Habilitation des diplômes

2.Spécialité : Chemoinformatique et modélisation

1.Compétences attendues à l’issue de la formation.

Les étudiants titulaires du master spécialisé en "Chemoinformatique et Modélisation" auront, selon leur parcours, une triple compétence en chimie, informatique et chemoinformatique ou une triple compétence en chimie, chimie-physique et chimie théorique.

Concernant la Chemoinformatique, ils devront être capable de gérer, administrer un système informatique, lire et écrire des programmes dans des langages impératifs et objets, utiliser des langages interprétés, développer des sites et des applications internet, gérer et créer des bases de données; ils devront être capable de comprendre et d’interpréter les phénomènes physicochimiques mis en jeux au niveau moléculaire et connaître les principales techniques physico-chimiques d'analyse et de mesures de propriétés physiques. Enfin ils devront savoir utiliser les outils spécifiques de la chimie informatique : gestion, utilisation, création des bases de données relationnelles en chimie et biochimie; utilisation des codes de “modélisation moléculaire” et de calculs quantiques, connaissances en chimie thérapeutiques et stratégies de "drug design", méthodes structure-propriété, chimie combinatoire théorique, criblage virtuel ; gestion de projet en chimie informatique ; traitement de données (data mining).

Le diplômé ayant choisi le parcours chimie-physique théorique sera compétent dans les principales techniques physico-chimiques d'analyse et de mesures de propriétés physiques; les connaissances de base acquises en chimie organique et inorganique lui donneront la compétence de dialoguer avec les spécialistes de ces domaines de la chimie; finalement, les techniques théoriques acquises lui permettront l'utilisation approfondi des codes de calcul de chimie quantique, de dynamique quantique et de “modélisation moléculaire”; il pourra même concourir à leur développement ultérieur.

2.Objectifs propres de la spécialité.

a)Objectifs en termes de connaissances scientifiques

La Chemoinformatique est un domaine récent, dont l'évolution est rapide. Il concerne le développement, la création, l’organisation, le stockage, la diffusion, l’analyse, la visualisation et l’utilisation de l’information en chimie. La Chemoinformatique représente une des facettes de la modélisation en chimie. Outre la Chemoinformatique, la modélisation en chimie inclus le calcul de la dynamique moléculaire classique par champs de force (la dite “modélisation moléculaire”), la chimie quantique et les aspects théoriques de la dynamique quantique et réactionnelle. Les techniques développées dans le domaine général de la modélisation en chimie sont incontournables pour la compréhension de la chimie et de la chimie-physique depuis l'atome jusqu'au corps solide. Ces méthodes sont indispensables pour le développement et la rationalisation de nouveaux composés, matériaux et processus.

La spécialité "Chemoinformatique et Modélisation" du master mention "Chimie" succède à la spécialité "Chemoinformatique" du master mention "Chimie". Elle propose une formation pointue en Chemoinformatique et une formation plus générale en chimie physique théorique dirigée vers la modélisation en chimie.

Cette spécialité a pour objectif principal de former des spécialistes pour l’industrie chimique et pharmaceutique, ainsi que pour la recherche académique. Ce spécialiste aura des connaissances solides en chimie, en chimie-physique, en informatique de base ainsi que dans les méthodes spécifiques de la Chemoinformatique, de la “modélisation moléculaire” de la chimie quantique et de la dynamique quantique.

b)Public concerné et modalités de recrutement des étudiants

Filières de recrutement: Licence de Chimie, de Chimie-Physique, de Chimie-Biologie, de Mathématiques-Physique-Chimie, de Pharmacie.

Pour les cas non couverts par les règles générales de recrutement de la mention Chimie évoquées dans la partie IV.A.4.B, le recrutement se fait sur dossier. L'accès à la formation est limité à 15 participants.

