Tez özetleri Astronomi ve Uzay Bilimleri Anabilim Dalı
Yüklə 1,03 Mb.
|
- Bu səhifədəki naviqasiya:
- Riemann-Otsuki Uzaylarında Bazı Özel Eğrilerin Tanımı Ve İncelenmesi
- Investigation of Some Special Curves in Riemann-Otsuki Spaces
- MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI DAYI Erol Özlem
- Hücre Kültüründe Oksidatif Stres Sonucu Oluşan DNA Hasarları Ve Zeytinyağının Koruyucu Etkisi
- Oxidative Stress-Induced DNA Damages in Cell Culture and Protective Effect of Olive Oil
- TARHAN Çağatay
- Mayada Ağır Metal Stresine Bağlı Olarak Anlatım Yapan Genlerin Karakterizasyonu
- Characterızatıon Of Heavy Metal Induced Genes In Yeast
- ÖNAY UÇAR Evren
- Viscum Album Ekstresinin C6 Sıçan Glioma Hücrelerinde Stres Proteinlerinin Anlatımı Üzerine Etkisi
ALO Jeta Danışman : Prof.Dr. Leyla ZEREN AKGÜN Anabilim Dalı : Matematik Mezuniyet Yılı : 2010 Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. Leyla ZEREN AKGÜN Prof. Dr. Nuri KURUOĞLU Prof. Dr. Ayşe KARA Prof. Dr. Mehmet ERDOĞAN Prof. Dr. Osman GÜRSOY
Riemann-Otsuki uzayları, Otsuki tarafından tanımlanan genel konneksiyon kavramı ile ilişkilendirilen bir Riemann metriği ile karakterize edilir. Bu uzay, A.Moor tarafından tanımlanan Weyl-Otsuki uzayının bir özel halidir. Bu genelleştirmeyi yapan Otsuki, üzere, genel konneksiyonu Ayrıca, bir genel konneksiyonun (1,1) tipinden bir Q tensörü ile çarpımının da bir genel konneksiyon olduğu Otsuki tarafından gösterilmiştir. Bu şekilde elde edilen Diğer taraftan, Riemann uzayındaki eğrilerin sonsuz küçük deformasyonlarının J.A.Shouten, K.Yano ve H.A.Hayden tarafından incelendiği bilinmektedir. Riemann uzayındaki eğrilerin deformasyonlarının incelenmesi Riemann uzayları için tanımlanmış olan Bu tez çalışmasında, Riemann uzayında tanımlanan
Riemann-Otsuki spaces are characterized by a Riemannian metric associated with general connection concept defined by T.Otsuki. This space, as defined by A. Moor is a special case of a Weyl-Otsuki space. A general connection determined by the equation
defines a Riemann-Otsuki space which will be denoted by As is well known, components on an affine connection expressed in local coordinates constitute a geometrical object but not a geometrical quantity, because for coordinate transformations they are transformed in the same way as the components of a tensor of type (1,2), but related with the terms containing the second order partial derivatives of the local coordinates. However, T. Otsuki showed that the components of an affine connection and the components of a tensor of type (1,2) are not entirely different concepts. These two concepts are a special cases of a general connection so the Otsuki connection is a generalization of a concept of an affine connection in differantiable manifolds. Using the concept of tangent bundles of order 2 which will be denoted by Moreover, Otsuki showed that the product of a tensor of type (1,1) and the general connection is a general connection, too. These connections denoted by Nadj F, defined the Riemann-Otsuki spaces and studied their subspaces and the orthogonal space of any subspace of the Riemann-Otsuki space. Then he determined the coefficients of the connections On the other hand, infinitesimal deformations of curves in a Riemannian space have been studied by H. A. Hayden, J. A. Shouten, K. Yano by using operators In this thesis, we define operators MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI DAYI Erol Özlem Danışman : Prof. Dr. Nazlı Arda Anabilim Dalı : Moleküler Biyoloji ve Genetik Mezuniyet Yılı : 2010 Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. Nazlı ARDA Prof. Dr. Güler TEMİZKAN Prof. Dr. A. Süha YALÇIN Prof. Dr. Şule ARI Prof. Dr. Dilek KAZAN
