Tez özetleri Astronomi ve Uzay Bilimleri Anabilim Dalı 2

NASUHOĞLU Kerim Alptuğ

Danışman : Yard. Doç. Dr. Erdal ÜZEN

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı : Botanik

Mezuniyet Yılı : 2014

Tez Savunma Jürisi : Yard. Doç. Dr. Erdal ÜZEN

Prof. Dr. Orhan KÜÇÜKER

Prof. Dr. Muammer ÜNAL

Prof. Dr. Celal YARCI

Doç. Dr. Tamer ÖZCAN

Efes Antik Kenti Ve St. Jean Kilisesi (Selçuk-İzmir)'Nin Floristik Yönden Araştırılması
Bu çalışma İzmir ilinin güneyinde bulunan Selçuk ilçesindeki Efes Ören Yeri ve St. Jean Anıtı'nı kapsamaktadır. Bölgenin flora çalışması sonucu 46 familya, 133 cins ve 163 çiçekli bitki taksonu tespit edilmiştir. Çalışma alanlarının florasını oluşturan bitkilerin büyük çoğunluğu Akdeniz ve Doğu Akdeniz elementidir. Avrupa- Sibirya elementi çok az bulunmakla beraber İran-Turan elementine ait herhangi bir takson bulunmamaktadır. Bölgede 3 endemik takson tespit edilmiştir.

 

 

Florıstıc Study of Ruıns of Ephesus and St. Jean (Selçuk-İzmir)'S Basılıca
Bu çalışma İzmir ilinin güneyinde bulunan Selçuk ilçesindeki Efes Ören Yeri ve St. Jean Anıtı'nı kapsamaktadır. Bölgenin flora çalışması sonucu 46 familya, 133 cins ve 163 çiçekli bitki taksonu tespit edilmiştir. Çalışma alanlarının florasını oluşturan bitkilerin büyük çoğunluğu Akdeniz ve Doğu Akdeniz elementidir. Avrupa- Sibirya elementi çok az bulunmakla beraber İran-Turan elementine ait herhangi bir takson bulunmamaktadır. Bölgede 3 endemik takson tespit edilmiştir.


