisent l’activité des chercheurs :

  • Pression croissante sur les chercheurs du Facteur d’Impact utilisé comme indice d’évaluation (et du contexte de plus en plus prégnant de l’évaluation bibliométrique : volume de publications, audience et citations) en particulier dans le monde bio-médical et de la dictature du nombre de publications : « Publish or perish »

  • la perte du droit d’auteur abandonné à l’éditeur de la revue, pas très grave à l’époque du papier mais très dommageable à l’époque de l’électronique

  • le délai entre soumission de l’article et sa publication, pénalisant dans la compétition internationale

En parallèle, des évolutions technologiques bien connues :

  • Développement mondial d’internet, baisse des coûts de connexion et évolution des services à vocation éditoriale du web (blogs, wiki) : généralisation du numérique dans les modes de production, de diffusion et de partage de l’information scientifique, la multiplication des réseaux, notamment internet et l’efficacité croissante des outils informatiques permettant la gestion, les échanges, l’interopérabilité et l’archivage des données.

  • Développement du « logiciel libre » (open source) : sources disponibles et modifiables, exécutables gratuits ex : plateforme LAMP : Linux, Apache, PHP, MySQL ; Mozilla, FireFox Koha, Open Office…)

De nouveaux outils qui portent une nouvelle philosophie des contenus : l’idée de partage plutôt que d’appropriation privée fait son chemin.

1.1.2Réactions : mouvement pour l’open access


Le mouvement pour l'Open Access correspond fondamentalement à une réappropriation partielle par les communautés de chercheurs, grâce aux nouvelles technologies de l’information et de la communication (en particulier internet), des vecteurs de la production scientifique et de la diffusion de ses résultats jusqu'ici exclusivement délégués à des intermédiaires spécialisés et commerciaux.

Cette réappropriation vise à augmenter l'audience des résultats de la recherche en abaissant les différentes barrières liées à la diffusion, en tirant pleinement parti des potentialités d’internet dans la communication scientifique (navigation par liens entre articles ; complémentarité entre revue scientifique et archives d'articles ; complémentarité entre communication scientifique formalisée (revues) et informelle (blogs) et en abaissant les coûts globaux à la fois grâce aux outils d'édition sur Internet (dont certains sont en " Open Source ").

Principes de base : accessibilité, pérennité, gratuité.

1.1.3Résultats : aspirations et réalisations


Depuis le début des années 1990 ont donc vu le jour de nombreuses déclarations et prises de position qui proposent des solutions en faveur de la libre circulation des publications, venant d’individus mais aussi d’organismes nationaux et internationaux et en faveur, plus largement, des grands principes d’ouverture des connaissances et des compétences, de capitalisation des savoirs, dans tous les domaines, et de démocratisation de l’information.

Dans les années 1990, on observe les prémices du mouvement des archives ouvertes, avec quelques réalisations en avance :



  • revue Psychology

  • revue Surfaces

  • ArXiv 1990-1991

Mais ce mouvement commence par une série de déclarations :

  • Initiative de la Public Library of Science (PLOS) en 2001 : La Lettre ouverte de Public Library of Science (PLoS) peut être considérée comme le premier acte militant du mouvement du Libre Accès: des chercheurs prennent position pour « la création d’une bibliothèque publique en ligne qui fournirait le contenu intégral des résultats publiés de la recherche et des textes scientifiques dans le domaine de la médecine et des sciences du vivant sous une forme en libre accès ». Elle se traduit par une pétition internationale exigeant des éditeurs l’autorisation de la mise à disposition en libre accès, dans des bibliothèques publiques en ligne, des documents issus de la recherche publiés dans leurs revues. Aujourd’hui, une des plus grandes plateforme de publication en ligne.

  • L’Initiative de Budapest pour l’Accès Ouvert (BOAI,14 Février 2002 ) prône le libre accès au savoir et suppression des barrières financières, technologiques, culturelles ou juridiques et recommande les deux voies pour atteindre le Libre Accès, l’auto-archivage et les revues alternatives.

  • La Déclaration de Béthesda, le 20 juin 2003, donne une définition de la publication en libre accès mais aussi des rôles des différents acteurs œuvrant dans la communication scientifique.