Reaktif oksijen türleri (ROT) proteinler, membran lipitleri ve DNA gibi birçok hücresel molekülle reaksiyona girip bu moleküllerin yapısını değiştirerek hasar oluşturabilir. DNA’da meydana gelen oksidatif hasarın mutasyon, kanser oluşumu ve yaşlanma ile doğrudan ilişkili olduğu bildirilmektedir. Bazı doğal ürünler (zeytinyağı, yeşil çay, ayçiçeği yağı vb.) antioksidan aktiviteye sahiptir. Özellikle zeytinyağı serbest radikal süpürücü aktiviteye sahip birçok fenolik bileşik içerir. Bununla beraber, zeytinyağının oksidatif DNA hasarları üzerine etkisi, gene özgü olarak bugüne kadar hiç araştırılmamıştır. Bu çalışmada, oksidatif stres altındaki HeLa hücrelerinde belirli DNA bölgelerinde [transkripsiyonel olarak aktif olan APEX (Apürinik/apirimidinik endonükleaz) ve inaktif olan β-globin gen kümesi ve mtDNA’nın belli bir bölgesinde] meydana gelen DNA hasarları ve zeytinyağı fenolik fraksiyonunun bu hasarları önleyici etkisi gene-özgü “Kantitatif Polimeraz Zincir Reaksiyonu” (“Quantitative Polymerase Chain Reaction”, QPCR) analizi ile belirlendi. Elde edilen veriler, mtDNA’nın nükleer DNA’ya göre oksidatif strese karşı daha hassas olduğunu ve zeytinyağı fenolik fraksiyonu (ZFF)’nun nDNA’daki oksidatif hasarı tamamen önlediğini gösterdi. ZFF’nun hem normal hem de oksidatif stres koşullarında hücre içi ROS miktarını belirgin düzeyde azalttığı saptandı. Apoptoz düzeyi kaspaz 9 enzim aktivitesinin ölçümüyle belirlendi ve ZFF’nun oksidatif stres tarafından indüklenen apoptotik hücre ölümünü engelleyici etkiye sahip olduğu saptandı. Ayrıca mtDNA’da hasara neden olan oksidatif stresin sitokrom c oksidaz enzim aktivitesini yaklaşık % 44 oranında azalttığı ve ZFF’nun bu enzim aktivitesi üzerinde bir etkisinin olmadığı belirlendi. Sonuç olarak, zeytinyağının HeLa hücrelerini oksidatif strese karşı koruduğu ve bu etkisini, hücre içi ROT miktarını düşürerek, nDNA’yı koruyarak ve oksidatif stresin apoptotik etkisini baskılayarak gerçekleştirdiği ortaya konuldu.
Some natural products (olive oil, green tea, sunflower oil etc.) have antioxidant activity. Especially, olive oil contains many phenolic compounds which potentially possess free radical scavenging activity. However, the effect of olive oil on gene specific oxidative DNA damage has not been investigated up to date. In this study, DNA damages in specific sequences under oxidative stress [transcriptionally active APEX (Apurinic/apyrimidinic endonuclease) gene, transcriptionally inactive β-globin gen cluster and a mtDNA fragment] and protective effect of olive oil phenolic fraction on these damages were determined on HeLa cells with gene-specific “Quantitative Polymerase Chain Reaction” (QPCR) analysis. The obtained data showed that mtDNA is more sensitive to oxidative stress than nuclear DNA and phenolic fraction of olive oil completely prevents the oxidative damage on nuclear DNA. Phenolic fraction of olive oil significantly decreased the intracellular ROT level both in normal and oxidative stress conditions. Apoptosis was determined by the measurement of caspase 9 enzyme activity and it was observed that the phenolic fraction of olive oil has prohibitive effect on apoptotic cell death induced by oxidative stress. Furthermore, it was determined that the oxidative stress which causes damages on mtDNA, decreased the cytochrome c oxidase enzyme activity by approximately 44 % and observed that phenolic fraction of olive oil has not effect on this enzyme activity. As a result, it is revealed that olive oil prevents HeLa cells against oxidative stress by decreasing ROT level, protecting nDNA and supressing the apoptotic effect of oxidative stress. TARHAN Çağatay Danışman : Prof. Dr. Ayşegül TOPAL SARIKAYA Anabilim Dalı : Moleküler Biyoloji ve Genetik Mezuniyet Yılı : 2010 Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. Ayşegül TOPAL SARIKAYA, Prof. Dr. Güler TEMİZKAN, Prof. Dr. Sezai TÜRKEL, Prof. Dr. Şule ARI, Doç. Dr. Zeynep PETEK ÇAKAR Mayada