AYKOL Güliz

Danışman : Yrd. Doç. Dr. Pelin ARDA-PİRİNÇÇİ

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı : Zooloji

Mezuniyet Yılı : 2014

Tez Savunma Jürisi : Yrd. Doç. Dr. Pelin ARDA-PİRİNÇÇİ

Prof. Dr. Şehnaz BOLKENT

Prof. Dr. Refiye YANARDAĞ

Doç. Dr. N. Ömür BULAN

Doç. Dr. Engin KAPTAN

Farelerde Dekstran Sülfat Sodyum İle Oluşturulan Kolit Modelinde Galektin-1’in Rolü
Ülseratif kolit, kolon mukoza ve submukozasında, periferal ve mukozal T hücre aktivasyonu, nötrofil ve makrofajlardan reaktif oksijen metabolitlerinin salınımı ve pro-inflamatuvar sitokinlerin üretiminde artışa bağlı olarak gelişen bir inflamatuvar bağırsak hastalığıdır. Galektin-1 (Gal-1) T hücre aracılı immün cevapları, hücre büyümesi, hücre çoğalması, hücre göçü ve yara iyileşmesi gibi çeşitli biyolojik olayları düzenleyen, β-galaktozid bağlayan protein ailesinin bir üyesidir.
Bu çalışmanın amacı, dekstran sülfat sodyum (DSS) ile farelerde oluşturulan deneysel akut kolit modelinde kolon morfolojisi, hücre proliferasyonu, oksidatif stres, anti-oksidan sistem, inflamatuvar ve anti-inflamatuvar aracılar üzerinde galektin-1’in rolünü ortaya çıkarabilmektir.
Bu çalışmada kullanılan toplam 32 adet ergin erkek C57BL/6 fareler dört gruba ayrıldı. I. grup PBS enjekte edilen ve steril musluk suyu verilen kontrol hayvanlardan, II. grup 5 gün boyunca oral olarak % 3 DSS verilerek akut kolit oluşturulan farelerden, III. grup 7 gün boyunca günde bir kez intraperitoneal yolla 1 mg/kg dozda rekombinant insan Gal-1 enjekte edilen hayvanlardan, IV. grup ise hem rekombinant insan Gal-1 enjeksiyonu yapılan hem de % 3 DSS verilen farelerden oluşturuldu. Deneyler sırasında farelerin vücut ağırlıklarındaki % değişim ve hastalık aktivite indeksleri (HAİ) günlük olarak belirlendi. Gal-1’in DSS ile oluşturulan kolon hasarı üzerindeki etkileri makroskobik ve mikroskobik olarak incelenerek, kolit skorlama sistemi ile belirlendi. Hücre çoğalmasına etkileri Ki-67 immünohistokimyası ile gösterildi. Glutatyon (GSH), glutatyon peroksidaz (GSH-Px), katalaz (CAT) ve süperoksit dismutaz (SOD) gibi anti-oksidan sistem parametreleri ile oksidatif hasar göstergesi olan malondialdehit (MDA) düzeyi spektrofotometrik olarak tayin edildi. Kolon dokularında lökosit infiltrasyonunun göstergesi olan miyeloperoksidaz (MPO) seviyeleri ile tümör nekroz faktör-α (TNF-α) ve interlökin-10 (IL-10) düzeyleri ELISA yöntemi ile tespit edildi.
Farelere DSS uygulaması kolon dokusunda dejeneratif değişikliklere, HAİ, MDA, MPO ve TNF-α düzeylerinde artışa; vücut ağırlığında, kolon uzunluğunda, hücre çoğalma indeksinde, GSH-Px, CAT ve SOD aktivitelerinde, GSH ve IL-10 seviyelerinde azalmaya sebep olarak yaygın bir hasar ile sonuçlandı. Gal-1’in ön uygulaması, HAİ, MDA, MPO ve TNF-α düzeylerinde anlamlı bir azalmaya; vücut ağırlığında, kolon uzunluğunda, hücre çoğalma indeksinde, GSH-Px, CAT ve SOD aktivitelerinde, GSH ve IL-10 seviyelerinde ise artışa yol açarak kolit hasarını önledi. Sonuç olarak bu çalışma, farelerde DSS ile oluşturulan akut kolit hasarına karşı Gal-1’in hücre çoğalmasını uyarıcı, anti-oksidan, anti-inflamatuvar ve koruyucu etkilere sahip olduğunu göstermiştir. Bu çalışmadan elde edilen sonuçların, ülseratif kolit gibi inflamatuvar bağırsak hastalıklarının önlenmesinde ve tedavisinde Gal-1’in terapötik bir ajan olarak kullanılabilmesine katkı sağlayacağı düşünülmektedir.