  • La Déclaration de Berlin (22 octobre 2003) est à l’initiative de bibliothèques, de sociétés savantes et d’organismes de recherche dont le CNRS et l’INSERM pour la France ; elle vise à sensibiliser les utilisateurs en donnant des exemples et une visibilité croissante aux initiatives pour le libre-accès dans les catalogues et bases de données ; elle élargit la notion du Libre Accès à tous les biens culturels et à toutes les données issues d’un travail de recherche.

  • Elle se traduira ensuite par l’organisation de conférences annuelles avec pour objectif de soutenir et de faire adopter les principes du Libre-accès.

  • En octobre 2006 : CEMAGREF, CIRAD, CNRS, INRA, INRIA, INSERM, Institut PASTEUR, IRD, Conférence des Grandes Ecoles et Conférence des Présidents d'Université signature d’un protocole d’accord pour une approche coordonnée au niveau national de l’archivage ouvert de la production scientifique et préconise HAL comme plateforme nationale de dépôt.

  • Déclaration de Salvador sur le Libre Accès (sept.2005) - à l’occasion d’ICML 9 - Un engagement pour l’équité / 9ème Congrès mondial sur les bibliothèques et les informations dans le domaine de la santé à Salvador, Bahia - Brésil, du 20 - 23 septembre 2005, un séminaire international sur le Libre Accès pour les pays en développement.

  • Appel de Ryadh (févr.2006) – à l’occasion du 2ème congrès scientifique Golfe-Maghreb, tenu à Ryadh en 2006 : pour les pays du Golfe et du Maghreb

  • Mai 2010 : déclaration de l’Alhambra sur le Libre Accès. Réunis à Grenade les 13 et 14 mai 2010, en tant que groupe représentatif de parties intéressées au libre accès, sociétés éditrices, bibliothèques, agences de financement, recteurs d’universités et auteurs dans les pays du Sud de l’Europe (représentant l’Espagne, le Portugal, la France, l’Italie, la Grèce et la Turquie), recommandent de mettre en œuvre des politiques encourageant le Libre Accès à l’information scientifique, d’améliorer les actions de soutien en faveur du Libre Accès auprès des chercheurs, des décideurs politiques, etc., de bâtir des modèles économiques alternatifs et durables pour  l’édition, d’assurer la qualité des publications en Libre Accès, de favoriser les archives en Libre Accès.

  • Novembre 2011 : Inauguration d’un portail web de l’UNESCO proposant un panorama mondial des politiques menées en faveur des archives ouvertes dans le monde

  • Nov. 2011 : déclaration de l’IFLA pour le Libre accès et plan stratégique 2010-2015

5 types d’acteurs qui ont fait preuve d’un grand activisme :

  • les institutions de recherche

  • les organismes de financement de la recherche

  • les institutions gouvernementales

  • les éditeurs eux-mêmes

  • les structures de soutien et de promotion (Ex. l’Assoc. Europ. Des Universités ; SPARC aux EU et en Europe, coalition internationale de bibliothèques et d’institutions de recherche ; IFLA)

Cet activisme a pu prendre la forme d’une simple recommandation :

  • En France : nov 2007, l’ANR incite les chercheurs à intégrer leurs publications dans HAL.

  • En Europe : juillet 2012, la Commission européenne publie une recommandation incitant ses membres à prendre des dispositions pour que les publications de recherches financées sur des fonds publics soient librement accessibles (après une période d’embargo de 6 à 12 mois maximum).

D’autres organismes se sont montrés plus énergiques :

  • Oct 2006 : Le Wellcome Trust (WT) - agence de financement britannique, non-gouvernementale, qui couvre les recherches dans le domaine biomédical. Les chercheurs dont le travail est financé en tout ou partie par le WT, doivent déposer une copie électronique de tout article, accepté pour publication dans une revue à comité de lecture, dans PubMed Central (PMC), archive maintenue par la National Library of Medicine (NLM), et dans PubMed Central UK. Ce dépôt doit se faire le plus rapidement possible, avec un délai maximum de six mois, après la date de publication. Le WT pourra donner des fonds supplémentaires aux institutions, dont dépendent les chercheurs, pour couvrir les frais liés à l’application de cette politique. Par ailleurs, il encourage et, s’il supporte les coûts, oblige les auteurs et les éditeurs à rendre le contenu des articles libre d’être copié et réutilisé.