Ağır Metal Stresine Bağlı Olarak Anlatım Yapan Genlerin Karakterizasyonu Metaller hücre içinde gerçekleşen birçok biyokimyasal olayda yapısal ve işlevsel olarak rol oynayan elementlerdir. Bir ağır metal olan bakır özgün elektrokimyasal özellikleri nedeniyle canlılar için hayati öneme sahip bir metaldir. Son yıllarda yapılan çalışmalarda bakır metabolizmasının, bazı hastalıkların gelişiminde önemli bir etken olduğu ortaya konmuştur. Gerek bu hastalıklarda gerekse hücre içindeki pek çok metabolik sürecin işleyişinde bakırın rolünü ortaya koyabilmek için bakır metabolizmasının aydınlatılması önemlidir. Bu tez çalışmasında bir maya türü olan ve moleküler biyoloji çalışmalarında önemli bir model organizma olarak değerlendirilen Schizosaccharomyces pombe’nin yabani ırkı kullanılarak bakır stresi altında anlatımları artan bazı genlerin saptanması amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda temel olarak Farklılık Gösterim yöntemi kullanılmış ve bu yöntemden elde edilen bilgilerin doğrulaması Gerçek Zamanlı PZR (GZ PZR) yöntemi kullanılarak yapılmıştır. Bu yöntemlerin uygulanmasından önce bakırın hücrelerin yarısının ölümüne yol açtığı LD50 değerinin belirlenmesi için hücreler farklı konsantrasyonlarda CuSO4 içeren minimal besi yerlerinde üretilmiş ve LD50 değeri 50 µM CuSO4 olarak saptanmıştır. Daha sonra 50 µM CuSO4 içeren ve içermeyen minimal besi yerlerinde üretilen hücrelerden total RNA izolasyonları yapılmış ve bu RNA’lar üç farklı oligo(dt) ve 8 evrensel rastgele primerlein kombinasyonları kullanılarak çift iplkli cDNA’lara çevrilmiştir. Her iki koşuldan elde edilen cDNA’lar primer kombinasyonlarının aynı olması gözetilerek poliakrilamid jellerde yanyana yürütülerek ayrıştırılmış ve kontrol koşulunda görünmeyen/çok az görünen fakat bakır stresi altında ortaya çıkan/miktarı artan bantlar jelden geri alınmıştır. Geri kazanılan bantlar agaroz jelde yürütülerek kontrol edildikten sonra dizilemeye gönderilmiş ve ulaşılan dizi bilgisi NCBI sayfasındaki S.pombe genomuna ait veri tabanında BLAST analizine tabi tutularak bu dizilerin hangi gene ait olduğu belirlenmeye çalışılmıştır. Bu genler, SPCC1682.13 (Laf2, SWIRM domen taşıyan protein), SPBC2F12.05c (sterol bağlayan ankirin tekrarlı protein) , SPAC19G12.16c (adg2, septum oluşumnda rol oynayan protein), SPAC110.01 (ppk1, serin/treonin kinaz) ve SPBC1348.0 (membran bağlı protein) olarak belirlenmiş ve hem kontrol hem bakır stresi koşullarındaki anlatımları SYBR green boyası temelli GZ PZR yöntemiyle kontrol edilmiştir. Gen anlatımlarında kontrol koşuna göre sırasıyla 1,4, 1,6, 1,4 ve 5.8 kat artış saptanırken SPBC1348.01 (membran bağlı protein) geninde bir farklılık yakalanamamış (0,9 kat) sonuç yanlış pozitif olarak değerlendirilmiştir.Daha sonra anlatım artışları doğrulanan genlerin hücre içindeki işlevleri literatür bilgisi ve bazı veri tabanları taranarak belirlenmiştir. Bu genlerin bakır stresi altındaki olası işlevleri bu bilgilerden hareketle değerlendirilmeye çalışılmış ve hücrede ne gibi olayların geliştiği yorumlanmıştır.Buna göre, bu genlerin işlevlerinin özellikle hücre döngüsünün kontrölü ve bu süreçte önemi olan kromozom dinamiği gibi olaylarla ilgili olduğu göz önünde bulundurularak bakır stresiyle ortaya çıkan üremedeki yavaşlamanın bu genlerdeki anlatım artışına bağlı olaylarla açıklanabileceği bir hipotez olarak ileri sürülebilir. Ek olarak, genlerdeki anlatım artışlarının birbirinden tamamen bağımsız olmadığı, tutarlı bir ilişkiler bütünüyle bakır stresine cevap olarak ortaya çıkan bir tabloyu tamamladığı öne sürülebilir. Bu hipotezlerin doğrulanması, elde edilen verilerle birlikte ortaya çıkan sorulara ilişkin yeni deneysel yaklaşımlarla mümkün olabilecektir. Characterızatıon Of Heavy Metal Induced Genes In Yeast The metals have structural and functional roles in many intracellular