Role of Galectın-1 on Dextran Sulphate Sodıum-Induced Colıtıs Model ın Mıce
Ulcerative colitis is an inflammatory bowel disease which is characterized by an effect on the mucosa and submucosal layer of the colon, peripheral and mucosal T-cell activation, the release of reactive oxygen metabolites from neutrophils and macrophages, and increase in the synthesis of pro-inflammatory cytokines. Galectin-1 (Gal-1) is a member of β-galactoside binding proteins which regulate T-cell mediated immune response and diverse biological processes such as cell growth, cell proliferation, cell migration, and wound healing.
The aim of this study was to reveal the role of Gal-1 on colon morphology, cell proliferation, oxidative stress, anti-oxidant system, inflammatory and anti-inflammatory mediators in the model of experimental acute colitis induced by dextran sulfate sodium (DSS) in mice.
A total of 32 adult male C57BL/6 mice used in this study were divided into four groups. I. group, control animals injected with PBS and given sterile tap water; II. group, mice administered orally 3 % DSS for 5 days to induce acute colitis; III. group, animals injected intraperitoneally with 1 mg/kg recombinant human Gal-1 once a day for 7 consecutive days; IV. group, mice both injected recombinant human Gal-1 and given 3 % DSS. During the experiment, change % in body weight of the mice and disease activity index (HAI) was determined in a daily manner. The effects of Gal-1 on DSS-induced colonic injury were determined using colitis scoring system by examining macroscopically and microscopically. Its role on cell proliferation was shown by Ki-67 immunohistohemistry. Parameters of anti-oxidant system such as glutathione (GSH), glutathione peroxidase (GSH-Px), catalase (CAT), superoxide dismutase (SOD), and malondialdehyde (MDA) level which is a marker of oxidative injury, were examined by spectrophotometry. Myeloperoxidase (MPO) levels as an indicator of leukocyte infiltration, tumor necrosis factor-α (TNF-α) and interleukin-10 (IL-10) levels in colon tissues determined by ELISA.
Administration of DSS resulted in a common injury in colon by causing degenerative changes, an increase in HAI, MDA, MPO and TNF-α levels; a decrease in bodily weight, colon length, cell proliferation index, GSH-Px, CAT and SOD activities, GSH and IL-10 levels. Gal-1 pretreatment prevented colonic injury by a significant reduction in HAI, MDA, MPO and TNF-α levels; an increase in body weight, colon length, cell proliferation, GSH-Px, CAT and SOD activities, GSH and IL-10 levels. As a result, this study showed that Gal-1 has proliferative, anti-oxidant, anti-inflammatory, and protective effects against DSS-induced acute colonic injury in mice. The results obtained from this study suggest that Gal-1 can be used as a therapeutic agent expected to contribute in preventing and treating of inflammatory bowel disease such as ulcerative colitis.

YILMAZ Öznur

Danışman : Doç. Dr. Füsun ÖZTAY

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı : Zooloji

Mezuniyet Yılı : 2014

Tez Savunma Jürisi : Doç. Dr. Füsun ÖZTAY

Prof. Dr. Şehnaz BOLKENT

Prof. Dr. Gül ÖNGEN

Prof. Dr. Cihan DEMİRCİ TANSEL

Prof. Dr. Kadriye AKGÜN DAR

Fibrozisli Fare Akciğerlerinde Tirozin Kinaz İnhibitörlerinin Miyofibroblast Aktivasyonu Üzerine Etkileri: Terapötik Yaklaşım
Pulmoner fibrozis (PF), fibroblast ve miyofibroblast sayısında artış ve ekstrasellular matriks elemanlarının aşırı birikimi ile karakterize edilir. Klinikte bu hastalığın tedavisinde kesin etkili terapötik ajan henüz bulunamamıştır. Sitokin ve büyüme faktörleri, tirozin kinaz reseptörleri aracılığıyla miyofibroblast çoğalmasını ve aşırı ekstrasellular matriks üretimini uyararak pulmoner fibrozise neden olur. Tirozin kinaz inhibitörü olan dasatinib anti-anjiyogenik ve anti-proliferatif özellikleri nedeni ile kanser tedavilerinde kullanılır. Hasarlı akciğerde anjiyogenik ve proliferatif ajanların salınımının pulmoner fibrozisi uyardığı bilinir. Çalışmamızda bleomisin ile pulmoner fibrozisi uyarılan farelerde dasatinibin miyofibroblast aktivasyonu ve kollajen üretimi üzerindeki etkileri ve bu etkilerin PI3K/Akt ve MAPK/ERK sinyal yolakları ile ilişkisi ilk kez araştırıldı.
Çalışmada ergin farelerden 4 deney grubu oluşturuldu: Deneyin ilk günü tek doz intratrakeal bleomisin uygulaması (0,08 mg/kg) ile fibrozis oluşturulan ve deneyin 21. gününde kesilen fareler (I) ve kontrolleri (II), fibrozis oluşturulduktan sonra deneyin 14. gününden itibaren bir hafta süresince dasatinib verilip (8 mg/kg) deneyin 21. gününde kesilen fareler (III) ve kontrolleri (IV). Akciğerlerde mikroskobik yöntemlerle fibrozis derecesi, fibroblast çoğalması ve miyofibroblast farklılaşması tespit edildi. Ayrıca akciğer homojenatlarında Western emdirimi ile kollajen-I, PTEN (10. kromozomda delesyona uğrayan fosfataz ve tensin homoloğu), Abelson kinaz (c-Abl) ile PI3K/Akt ve MAPK/ERK sinyal yolaklarında görevli olan moleküllerin sentez analizleri yapıldı.
Bleomisin uygulamaları akciğer genelinde yaygın fibrotik odaklar (ortalama fibrozis derecesi: 5), bu odaklarda fibroblast sayısında ve alfa-düz kas aktin sentezinde ve akciğer genelinde kollajen-I, aktive olan platelet kökenli büyüme faktörü reseptör-alfa (PDGFR-α), ERK, Akt ve c-Abl proteinlerinin sentezlerinde artışa neden olurken, PTEN sentezini azalttı. Dasatinib uygulamaları bleomisin verilen fare akciğerlerindeki bu mikroskobik ve biyokimyasal değişikliklerin gerilemesini ve PTEN (MAPK/ERK ve PI3K/Akt sinyal yolaklarının inhibitör proteini) sentezinin artmasını sağlayarak, akciğerde fibrotik odakların azalmasına ve fibrozis derecesinin 5’ten 3’e gerilemesine neden oldu. Buna göre dasatinib, pulmoner fibrozisde, PDGFR-α ve sitoplazmik c-Abl inhibisyonu, PTEN protein sentezinin ise uyarılması yollarıyla, MAPK/ERK ve PI3K/Akt sinyal yolaklarının fibroblast çoğalması, fibroblast/miyofibroblast farklılaşması ve kollajen-I sentezi üzerindeki etkilerini sınırlar. Böylece bu çalışma, dasatinibin pulmoner fibrozisin geriletilmesinde yaygın anti-fibrotik etkiye sahip yeni bir tirozin kinaz inhibitörü olarak kullanılabilmesinin önünü açmaktadır.

