2)Biogen mərhələsi- paleozoy, mezozoy və kaynozoyun əsas hissəsini (paleogen və neogen) əhatə edir. Quru və dənizlər bitki və heyvanlarla zənginləşir. Canlı orqanizmlərin hesabına atmosferin tərkibində oksigenin miqdarı çoxalır, çökmə süxurların toplanma prosesi daha da qüvvətlənir. Landşaft sferasının ən vacib komponenti olan torpaq əmələ gəlir. Paleozey erasının Silur dövründə bitki və heyvan nümayəndələri artıq quruya çıxır (bioloji inqilab) çünki sərbəst oksigen yaranmışdı artıq quruda. Bu da müasir oksigenin 1/10 hissəsi qədər olmuşdur. Əmələ gəlmiş ozon təbəqəsi Yer səthini Günəşin öldürücü təsirindən və kosmik şüalardan mühafizə edir. Devonda fiziki – coğrafi şəraitdə qüvvətli differensiasiya gedir. Yer səthinin bir hissəsində meşə landşaftları, digər hissəsində arid komplekslər əmələ gəlir. Karbonda şimal yarımkürəsinin bir sıra rayonlarında sıx bitki örtüyündən ibarət meşələr əmələ gəlir. Elə bununla əlaqədar olaraq, Donbas, Rur, Kuzbas və s. daş kömür yataqları yaranır. Atmosferin tərkibində oksigenin miqdarı kəskin artır. Permdə materik buzlaqları və ibtidai səhra landşaftları yaranır. Mezozoyun əvvəlindən başlayaraq, heyvanat aləmində kəskin dəyişikliklər baş verir. Suda – quruda yaşayanların bir çoxu məhv olur, sürünənlərisə qüvvətli inkişaf edir. Örtülü toxumlu bitkilər meydana gəlir və iynəyarpaqlıları tədricən sıxışdırır. Kaynazoy erasında ən vacib təbii hadisələrdən biri Alp qırışıqlığı mərhələsinin başlanması və çox böyük sahəni Alp – Himalay və Sakit okean geosinklinal qurşağını əhatə etməsidir. Neogendə yer qabığının tektonik mərhələsinin inkişafı başlayır və materiklərdə intensiv qalxma gedir. Beləliklə, kaynazoyda üzvü aləmin evolyusiyası davam edir. Bitki örtüyündə örtülü toxumlular,heyvanlar aləmində isə məməlilər tam hökmranlıqgəlmişdi