  • Juillet 2007 : La Chambre des représentants américains adopte un texte législatif rendant obligatoire le dépôt dans une archive ouverte des articles de recherche financée par les NIH (National Institutes of Health, la première agence fédérale américaine en termes de recherche et de financement dans le domaine médical et le premier organisme mondial de financement de la recherche) : toute publication en lien avec des recherches subventionnées par le NIH doit être déposée dans un délai maximal de 6 mois après publication dans l’archive ouverte PubMedCentral

  • Août 2008 : La DG Recherche de la Commission européenne annonce le lancement d’un projet pilote de mise à disposition en " open access " dans des archives ouvertes des articles publiés issus de recherches financées dans le cadre du 7e programme-cadre de recherche (PCRD) de l'UE (couvrant les années 2007-2013 et dont les financements totaux s’élèvent à 50 milliards d’euros). Les travaux du projet OpenAIRE commencent, et confirment l’obligation de diffusion libre-accès des publications issues des recherches financées par le 7e PCRD

Une politique qui se double d’un souci d’evaluation:

  • 10-11 nov. 2011 : Berlin 9 : faire le point sur l’impact du LA sur la recherche et l’enseignement

  • Dec 2011 : L’European Research Area Committee (ERAC), organe d’analyse stratégique sur les questions relatives à la recherche et le développement technologique qui conseille la commission européenne et le conseil de l’Europe, a publié un rapport analysant les résultats d’une enquête portant sur la dissémination, l’accès et la conservation des informations scientifiques. Le rapport révèle que le Libre Accès (LA) est soutenu par un nombre croissant d’universités, de centres de recherche et d’agences de financement à travers l’Europe. Mais si le LA est mieux perçu, la question de la conservation à long terme demande à être mieux prise en compte. Ces résultats seront exploités, par la Commission européenne, dans le cadre du développement de sa politique pour l’accès et la dissémination de la production scientifique dans l’Espace européen de la recherche.

Quelques réactions tout de même :

Loi anti-libre accès (information INIST, vendredi 27 janvier 2012 )

Aux États-Unis, une proposition de loi déposée en décembre fait débat : H.R.3699 — Research Works Act (RWA). Elle veut interdire à toute agence fédérale d’adopter ou de maintenir une politique ou un programme qui autorise la dissémination de tout travail de recherche sans le consentement préalable des éditeurs.
Ce texte vise les NIH (National Institutes of Health) et veut empêcher que d’autres agences fédérales suivent leur exemple. Les NIH ont mis en place, depuis 2007, une politique d’obligation de dépôt pour tout article résultant de recherches financées par des fonds publics. Cette obligation est devenue légale en 2007 puis permanente à la suite d’une loi signée en mars 2009 par le président Obama. Le projet n’a semble-t-il pas été retenu.

Les revues SHS et l'Open Access : Assemblée générale extraordinaire des revues diffusées sur Cairn.info (Paris, 11/02/2013). Et les différents éditeurs et Cairn d’expliquer que l’open archive convient parfaitement à toutes les sciences, sauf aux SHS.

1.2Les voies de l’open access

1.2.1La voie verte (Green road)

1.2.1.1Définition

L’  « Open archive ». Dépôt de travaux directement par le chercheur lui-même ou par une personne mandatée dans une archive ouverte comme Hal. Le principe en est l'auto-archivage sans contrôle sur des serveurs institutionnels de copies publiques de preprints et/ou postprints1 d’articles publiés dans des journaux ou des communications de congrès. Les archives ouvertes ont l’avantage d’une diffusion instantanée de nouveaux résultats et d’une validation de la date de publication (questions d’antériorité) sans validation par les pairs et sans frais.

On trouve la liste des archives ouvertes dans OpenDOAR The Directory of Open Access Repositories ;

1.2.1.2Exemples d’archives ouvertes

Les historiques

  • ArXiv.org

  • Cogprint

Institutionnelles (Une archive institutionnelle relève d’une institution (université, grande école, organisme de recherche, association professionnelle) et a pour objectif de contenir, valoriser et conserver l’ensemble de la production scientifique de celle-ci, avec un certain contrôle scientifique, pédagogique et administratif qui en garantissent la qualité) :

  • ECS (Université de Southampton, 1er institution à adopter l’auto-archivage en 2001

  • DSpace@Cambridge University

  • Orbi

  • OATAO

Portails fédérateurs nationaux, régionaux ou internationaux : des réalisations qui couvrent différentes échelles et s’appliquent à des domaines variés, thématiques ou disciplinaires : Hprints pour les arts, sc. Humaines et sociales, surtout Europe du nord – partenariat consortium de bibliothèques univ. Nordiques et du CNRS - en Europe