The Effects of Tyrosıne Kınase Inhıbıtors on Myofıbroblast Actıvatıon ın Mıce Lung wıth Fıbrosıs: Therapeutıc Approach
Pulmonary fibrosis (PF) is characterized by an increase in number of fibroblasts/myofibroblasts and excessive accumulation of extracellular matrix components. The precise effective therapeutic agent for this disease has not been discovered yet. Cytokines and growth factors lead to PF, by inducing the proliferation of fibroblasts/myofibroblasts and excessive synthesis of extracellular matrix via tyrosine kinase receptors. Dasatinib, tyrosine kinase inhibitor, is used in cancer treatments due to its anti-angiogenic and anti-proliferative properties. It is known that the release of angiogenic and proliferative agents from injured lung have resulted in PF. In this study, the effects of dasatinib on the myofibroblast activation and the synthesis of collagen-I, as well as mutual relationship between these effects and PI3K/Akt and/or MAPK/ERK signalling pathways in mice with bleomycin- induced PF were investigated for the first time.
In the study, PF was induced by intratracheal bleomycin (0.08 mg/kg) instillation into mice lung. Adult mice were divided 4 groups: mice dissected on the 21^st days after the first bleomycin injection (I) and their controls (II), mice treated with dasatinib (8 mg/kg) for one week following 14 days after the first bleomycin injection and dissected on the 21^st days of experiment (III) and their controls (IV). Fibrosis score, fibroblast proliferation and myofibroblast differentiation in the lung were determined using microscopic techniques, while the expression of collagen-I, PTEN (phosphatase and tensin homologue deleted on the 10^th chromosome), Abelson kinase (c-Abl) and molecules which play a role in PI3K/Akt ve MAPK/ERK signaling pathways were analyzed by Western blotting.
Bleomycin treatments resulted in the formation of numerous fibrotic areas (avarage fibrosis score: 5), increase in the fibroblast proliferation and alpha-smooth muscle actin expressions in these areas, bleomycin-induced expressions of collagen-I, phospho-platelet derivated growth factor receptor-alpha (PDGFR-α), -ERK, -Akt and –c-Abl proteins in the fibrotic lung, whereas it downregulated the PTEN expressions in mice lung. Dasatinib treatments significantly attenuated these microscopic and biochemical alterations and upregulation of PTEN (inhibitor protein of PI3K/Akt and MAPK/ERK signalling pathways) expressions in mice lung with bleomycin-induced fibrosis. Thus fibrotic areas decreased and the fibrosis score decreased from 5 to 3. Dasatinib treatments limited the effects of PI3K/Akt and MAPK/ERK signaling pathways on fibroblast proliferation, fibroblast/myofibroblast differentiation and collagen-I synthesis, via the PDGFR-α and cytoplasmic c-Abl inhibition and the overexpression of PTEN protein in PF. The current study showed that dasatinib can be used as a novel tyrosine kinase inhibitor with anti-fibrotic effects for the regression of PF.