biochemical events. Because of its spesific electrochemical properties, copper is an essential heavy metal for living organisms. In recent years, it has been shown that copper is an important factor in the pathogenesis of some diseases. Thus, it is important to understand copper metabolism for determining the role of copper either in pathological conditions and cellular events.In this study, it is aimed to determine the increase in expression of some genes under copper stress using wild type Schizosaccharomyces pombe which is very popular yeast as a model organism in molecular biology studyings. For this purpose differental display was performed as main method. To validate differential display results, Real-Time PCR was used. Before performing these methods, in order to determine the LD50, cells were grown in minimal medium containing increasing concentrations of CuSO4 and 50µM was determined as LD50. After that, total RNAs were isolated from the cells which grown in minimal medium and minimal medium containing 50µM CuSO4. These RNAs converted to double stranded cDNA’s using the combination of three different oligo(dt)s and eight universal random primer. The cDNA’s from both conditions were run in polyacrylamide gels side by side and the bands which was absent or very low in control condition but appeared or increased as a result of copper stress, recovered from gels. Recovered bands were checked in agarose gels and after that sent to sequence analysis. BLAST analysis of these sequences performed in S. pombe genome database and produces significant similarities to SPCC1682.13 (SWIRM domain containing protein), SPBC2F12.05c (sterol binding ankyrin repeated protein) , adg2 (has role in the septum formation), ppk1 (serine/treonine protein kinase) and SPAC110.01 (membran bound protein). The expression levels of these genes quantitatively confirmed. Except of SPBC1348.01 which was assumed as false positive, it was determined that the expression level of other four genes increased 1.6, 1.4, 1.6 and 5.8 fold respectively in copper stress. The possible role of these genes and cellular events under copper stress were evaluated with respect to the literature and some databases. Accordingly, considering the functions of the genes are related to cell cycle, cell division and chromosome dynamics, it can be hypothesised that the retardation of cell cycle progression under copper stress is relevant to the events which depend on the functions of these genes. It will be possible to confirm this hypothesis using new experimental approaches which regard to emerged questions during this study ÖNAY UÇAR Evren Danışman : Prof.Dr. Nazlı ARDA Anabilim Dalı : Moleküler Biyoloji ve Genetik Mezuniyet Yılı : 2010 Tez Savunma Jürisi : Prof.Dr. Nazlı ARDA Prof.Dr. Avni KURU Prof.Dr. Dilek KAZAN Prof.Dr. A. Süha YALÇIN Prof.Dr. Ayşegül TOPAL SARIKAYA Viscum Album Ekstresinin C6 Sıçan Glioma Hücrelerinde Stres Proteinlerinin Anlatımı Üzerine Etkisi Pek çok kanser türünde olduğu gibi, beyin tümörlerinde de bazı stres proteinlerinin anlatımında artış olduğu bilinmektedir. Özellikle Hsp27 ve Hsp70’deki bu artış, kanser hücrelerini tedaviye daha dirençli hale getirmektedir. Son yıllarda 14-3-3- proteininin bazı formlarının da çeşitli kanser türlerinde benzer bir etki gösterdiği bulunmuş ve bu nedenle 14-3-3 proteinleri de stres proteini olarak kabul edilmişlerdir. Stres proteinlerinin anlatımının baskılanması tedavi sürecine olumlu katkı sağladığından, bu tip proteinler yeni ilaç geliştirme çalışmalarında hedef haline gelmiştir. Bazı antioksidanların Hsp anlatımını baskıladığı bilinmektedir. Bu bağlamda, kanser tedavisinde destekleyici olarak kullanılan Viscum album bitkisinin de benzer bir etki gösterme potansiyeli bulunmaktadır. Bu yarı parazit bitkinin, ıhlamur ağacı üzerinden toplanmış alttürü (V. album