Le journal du cnrs numéro 21 Avril 2008

Archives du vivant À l'orée d'une nomenclature mondiale

On le sait, de nombreuses maladies trouvent leurs causes dans les gènes. Conséquence : les recherches utilisant des échantillons de tissus humains se multiplient sur la planète… tout comme les collections de tels échantillons qui, avec le développement des techniques de congélation, se comptent désormais par milliers dans les laboratoires publics et privés du monde entier. Or ces « biobanques » sont rarement mises en commun au sein de la communauté scientifique, faute notamment d'outils capables d'en réaliser un repérage exhaustif. Quant aux patients ayant consenti à fournir leur matériel génétique et leurs données personnelles associées, ils peinent à en connaître les utilisations faites en recherche. Pour y remédier, deux chercheuses françaises viennent de proposer d'établir un identifiant international unique pour chaque biobanque. Un numéro serait attribué par collection, à la manière des numéros mondialement utilisés pour les livres (ISBN) ou les essais thérapeutiques. Un projet en accord avec les recommandations récentes de l'European Science Foundation de créer un index unique en biologie, et dans la continuité de la mise en place en France d'une norme Afnor de nomenclature des archives du vivant. Anne Cambon-Thomsen, directrice de recherche CNRS, et Francine Kauffmann, directrice de recherche Inserm, suggèrent ainsi d'établir « une numérotation internationale, qui comprendrait un nombre pour le pays, un pour l'organisme propriétaire des données, un autre encore pour la collection elle-même », explique Anne Cambon-Thomsen. L'intérêt est double : d'abord cela permettra une traçabilité des auteurs des études, car « le travail d'équipe colossal pour constituer une biobanque n'est pas reconnu dans le système des publications scientifiques ». Et cela facilitera la transparence autour de l'utilisation des données génétiques et des résultats de chaque étude. Concrètement, selon la chercheuse, le développement technique de cette standardisation n'est pas un souci : depuis plus de dix ans, la communauté des bio-informaticiens se penche déjà dessus. Au-delà des numéros, il s'agit davantage d'organiser les règles éthiques d'enregistrement, d'accès et d'échange des données. Pour cela, un groupe de travail international constitué de chercheurs, d'éditeurs et d'informaticiens se met en place avec le soutien de différents projets européens. Leur objectif ? Faire adhérer l'ensemble des utilisateurs à ce projet d'identification. Pour, à terme, stimuler le partage de données et faire émerger de nouvelles perspectives de recherche en génétique humaine…

Aude Olivier

Contact Anne Cambon-Thomsen [e-mail]

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Brèves

Osiris, planète irisée

Sur la planète Osiris, à 150 années-lumière de la Terre, le ciel est pourpre et les couchers de soleil sont cyan. C'est ce que révèle une équipe de l'Institut d'astrophysique de Paris (Institut CNRS Université Pierre et Marie Curie) qui a étudié les données recueillies par le télescope spatial Hubble. Découverte en 1999, Osiris, de son nom scientifique HD209458b, est une géante gazeuse environ deux fois moins massive que Jupiter. Elle tourne autour d'une étoile semblable au Soleil en trois jours et demi, à une distance de 6,7 millions de kilomètres. En analysant la lumière de l'étoile vue à travers l'atmosphère de la planète, David Sing et ses collègues de l'IAP sont parvenus à déterminer la structure de cette dernière. Ils ont noté la présence d'hydrogène, de sodium – réparti en couches comme les nuages sur Terre – ainsi que d'éventuels oxydes de vanadium et de titane. L'hydrogène diffusant le bleu et le sodium le jaune-orangé, le ciel d'Osiris est certainement pourpre. Quand elle se couche, l'étoile se colore en cyan puis en vert.

La tuberculose révèle son histoire

On connaissait mal l'histoire de tuberculose, maladie infectieuse humaine qui redevient un fléau. Thierry Wirth, professeur au Muséum, et Philip Supply, directeur de recherche CNRS à l'institut Pasteur de Lille, apporte des réponses : le complexe tuberculosis serait apparu il y a environ 40 000 ans, au moment de l'expansion des populations humaines hors d'Afrique. Il serait constitué de deux lignées : la première avec un hôte unique, Homo sapiens, et l'autre touchant divers mammifères, que l'homme aurait transmise à ses animaux domestiques et non l'inverse. Enfin, le bacille aurait connu une forte expansion durant l'ère industrielle.

Les nanoparticules au rapport

Face aux incertitudes concernant les effets des nanoparticules sur la santé et l'environnement, l'Agence française de sécurité sanitaire de l'environnement et du travail (Afsset) recommande l'application du principe de précaution. Dans son rapport publié récemment, le groupe d'experts « Nanomatériaux et sécurité au travail » de l'Agence, présidé par Éric Gaffet, directeur de recherche au CNRS, juge bon « de les manipuler avec la même prudence que les matières dangereuses ». Il prône également la mise en place de structures de recensement des nanomatériaux et une meilleure coordination de l'expertise mondiale. L'Afsset propose aussi aux employeurs un guide des bonnes pratiques. Aujourd'hui, quelque 10 000 travailleurs en France sont exposés régulièrement à des nanoparticules. S'agissant des consommateurs, eux aussi de plus en plus exposés, l'Afsset rendra son rapport au second semestre 2009.

Le Laas souffle ses 40 bougies

Le Laboratoire d'analyse et d'architecture des systèmes (Laas) du CNRS fête ses quarante ans. Installé sur le campus de Rangueil, à Toulouse, il se consacre aux sciences et technologies de l'information et de la communication appliquées à des domaines variés, de l'aéronautique à la santé en passant par la robotique ou l'informatique. Ses travaux portent sur la représentation mathématique et la modélisation de systèmes hétérogènes et complexes, sur leur prototypage virtuel, leur réalisation et leur intégration. Plus de 600 personnes travaillent au Laas, dans dix-sept groupes de recherche répartis en quatre pôles thématiques : modélisation, optimisation et conduite des systèmes, robotique et intelligence artificielle, systèmes informatiques critiques, et enfin micro- et nanosystèmes. Le Laas est associé à l'université Paul Sabatier, à l'Institut national des sciences appliquées et à l'Institut national polytechnique à Toulouse.

Une fondation pour les nanosciences

La Fondation Nanosciences aux limites de la nanoélectronique vient d'être inaugurée par le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, le CNRS, le CEA, l'université Joseph Fourier, à Grenoble, et l'Institut national polytechnique de Grenoble. Cette fondation intervient auprès de 32 laboratoires grenoblois et de 1 000 chercheurs. Elle propose des chaires d'excellence en nanosciences, renforce les interactions de recherche entre les laboratoires et les liens entre formation et recherche, et coordonne le développement des moyens technologiques. Elle est dotée d'un budget annuel de 5 millions d'euros pour soutenir les projets des laboratoires grenoblois.

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