  

ÖVET Hale

Danışman : Doç. Dr. Füsun ÖZTAY

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı : Zooloji

Mezuniyet Yılı : 2014

Tez Savunma Jürisi : Doç. Dr. Füsun ÖZTAY

Prof. Dr. Şehnaz BOLKENT

Prof. Dr. Gül ÖNGEN

Prof.Dr. Refiye YANARDAĞ

Doç. Dr. Selda GEZGİNCİ OKTAYOĞLU

Fibrozisli Fare Akciğerlerinde Ekstrasellular Matriks Düzenlenmesinde Lizil Oksidaz İnhibisyonun Rolü

Pulmoner fibrozis, fibroblast ve miyofibroblast sayısında artış, hücreler arası alanda kollajen, fibronektin gibi ekstrasellular matriks (ECM) elemanlarının aşırı birikimi ile karakterize edilir. Lizil oksidaz (LOX) enzim ailesinin üyeleri, kollajen fibrillerin çapraz bağlanmasını katalizleyerek bu fibrillerin ECM içinde yerleşimini ve birikimini düzenler. Bu enzimlerin aktivitesinin artışı pulmoner fibrozise neden olabilir. Tetratiyomolibdat (TM) bakır bağlayıcı özelliği ile LOX aktivitesini azaltır.

Çalışmamızda, pulmoner fibrozisde, TM aracılı LOX inhibisyonunun, LOX ve LOX benzeri proteinleri (LOXL-1 ve 2) ile jelatinaz/kollajenaz (MMP-2/MMP-8) gibi matriks sindirim enzimlerinin ve kollajenaz inhibitör proteininin (TIMP-1) ekspresyonları üzerinde etkisi belirlendi ve TM’in anti-fibrotik etkisi test edildi.
Çalışmada, farelerde pulmoner fibrozis, bleomisinin intratrakeal enjeksiyonu ile uyarıldı. Ergin farelerden 4 deney grubu oluşturuldu: Deneyin ilk beş günü bleomisin (0,8 mg/kg) uygulaması ile fibrozis oluşturulan ve deneyin 21. gününde kesilen fareler (I) ve kontrolleri (II), fibrozis oluşturulduktan sonra deneyin 14. gününden itibaren gavaj yolu ile bir hafta boyunca TM (ilk 4 gün 1,2 mg/gün/fare ve son 3 gün 0,9 mg/gün/fare) verilen ve deneyin 21. gününde kesilen fareler (III) ve kontrolleri (IV). Grup III ve IV’deki fareler son 7 gün boyunca düşük bakır diyeti (2 mg/kg) ile beslendi. Fare akciğerlerinde mikroskobik yöntemlerle fibrozis derecesi tespit edildi, Ayrıca akciğer homojenatlarında Western emdirimi yöntemleri ile de kollajen-I, LOX, LOXL-1, LOXL-2, TIMP-1, MMP-2 ve MMP-8 proteinlerinin analizleri yapıldı.
Bleomisin uygulamaları, fare akciğer genelinde yaygın orta-ileri şiddette pulmoner fibrozise neden oldu. Fibrozisli fare akciğerleri kollajen fibrillerin interstisiyel alanda birikimi yanı sıra kollajen-I protein, aktif LOX, LOXL-1 ve LOXL-2, MMP-2, MMP-8 enzim ve TIMP-1 protein seviyelerindeki artış ile karakterize edildi. TM ve düşük bakır diyeti uygulamaları, kollajen–I protein miktarının ve interstisiyel alanda kollajen fibril birikiminin azalmasını sağlayarak, fibrotik fare akciğerinde gözlenen yapısal ve biyokimyasal değişikliklerin gerilemesine neden oldu. TM ve düşük bakır diyeti uygulamaları pulmoner fibrozisi geriletme amacıyla güvenli bir şekilde kullanılabilir.