ssp. album) metanolde çözünen antioksidanlar açısından oldukça zengindir. Bu çalışmanın ana hedefi, V. album ssp. album metanol ekstresinin, beyin tümörleri modeli olarak kullanılan C6 sıçan glioma hücrelerindeki stres proteinlerinin anlatımı üzerine etkisini belirlemek ve bu bitkinin kanser tedavisinde kullanımına ilişkin moleküler deliller elde etmektir. Çalışmada öncelikle, beyin tümörlerinde anlatımı artan Hsp27, Hsp70 ve 14-3-3 stres proteinleri araştırılmıştır. Çalışmanın ilk aşamasında, metanol ekstresinin hücre canlılığı üzerindeki etkisi incelenmiştir. Sitotoksisite analizlerinin sonuçlarına göre, hücreler üzerinde herhangi bir toksik ya da proliferatif etki göstermeyen ekstre konsantrasyonunun 100 g/ml olduğu bulunmuş ve çalışmanın her aşamasında hücrelere, bu dozda ekstre uygulanmıştır. Ekstre uygulamasının çözünebilir protein profilini nasıl etkilediği 1- ve 2-boyutlu elektroforez (1- ve 2-DE) teknikleriyle ortaya konulmuştur. Tek boyutlu jellerde ayrıştırılmış proteinler, Western blot tekniği ile membrana aktarılarak, Hsp27, Hsp70 ve 14-3-3 proteinlerine özgü antikorlarla işleme sokulmuştur. Bu analiz sonuçlarına göre, Viscum album ekstresi yüksek sıcaklıkla indüklenen 14-3-3 , ve formlarının anlatımını etkilememekte, Hsp27 ile 14-3-3 β ve formlarının anlatımlarını indirgemekte ve Hsp70 anlatımını indüklemektedir. 2-DE ile ayrıştırılan proteinler, gümüş nitratla boyanarak jel görüntüleme sistemi aracılığıyla karşılaştırılmıştır. Değişik örneklerde bazı farklılıklar gösteren yaklaşık 700 spotbelirlenmiştir. Çalışmalar hedef stres proteinlerine odaklanılarak sürdürülmüştür. MALDI-TOF MS analizi ile uyumlu boya ile boyanmış 2-D jellerden kesilen toplam 20 spottan 13 tanesi MASCOT veri tabanında eşleştirilmiştir. Bu 13 proteine ait peptid kütle parmakizi spektrumları, Mowse skorları ve olası dizi eşleşme sonuçları birlikte değerlendirildiğinde, ısı şoku ile indüklenen 5 proteinin sıçanlardaki Hsp70’lerle eşleştiği gözlenmiştir. Bu proteinler Grp75 prekürsörü, Hsp72-ps1 (Hsp70), Hsc70, Hsc71 ve mitokondriyel Grp75’tir. Kalitatif veriler sHSP ailesinin bir üyesi olan beta-kristalin A1’in de indüklendiğine işaret etse de, bu protein için elde edilen Mowse skoru oldukça düşüktür. Sonuç olarak, Viscum album metanol ekstresinin, beyin tümörlerinde anlatımı belirgin şekilde artan stres proteinlerinden özellikle Hsp27, 14-3-3 ve 14-3-3 ’yı baskılamak amacıyla kullanılabilme potansiyeli olduğu anlaşılmıştır. Bununla birlikte Hsp70 indüksiyonu dikkate alınmalıdır. Bu çalışmada elde edilen veriler, Viscum album metanol ekstresinin kimyasal içeriği ve etkime mekanizmasına ilişkin yeni araştırmaların önünü açmıştır.
Yüklə 1,03 Mb. Dostları ilə paylaş:
|
ile göstereceğimiz 2.mertebeden tanjant demeti kavramını kullanarak, afin, projektif ve konformal konneksiyon gibi klasik konneksiyonlara tek bir bakış açısından bakılabileceğini göstermiştir. Otsuki çalışmasında, 
M’nin ikinci mertebeden kotanjant demeti olmak
’nin bir kesiti olarak tanımlamıştır. Genel konneksiyonu bu şekilde tanımladıktan sonra, genel konneksiyona göre kovaryant türevi tanımlayarak, bu kovaryant türev ile temel kovaryant türevin ilişkisini ortaya koymuştur. 
ve 
konneksiyonlarına 
ile gösterilen n-boyutlu Riemann-Otsuki uzayını ilk defa Nadj tanımladı ve bu uzayın alt uzayları ile bu altuzaya ortogonal altuzayları inceledi. Bu altuzaylar da birer Riemann-Otsuki uzayı olacak şekilde altuzay ve onun ortogonal uzayında, sırasıyla, 
ve 
konneksiyonlarını belirledi. Riemann-Otsuki uzayında Ricci formülü, Gauss-Codazzi, Kühne denklemleri ve Frenet formülleri yine Nadj tarafından elde edildi. Ayrıca Nadj, Riemann-Otsuki uzayının bir altuzayındaki otoparalel eğrileri tanımlayarak bu eğrilerin üst uzayda da otoparalel olmaları için gerekli koşulları elde etmiştir.
ve 
operatörleri kullanılarak yapılmıştır.
,