Disciplinaires



  • Archimer (Ifremer, Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer

  • PubMed Central (base de données bibliographique à accès libre d'ouvrages scientifiques en génie biomédical et dans les sciences de la vie)

Centralisées et pluridisciplinaires : HAL

1.2.1.3Hyper Articles en Ligne

Géré par le CCSd unité propre du CNRS créée fin 2000 (http://www.ccsd.cnrs.fr) sur une initiative nationale : CNRS + CPU : Plateforme d’auto-archivage des publications et des travaux non publiés. Préconisé dès 2006 comme plateforme nationale de dépôt par les grandes institutions françaises d’enseignement et de recherche. N°3 des archives ouvertes et n°1 des archives institutionnelles. En mars 2013 : HAL contient près de 220 000 dépôts de texte intégral. Trois types de dépôts peuvent être effectués dans Hal : références bibliographiques simples ; texte intégral déposé sur HAL ; texte intégral accessible par lien vers Arxiv. Héberge des portails génériques, thématiques ou institutionnels ainsi que des « collections ».

Collection : sélection des documents qui seront déposés selon une démarche institutionnelle ou thématique (pour une institution, une UMR, un laboratoire, une équipe). Des chercheurs travaillant sur une même thématique et des aires géographiques différentes peuvent aussi créer une collection pour donner plus de visibilité à un axe de recherche, ou à l’occasion d’un colloque, par exemple. La page de consultation des données pourra être personnalisée.

Portail : entrée spécifique permettant de mieux identifier une institution, une discipline, un congrès, etc. Les dépôts dans un portail sont soumis aux mêmes règles que les dépôts effectués directement dans le portail HAL générique ; la validation scientifique sommaire est, par exemple, effectuée de la même façon et par les mêmes personnes et les documents se retrouvent dans la même et unique base, celle du serveur HAL.

Un portail fonctionne comme une collection, mais avec des fonctions supplémentaires, par exemple l’utilisation d’un nom de domaine propre dans son URL  (http://hal-ens.archives-ouvertes.fr/, portail de l’ENS) ou l’intégration d’un thésaurus pour les mots clés. Ainsi l’archive ouverte de ParisTech regroupe les publications des membres du PRES ParisTech. Certaines grandes écoles et certaines universités ont également des « collections ».

Une collection permet d’agréger sur le critère de l’affiliation tous les dépôts faits dans un portail HAL.

Un portail n’affiche que les documents qui ont été déposés depuis ce portail.

Exemples de portails : HAL-SHS (30.000 documents), TEL (thèses et HDR), MediHAL pour les images scientifiques, HAL-INSERM ou INRIA.

1.2.2La voie dorée (Gold road)


« L’Open Access ». Mise en ligne d’articles acceptés par les comités de rédaction sur des plateformes de revues scientifiques, librement accessibles. Préconisées par l’Initiative de Budapest, les Revues alternatives doivent offrir un accès libre, en particulier d’entrave technique, avec une mise en ligne immédiate. Il peut s’agir soit de la création de nouvelles revues engagées dans le Libre Accès (PLOS) soit de revues existantes qui choisissent de s’orienter vers cette voie. Ces revues proposent une validation par les pairs. Par ailleurs, le principe est de ne pas facturer « l’abonnement ou l’accès, et se tourner vers d’autres méthodes pour couvrir leurs frais ». C’est l’option choisie par les premiers éditeurs à proposer leur collection en Libre Accès comme BioMed Central. L’idée - mise en place dès 2002 - est de faire supporter les frais de publication aux auteurs ou à leurs institutions : on parle de modèle « auteur-payeur » (l’auteur payant - ou son institution)

Accessibles via des portails tels que : Public Library of Science – PLoS (nativement Open Access) ; Biomed Central, Hindawi Publishing Corporation (conversion complète en OA), Persée et Revues.org (revues en SHS).

Liste dans le DOAJ Directory of Open Access Journals.

1.2.3La voie « hybride »


Les éditeurs, en réaction à la montée des archives ouvertes, ont proposé un modèle alternatif dès 2005 en proposant le modèle de « publication hybride ».