a Role of Lysyl Oxıdase Inhıbıtıon on Extracellular Matrıx Remodelıng ın the Mıce Lung wıth Fıbrosıs
Pulmonary fibrosis is characterized by an increase in the number of fibroblasts/myofibroblasts and an excessive accumulation of extracellular matrix (ECM) components such as collagen and fibronectin. The members of lysyl oxidase (LOX) enzyme family regulate the accumulation of collagen fibers in ECM, by catalyzing cross-links bounds among these fibers. An increase in the activity of these enzymes results in pulmonary fibrosis. Tetrathiomolybdate (TM) reduces the LOX activity via its copper-binding characteristic. The current study showed the effects of TM-induced LOX inhibition on the expression of LOX, LOX-like proteins (LOXL-1 and 2), matrix digestion enzymes such as a gelatinase/collagenase (MMP-2/MMP-8) and TIMP-1, a collaganase inhibitory protein, and also evaluated the TM-depended anti-fibrotic effect on pulmonary fibrosis.
In the current study, pulmonary fibrosis was induced by bleomycine instillation via trachea in mice. Adult mice were divided into 4 groups: mice dissected after 21^st days of the first bleomycine (0,8 mg/kg) treatment (I) and their controls (II), mice treated with TM for one week (1.2 mg/day/mice for the first 4 days and 0.9 mg/day/mice for the following 3 days) after 14 days of the first bleomycine instillation and dissected in the 21^st days of experiment (III) and their controls (IV). Mice in groups III and IV fed lower copper diet (2 mg/kg) during the last 7 days of the experiment. Fibrosis score in lung was determined under microscope. Also, the expression of collagen-I, LOX, LOXL-1, LOXL-2, TIMP-1, MMP-2 and MMP-8 proteins were analyzed by Western blotting in lung homogenates.
Bleomycin treatments resulted in expanded pulmonary fibrosis with moderate-severe degree in the mice lung. Mice lung with fibrosis were characterized by an increase in protein levels of collagen-I, activated LOX, LOXL-1, LOXL-2, MMP-2, MMP-8 and TIMP-1, in addition to an excessive accumulation of collagen fibers. In fibrotic mice lung, TM and lower copper diet treatments significantly regressed structural and biochemical alterations, and reduced collagen-I protein expression and collagen accumulation in ECM. In conclusion, TM and lower copper diet treatments may safely be used for regression of pulmonary fibrosis.
  

AĞAY Zaven

Danışman : Doç. Dr. Ayten ERDEM

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı : Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji

Mezuniyet Yılı : 2014

Tez Savunma Jürisi : Doç Dr. Ayten ERDEM

Prof. Dr. Ayşın ÇOTUK

Doç. Dr. Esra İLHAN SUNGUR

Doç. Dr. İrfan TÜRETGEN

Doç. Dr. Ümran SOYOĞUL GÜRER

Farklı Kaynaklardan İzole Edilen Salmonella Suşlarının Bazı Virülans Faktörlerinin İncelenmesi
Enterobacteriaceae ailesinin üyesi olan Salmonella cinsi bakteriler, insanlarda bağırsak enfeksiyonlarından tifo ateşi ve enterokolitlere neden olmaktadır. Salmonella bakterilerinin patojenitesinin belirlenmesi için bu bakterilerin virülans özelliklerinin araştırılması gereklidir. Klinik örneklerden izole edilen Salmonella bakterilerinin virülans faktörlerini belirlemeye yönelik birçok çalışma olmasına rağmen, gıda ve çevresel örneklerden izole edilen bakterilerin patojenitesinin bir arada araştırıldığı ve standart bakterilerle kıyaslandığı kapsamlı bir çalışmaya rastlanmamıştır. Bu nedenle çalışmamızda kıyma, deniz suyu ve klinik örneklerden izole edilen Salmonella bakterilerinin ve standart bakterilerin (Salmonella enterica serovar Typhimurium ATCC 14028; Salmonella enterica serovar Enteritidis ATCC 13076) virülans faktörleri incelenerek patojenitelerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
Çalışmamız kapsamında bakterilerin serumun antimikrobiyal etkisine karşı direnci, antibiyotik direnci, hemolizin aktiviteleri, hemaglütinasyon yetenekleri, fimbriya tipleri, biyofilm oluşturma kapasitesi ve bakterinin dış ortamdan demir alımını sağlayan siderofor moleküllerinin üretim özellikleri incelenmiştir.
Sonuçlar değerlendirildiğinde kıyma örneklerinden izole edilen Salmonella bakterilerinden seruma dirençli (11 izolat) ve antibiyotiklere karşı çoklu direnç gösteren bakteri sayısının (16 izolat), deniz suyu ve klinik izolatlar ile standart bakterilere göre daha fazla olduğu saptanmıştır. İncelenen bakterilerden sadece kıyma örneklerinden izole edilen Salmonella bakterilerinde (3 izolat) -hemoliz görüldüğü, buna karşın tüm bakterilerin (37 bakteri) -hemoliz oluşturma yeteneğinde olduğu ve tip IV fimbriyaları sayesinde mannoza dirençli hemaglütinasyon oluşturabildikleri, ZS-1 izolatı hariç deniz suyu (13 izolat) ve klinik izolatlarla (3 izolat) standart Salmonella bakterilerinin ise tip III fimbriyaları ile mannoza dirençli Klebsiella benzeri hemaglütinasyon yeteneğinde oldukları belirlenmiştir. Ayrıca kıyma, deniz suyu ve klinik örneklerden alınan Salmonella bakterilerinin genellikle zayıf (13 izolat) ve orta kuvvette (13 izolat) tutunma, standart bakterilerin orta (1 bakteri) ve kuvvetli (1 bakteri) tutunma ile biyofilm oluşturma özelliğine sahip oldukları görülmüştür. Bakterilerin CAS agarda siderofor üretme yeteneklerine bakıldığında, kıyma izolatlarının (18 izolat) ve klinik izolatların (3 izolat) hepsinin pozitif sonuç verdiği, buna karşın deniz suyundan izole edilen Salmonella bakterilerinin sekizinin ve standart bakterilerden sadece Salmonella Typhimurium ATCC 14028’ in siderofor ürettiği, ayrıca ince tabaka kromatografisi (TLC) ile görüntülemede toplamda sadece 6 bakteride katekol tipte siderofor bulunduğu görülmüştür.
Tüm virülans faktörleri değerlendirildiğinde kıyma örneklerinden izole edilen Salmonella bakterilerinin en patojen grup olduğu görülmüş, en patojen bakterinin ise deniz suyundan izole edilen ZS-4 izolatının olduğu belirlenmiştir.
Tez çalışmamız kapsamında incelenen virülans faktörleri değerlendirildiğinde aynı kaynaktan izole edilen bakterilerin benzer virülans özelliği gösterdiği, buna karşın farklı kaynaklardan izole edilen Salmonella bakterilerinin farklı virülans özelliklerine sahip olduğu saptanmıştır. Genel olarak virülans özellikleri karşılaştırıldığında, 35 izolatın on dokuzunun standart Salmonella Typhimurium ATCC 14028 bakterisinden, 33 izolatın ise standart Salmonella Enteritidis ATCC 13076 bakterisinden daha virülent olduğu saptanmıştır.
Sonuçlar değerlendirildiğinde, bakterilerin serum direnci, antibiyotik direnci, hemoliz oluşturma yetenekleri, hemaglütinasyon özellikleri, biyofilm oluşturma ve siderofor üretme kapasitelerinin hem izole edildikleri kaynağa, hem de aynı bakterinin farklı suşları arasında farklılık gösterdiği belirlenmiştir.