Pré-requis:

M1 - Chimie niveau Licence, informatique niveau C2I Niveau 1

M2 - Chimie niveau Licence, informatique niveau Licence, connaissances élémentaires en statistiques et mathématiques.

c)Débouchés possibles en terme d'insertion professionnelle

Les étudiants titulaires du Master spécialisé en "Chemoinformatique et Modélisation" peuvent s'insérer dans divers secteurs industriels : dans les domaines de l'industrie chimiques et pharmaceutiques, en occupant des postes de modélisateurs (chimie, biologie, docking, génomique, “modélisation moléculaire”, calcul de structure et dynamique), de concepteur de bases de données chimiques ou de criblage virtuel, d'analystes de chimiothèques, dans les domaines de l'informatique comme programmeur, analyste ou dans le support utilisateur. Les débouchés pourront également s'effectuer dans des entreprises de hautes-technologies. ou dans les secteurs de l'informatique industrielle (Création et diffusion de logiciels pour la chimie, logiciels de gestion ou de conduite de procédés, logiciels pour l'appareillage scientifique, etc.). Enfin, les étudiants pourront trouver leur place dans des équipes de recherche académique.

d)Prévisions en terme de recrutement et débouchés professionnels pour la prochaine période

Secteur d’activité :

• 
  Chimie, Chimie Informatique
  
• 
  Pharmacochimie, Pharmacie, Cosmétique
  
• 
  Informatique, Conception bases de données
  
• 
  Informatique industrielle
  
• 
  Laboratoires d’études, cabinets conseil
  

Domaines d’activité :

• 
  Criblage à haut débit de molécules d’intérêt biologique, pharmaceutique, chimique
  
• 
  Modélisation de systèmes en chimie, biologie, docking, génomique
  
• 
  Recherche en chimie, biochimie, pharmachimie
  
• 
  Création et diffusion de logiciels pour la chimie, conduite de procédés, appareillages scientifique
  
• 
  Conception de bases de données
  
• 
  Programmation ou analyste en informatique
  
• 
  Support utilisateur
  

Poursuites d'études

Thèses en Chemoinformatique, modélisation ou chimie théorique

Bassins de recrutement

Europe, Amérique du Nord, Japon, Australie, Brésil, Russie, Inde, Chine

3. Positionnement de la spécialité

1. Co-habilitation : Sans objet

2. Etablissements partenaires ou associés : Sans objet

3. Partenariats académiques, régionaux, nationaux et internationaux

Réseau Français de Chimie Théorique

4. Place de la formation dans les contextes régional et national

La spécialité "Chemoinformatique et Modélisation" est unique en Europe car elle est la seule à proposer tous les éléments de la Chemoinformatique qui est encore une discipline jeune et particulièrement développée par et pour le monde industriel.

Le parcours Chemoinformatique est utilisé comme socle pour le premier semestre du master cohabilité avec Paris 7 mention "In Silico Drug Design". Cette formation est reconnue par la Société Française de Chemoinformatique.

Le parcours Chimie Théorique est inséré dans le réseau national de Chimie Théorique et possède le label RFCT.

4. Organisation en termes d’UE et de crédits européens, descriptif des UE, des modalités pédagogiques (CM, TD, TP, projet, stages, etc.) et des intervenants.

1. Responsable de la formation, organisation et fonctionnement de l'équipe pédagogique

Pr. VARNEK Alexandre, responsable de la spécialité "Chemoinformatique et Modélisation", du parcours "Chemoinformatique" et du master In Silico Drug Design, HDR, directeur de l'équipe Infochimie au sein de l'Institut de Chimie.
Pr. MARQUARDT Roberto, responsable du parcours "Chimie-Physique Théorique", HDR.

Dr. MARCOU Gilles, co-responsable de la spécialité "Chemoinformatique et Modélisation",

du parcours "Chemoinformatique" et du master In Silico Drug Design.

Dr. SCHURHAMMER Rachel, co-responsable, avec Frédéric MELIN, pour le tronc commun avec d'autres spécialités de la mention en M1, HDR.

Les responsables de la formation, avec le soutien de la scolarité, participent à la mise en oeuvre des enseignements comme cela est décrit pour l'ensembe de la mention au paragraphe IV.A.2. Cela se traduit, entre autres, par la gestion des emplois du temps, l'organisation des examens, la production des procès verbaux et l'organisation des jurys. Les responsables et les enseignants intervenant dans cette spécialité du Master constituent l'équipe pédagogique de la spécialité, qui discutera des sont en contact permanent avec les enseignants pour les questions d'emplois du temps, de remplacement, de contenu des enseignements et de modalités de contrôle de connaissance. Ces deux dernières questions font d'abord l'objet de discussion au sein de l'équipe pédagogique avant de remonter au niveau de la Comité de Pilotage Pédagogique de la mention qui les soumet ensuite à un vote de la Commission Pédagogique.