Le journal hybride est un journal électronique scientifique qui publie des articles en accès gratuit et d’autres en accès payant (abonnement). Le choix du mode d’accès revient à l’auteur et non à l’éditeur. L’éditeur, une fois un article accepté pour publication après la phase d’évaluation par les pairs (peer review), donne le choix à l’auteur du mode d’accès électronique. L’auteur décidant de publier en accès gratuit doit généralement payer un droit (payé par l’institution ou un sponsor) pour couvrir les frais de la revue. En contrepartie, l’éditeur met immédiatement l’article en ligne sur son site web. Les auteurs qui ne choisissent pas le mode gratuit ne paient pas les frais de traitement, bien qu’ils puissent avoir à payer des frais à la page et pour la couleur. Ils ne bénéficient pas d’une mise en ligne immédiate et gratuite bien qu’ils puissent bénéficier d’un accès en ligne gratuit ultérieurement si la revue propose un tel accès à ses numéros ayant une antériorité suffisante. Ce modèle est une réponse sans risque des éditeurs commerciaux au développement du mouvement pour le libre accès à l’information scientifique. En général, la revue n’accepte pas que les auteurs conservent leur droit d’auteur (Copyright Transfer Agreement).

Ce modèle suppose que les auteurs, leurs institutions ou les agences de recherche financent en amont la mise en ligne d’articles mis en libre accès. Ils laissent le choix aux auteurs d’un paiement en amont pour offrir un accès libre ou d’un accès classique par abonnement.

C’est Springer qui le premier, dès 2003, propose Open Choice, une option qui permet de rendre un article librement accessible pour la somme de 3 000 $ . N°2 mondial de l'édition scientifique, il a lancé en 2010 SpringerOpen. Cette nouvelle ligne éditoriale est composée uniquement de revues en Open Access diffusées sous Creative Commons. 12 nouvelles revues OA viennent ainsi d'être lancées pour marquer la naissance de SpringerOpen.

Le site Sherpa/Romeo classe les revues de plus de 700 éditeurs suivant leur politique éditoriale

1.2.4La voie platinium, ou le modèle freemium


Proposé par le Cléo, et son portail Openedition. Le principe est d’offrir des services de base gratuitement (modèle « free »), tels que les pratique actuellement le site Revues.org. On accède gratuitement aux contenus, directement proposés en ligne, en html. Seuls sont facturés (modèle premium) les services proposés autour du texte, comme le téléchargement d’une version pdf et les statistiques de consultation.

1.3Impacts et bénéfices du libre accès


Pour les utilisateurs



  • un accès libre, gratuit et rapide à des publications scientifiques de qualité

  • un moyen de suivre aisément l'actualité scientifique de l‘institution et d’accéder facilement au texte intégral des publications au travers d’interfaces simples et performantes

Pour les chercheurs et les institutions

  • valorisation et diffusion accrues des résultats de la recherche, de tout type et notamment des travaux comme les thèses, à la diffusion jusque là relativement confidentielle

  • communication plus rapide entre pairs

  • les auteurs gardent leur droit sur leur travail

  • facteur d'impact accru pour les publications disponibles en libre accès sur Internet et l’accès à de nouveaux indices bibliométriques = une plus grande citation des articles OA, plus lus car plus visibles. D’après la synthèse menée par Alma Swan, directrice de SPARC Europe, sur des études de l’impact de l’open access, une thèse diffusée sur Internet a 250% de plus de chances d’être citée en comparaison avec une thèse en papier.2 Les administrateurs d’Orbi ont observé un phénomène comparable : le taux de citation va de 6 à 3 en 2009 dans Scopus, selon que l’article est présent dans Orbi ou pas, et de 7 à 3.5 dans Web of Science en 2007-2011. De plus, un article disponible dans Orbi en accès ouvert est 30 fois plus téléchargé qu’un article en accès restreint (limité à la communauté universitaire de l’Université de Liège et accessible seulement sur demande aux autres).3

1.4Conclusion


Développement continu du Mouvement Open Access qui suppose un investissement important de la part chercheur, qui est à la fois auteur, éditeur et payeur. Ce nouveau modèle n’est pas uniformément acquis et pose nombre de questions encore, ne serait-ce que sur le plan juridique

Et finalement, bien qu’il y ait un réel enjeu « politique » derrière tout cela (à qui appartient la recherche, aux auteurs ou aux éditeurs?) les différents modèles éditoriaux restent complémentaires.



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