Bu çalışma, ülkemizde farklı kaynaklardan izole edilen Salmonella cinsi bakterilerin bazı virülans faktörlerinin incelenerek standart Salmonella bakterileriyle kıyaslanması açısından yapılan ilk çalışma olması açısından önem kazanmaktadır.

Investigation of Some Virulence Factors of Salmonella Strains Isolated From Different Sources
The genus Salmonella, which is a member of Enterobacteriaceae family, includes facultative aerobic and Gram-negative bacteria that cause food- borne diseases in the gut such as typhoid fever and diarrheal diseases. These bacteria are transmitted from food, water sources and fecal contaminations. For the formation of virulence degree among Salmonellas, antigenic factors are need to be known in order to investigate the patogenicity of these bacteria. Although there are studies to determine the virulence of Salmonellas which were isolated from clinical samples, any comparison about the patogenesis of Salmonellas among the isolates of food samples, environmental sources and wild type strains has not been found. For this reason, the aim of the study is to evaluate the patogenicity of the members in genus Salmonella to compare virulence between wild type (ATCC) standards and bacteria which are isolated from minced meat samples, water and clinical sources.
In scope of the study, we aimed to investigate the antigenic surface structures which play role for resistance to the antimicrobial activity of host serum, antibiotic resistance via altered metabolic pathways, hemolysine activity with toxins and hemagglutination capabilities due to the type I, II, III and type IV secretory systems, lipopolysaccharides and flagella mediated invasion and intracellular multiplication that regulates attachment for biofilm structures and capability of siderophore production to chelate iron from the environment.
When the results are evaluated, serum resistance was shown by standard Salmonella enterica serovar Typhimurium ATCC 14028 strain and most of the minced meat isolates (11 of isolates) of Salmonella except the bacteria isolated from water samples (3 of isolates) that were less resistant to the effects of serum and standard Salmonella enterica serovar Enteritidis ATCC 13076 strain was serum sensitive. Further multiple resistance to the antibiotics has been investigated by Salmonella strains isolated from minced meat (16 of isolates) and rare of the water sampled (11 of isolates) and clinical isolates (0 of isolates) or standard bacteria (0 of strains) have been shown resistance. A few bacteria (3 of meat isolates) were capable of producing -hemolysins, whereas all Salmonella isolates (35 isolates) and standard bacteria (2 strains) produce -hemolysins and were capable of showing mannose resistant hemagglutination due to the presence of type IV fimbriae. Moreover, Salmonellas isolated from water (13 of isolates), clinical samples (3 isolates) and standard Salmonella strains have been occured mannose resistant Klebsiella-like hemagglutination by their type III fimbriae. Low and moderate attachment and biofilm formation have been shown by the Salmonella bacteria isolated from minced meat (13 of isolates) , water (10 of isolates) and clinical samples (3 isolates), while standard Salmonella strains were capable of forming moderate (1 strain) and high level (1 strain) biofilm structures. Additionally, standard Salmonella Typhimurium ATCC 14028, most of the isolates from minced meat, all clinical isolates and less of the isolates from water samples (8 of isolates) were detected siderophore production on Chrome Azurol S (CAS) Agar plates, although 6 of the isolates have been determined as catechol-productive bacteria by thin layer chromatography (TLC).
Considering all the results of the experiments, Salmonella isolates from minced meat samples were found out as the most pathogen bacteria, but the ZS-4 isolate from water samples has been the most virulent of all.
When the virulence factors in our study were considered it has been determined that the bacteria have different virulence properties according to their sources of isolation. Generally, nine of the 35 isolates were found to be more virulent than the standard Salmonella Typhimurium ATCC 14028 and 33 of the 35 isolates were much more virulent than the standard Salmonella Enteritidis ATCC 13076 strain.
According to the results of the thesis we evaluated, it was determined that the serum and antibiotic resistance, production of hemolysins, capability of hemagglutination, biofilm formation and siderophore production of the Salmonella bacteria have differences depending on their source of isolation and difference of the strains.
This thesis, which performed in our country, is the first study comparing some virulence factors of Salmonella bacteria isolated from different sources and standard Salmonella bacteria. The study may create a step for the future definitions of the patogenicity of the members of genus Salmonella.