Chacun des responsables est légitime pour représenter la spécialité au sein du Comité de Pilotage Pédagogique et de la Commission Pédagogique.

2. Politique des stages et des projets tuteurés

Conformément au paragraphe III.C.1 de la description de la mention, chaque parcours inclus obligatoirement un projet encadré de 12 semaines à la fin du semestre 2 et un stage long de 20 semaines au cours du semestre 4. Le stage est rémunéré comme prévu par la loi. Un enseignement spécifique, décrit par la mention aux paragraphes III.C.1 et IV.A.3, est prévu pour permettre aux étudiants d'être plus efficaces dans la recherche, la préparation et la valorisation de leurs périodes de stage. La spécialité suit la politique de stage telle que décrite dans le paragraphe IV.4.C de la mention. Elle utilise en particulier la même convention.

Tout en se conformant à la Charte des Stages et à la politique de la mention, les étudiants de deuxième année de la spécialité sont vivement encouragés à rechercher leur stage dans une entreprise ou à l'étranger. Les responsables de la formation aident les étudiants dans leur démarche en leur donnant accès à leurs contacts dans des entreprises et dans des laboratoires de recherche.

Le parcours Chemoinformatique prévoit également un projet bibliographique débutant au début du semestre 3 et se prolongeant par une période de projet tuteuré durant le mois de février. Ces projets font l'objet d’un rapport et d'une soutenance devant le jury du master.

Les responsables de la spécialité signent les conventions. Tous les responsables de la spécialité sont habilités à assurer le suivi de l'étudiant pendant sa période de stage. La spécialité se conforme à la Charte des Stages en ce qui concerne, entre autres, l'encadrement, le suivi et l'évaluation du stage.

3. Contrôle des connaissances et des compétences - règles de compensation et de progression

• Un semestre est validé si la moyenne est supérieure ou égale à 10 et si pour aucune UE, la note correspondante n'est strictement inférieure à la note minimale requise.

• Les UE dont la moyenne est supérieure ou égale à 10 sont acquises définitivement. Il n'est pas possible de passer les épreuves de seconde session des matières les constituant.

• La note minimale requise pour une UE fondamentale est 7. Il n'y a pas de note minimale requise pour une UE non-fondamentale. La liste des UE fondamentales est indiquée dans les descriptifs des parcours. Cette liste peut être modifiée après proposition auprès du Comité de Pilotage Pédagogique et après le vote de la Commission Pédagogique.

• Il n'est pas possible de refuser une compensation, que ce soit au niveau du semestre ou au niveau d'une UE.

• Les résultats de seconde session se substituent toujours à ceux de la première.

• Une UE dont la note est inférieure à 10 est non-acquise à titre individuel, mais acquise par compensation au sein d'un semestre. Un semestre correspond ainsi à la validation indivisible d'un total de 30 ECTS. La mention "Non-Acquis" accompagne dans un bulletin de note, toutes les UEs dont la note est inférieure à 10.

• Si un semestre n'est pas validé, la seconde session est obligatoire pour toutes les matières d'une UE non validée dont le résultat est inférieur à 10. Les notes supérieures à 10 des matières de cette UE sont reportées en seconde session sans possibilité de renonciation. Cela s’applique aux UEs inférieures à 10/20. Cela s'applique également lorsqu’un étudiant a obtenu 10/20 ou plus au semestre mais est ajourné car au moins pour une UE fondamentale, la note minimale requise n'a pas été atteinte.

• Il en résulte que c'est la notion d'UE qui domine. Quand une UE est validée par note ou par compensation, c'est définitif.

4. Master Mention Chimie, Spécialité Chemoinformatique et modélisation, Parcours Chemoinformatique

S = semestre - CM = cours magistral – CI = cours intégré – TD = travaux dirigés – TP = travaux pratiques – TE = travail personnel de l'étudiant

S	Type	ECTS	Intitulé de l'UE et des matières la composant (le cas échéant)	CM	CI	TD	TP	TE
Semestre 1
1	Obligatoire Fondamentale	6	TP transversaux TP de synthèse TP de chimie physique et analytique TP de modélisation				120	120
1	Obligatoire Fondamentale	3	chimie organique (anglais disciplinaire)	16		8		64
1	Obligatoire Fondamentale	3	chimie inorganique	16		8		64
1	Obligatoire Fondamentale	3	cinétique et thermodynamique	16		8		64
1	Obligatoire Fondamentale	3	spectroscopie - introduction	16		8		64
1	Obligatoire Fondamentale	3	modélisation moléculaire	18		6		66
1	Obligatoire Fondamentale	3	méthodes statistiques	16		8		64
1	Option 1 (6 crédits à atteindre)	3	Systèmes d'exploitation et réseaux		27			?
1	Option 1 (6 crédits à atteindre)	3	Mathématique pour la chimie	12		12		51
Semestre 2
2	Obligatoire Fondamentale	3	Programmation en C		24			51
2	Obligatoire Fondamentale	3	Génie Logiciel		24			51
2	Obligatoire Fondamentale	3	Langages Interprétés		24			51
2	Obligatoire Fondamentale	3	Langage Orienté Objet		24			?
2	Obligatoire Fondamentale	3	TP de Programmation				30	45
2	Obligatoire Fondamentale	3	Bases de Données		30			45
2	Obligatoire Fondamentale	12	Projet encadré
Semestre 3
3	Obligatoire Fondamentale	3	UE 1 Chemoinformatique I	14		10		51
3	Obligatoire Fondamentale	3	UE 2 Chemoinformatique II	14		10		51
3	Obligatoire Fondamentale	3	UE 3 Diversité Chimique In Silico	14		10		51
3	Obligatoire Fondamentale	3	UE 4 Méthodes de fouilles de données	12		12		51
3	Obligatoire Fondamentale	3	UE 6 Drug Design Chimie thérapeutique 1 Structure based computer-aided drug design	16		20		50
3	Obligatoire Fondamentale	3	biologie structurale et modélisation (anglais disciplinaire)	16		8		64
3	Obligatoire Fondamentale	3	simulations moléculaires		24			64
3	Obligatoire Fondamentale	3	chimie quantique	16		8		64
3	Obligatoire Fondamentale	3	UE 10 Projet tuteuré	40				35
3	Obligatoire Fondamentale	3	Technologie Internet		30			45
Semestre 4
4	Obligatoire	27	Stage		10	10		40
4	Obligatoire	3	préparation à l'insertion professionnelle		30			75

5. Master Mention Chimie, Spécialité Chemoinformatique et modélisation, Parcours Chimie Physique Théorique

S = semestre - CM = cours magistral – CI = cours intégré – TD = travaux dirigés – TP = travaux pratiques – TE = travail personnel de l'étudiant

S	Type	ECTS	Intitulé de l'UE et des matières la composant (le cas échéant)	CM	CI	TD	TP	TE
Semestre 1
1	Obligatoire	6	TP transversaux TP de synthèse TP de chimie physique et analytique TP de modélisation				120	120
1	Obligatoire	3	chimie organique (anglais disciplinaire)	16		8		64
1	Obligatoire	3	chimie inorganique	16		8		64
1	Obligatoire	3	cinétique et thermodynamique	16		8
1	Obligatoire	3	spectroscopie - introduction	16		8		64
1	Obligatoire	3	structure et diffraction	16		8		64
1	Obligatoire	3	modélisation moléculaire	18		6		66
1	Obligatoire	3	méthodes statistiques	16		8
1	Option 1 (1 parmi 1)	3	UE libre
Semestre 2
2	Option 1 (1 parmi 2)	3	RMN avancée	16		8		64
2	Option 1 (1 parmi 2)	3	Propriétés physiques des matériaux		24			60
2	Obligatoire	3	cinétique des systèmes complexes	16		8		64
2	Obligatoire	6	TP chimie physique				80	120
2	Obligatoire	3	TP de Programmation				30	45
2	Obligatoire	12	Projet encadré					2100
2	Obligatoire	3	Electrochimie	16		8		64
2	Obligatoire	3	Langages Interprétés		24			51
Semestre 3
3	Obligatoire	3	simulations moléculaires		24			64
3	Obligatoire	3	chimie quantique	16		8		64
3	Obligatoire	3	thermodynamique statistique	16		8		64
3	Obligatoire	3	aspects théoriques de la réactivité	16		8		64
3	Obligatoire	3	spectroscopies optiques avancées	16		8		64
3	Obligatoire	3	biologie structurale et modélisation (anglais disciplinaire)	16		8		64
3	Obligatoire	3	cours spécifique du RFCT	16		8		64
3	Option 1 (2 parmi 2)	3	UE libre 1
3	Option 1 (2 parmi 2)	3	UE libre 2
Semestre 4
4	Obligatoire	27	Stage					3500
4	Obligatoire	3	Préparation à l'insertion professionnelle		30			75

5. Formation à et par la recherche.

   1. Adossement de la formation à la recherche

UMR 7140 – Laboratoire d’Infochimie

VARNEK Alexandre

Tél. [phone]

[e-mail]

Institut de Chimie, UMR 7177 – Laboratoire de Modélisation et Simulations Moléculaire

WIPFF Georges

Tél. [phone]

[e-mail]

Institut de Chimie, UMR 7177 - Laboratoire de Chimie Quantique

DANIEL Chantal

Tél. [phone]

[e-mail]

IGBMC-ESBS - Département de Biologie et Génomique structurales – Modélisation Moléculaire

STOTE Roland

Tél. [phone]

[e-mail]

IBMC - Architecture et Réactivité de L'ARN

AUFFINGER Pascal

Tél. [phone]

[e-mail]

IBMC - Immunologie et Chimie Thérapeutiques

GUICHARD Gilles

tel: [phone]

[e-mail]

UFR Pharmacie - UMR 7175-LC1

ROGNAN Didier

Tél. [phone]

[e-mail]

2. Aspects formation à et par la recherche

La spécialité suit la stratégie de la mention telle que décrite au paragraphe III.C.1. Le parcours Chemoinformatique propose de plus, un travail bibliographique parachevé par une réalisation pratique au cours d'un bref projet tuteuré concluant le semestre 3. Conformément à la politique de la mention les sujets abordés au cours des projets tuteurés, des stages et plus généralement dans les travaux personnels des étudiants sont en rapport avec des domaines de recherche actifs.

5. Formation professionnelle et compétences transversales.

   1. Aspect formation professionnelle et compétences transversales

La spécialité suit la stratégie de la mention telle que décrite au paragraphe IV.A.3. De plus, l'organisation de l'année réserve des créneaux horaires permettant aux étudiants qui le désirent, de suivre des UE complémentaires professionnelles proposées par l'Université de Strasbourg. Ceci constitue un point important pour le parcours Chemoinformatique qui réserve une place limitée aux UE optionnelles.

La spécialité encourage les stages en entreprise ou à l'étranger. Les échanges avec le monde industriel sont également favorisés par les conférences de chercheurs et de responsables du monde industriel qui sont organisées fréquemment par la spécialité (au moins 5 conférences par an) et que doivent suivre les étudiants de première et de seconde année.

2. Relations avec le milieu socio-professionnel, entreprises partenaires, tissu industriel

Le master a tissé des liens avec de nombreuses entreprises et fondations qui accueillent les étudiants en stage, fournissent des intervenants pour des conférences, des données pour les travaux dirigés ou des logiciels. La liste n'est pas exhaustive.

• SANOFI-AVENTIS

• TECHNOLOGIE SERVIER

• SERONO-MERCK

• JOHNSON & JOHNSON

• INSTITUT PASTEUR

• CHEMICAL COMPUTING GROUP

• BIOSOLVE-IT

• INTE-LIGAND

7. Formation continue et par alternance.

a) Modalités d'enseignement : formation initiale ou continue : Formation initiale

b) Alternance : apprentissage - contrat de professionnalisation

Pas de formation par alternance

c) En cas d'apprentissage : indiquer le CFA (Centre de formation des Apprentis) gestionnaire : sans objet

8. Relations et échanges internationaux.

Par rapport à la description des relations et échanges internationaux décrits pour la mention au paragraphe III.F, on peut ajouter que la spécialité encourage particulièrement les stages M2 à l'étranger (Canada, Allemagne, Angleterre, Suisse, …). Comme pour les stages en entreprise, les étudiants font appel aux responsables de la spécialité pour obtenir des contacts dans des laboratoires étrangers.

Des travaux sont en cours pour garantir la participation continue pour participer dans le Master européen de Chimie Théorique et Modélisation Computationnelle (TCCM) des étudiants effectuant le parcours Chimie Physique Théorique.

Le responsable du parcours « Chimie Théorique » négocie un rapprochement avec ce programme Erasmus Mundus. Ce rapprochement pourrait prendre la forme d'enseignements partagés avec ce programme ou le partage d'un semestre complet.