Tez özetleri Astronomi ve Uzay Bilimleri Anabilim Dalı 2

US Hüseyin

Danışman : Doç. Dr. Ömür KARABULUT BULAN

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı : Genel Biyoloji

Mezuniyet Yılı : 2014

Tez Savunma Jürisi : Doç Dr. Ömür KARABULUT BULAN

Prof. Dr. Refiye YANARDAĞ

Prof. Dr. Seyhan ALTUN

Prof. Dr. Tuncay ORTA

Prof. Dr. Pelin ARDA PRİNÇÇİ

Gama Radyasyonun Neden Olduğu İnce Bağırsak Hasarına Karşı Karnozin Ve Melatoninin Etkileri
Günümüzde radyoaktif izotopların ve radyasyonun; temel bilim, tıp, tarım, endüstri, enerji ve diğer uygulama alanlarında kullanılışı çok geniş boyutlara ulaşmıştır. Bu kadar geniş bir kullanım alanı olmasına karşın radyasyonun birçok sistem, organ ve doku üzerine olumsuz etkileri mevcuttur. Bu olumsuz etkiler özellikle ince bağırsak gibi bölünme yeteneği fazla olan hücrelerde daha yoğun olarak görülmektedir.
Biyolojik materyallerin radyasyona maruz kalmaları, hızlı bir şekilde reaktif oksijen türlerinin artışına neden olmaktadır. Reaktif oksijen türlerinin organizmadaki olumsuz etkileri çeşitli araştırmalar ile ortaya konmuştur. Bu sebeple de pek çok çalışmada, canlı materyalin radyasyona duyarlılığını etkileyebilecek antioksidanlar kullanılmıştır. Melatonin, epifiz bezinden salgılanan ve serbest radikalleri azaltabilen güçlü bir antioksidandır. Karnozin ise, β-alanin ve L-histidinin birleşmesi ile meydana gelen bir nöropeptiddir. Karnozin, aktif oksijen radikallerini temizleyen biyolojik fonksiyonuna bağlı olarak antioksidan özelliğe sahiptir. Antioksidan özelliğine ek olarak karnozinin antiapoptotik ve sitoprotektif özellikleri de bulunmaktadır.
İnce bağırsaktaki radyasyon hasarı üzerinde melatonin ve karnozin kombinasyonunun etkileri hakkında yapılmış herhangi bir çalışma rastlanmamıştır. Bu çalışmanın amacı antioksidan, anti enflamatuvar ve antiapoptotik özellikleri bilinen melatonin ve karnozinin radyasyon ile ortaya çıkan ince bağırsak hasarına karşı koruyucu bir etkisinin olup olmadığını histolojik, immünohistokimyasal ve biyokimyasal parametrelerin ışığı altında değerlendirmektir.
Çalışmamızda, Wistar albino cinsi, 40 adet ergin erkek sıçan kullanıldı. Deney hayvanları her birinde 8’er adet sıçan bulunan beş gruba ayrıldı. Birinci grubu oluşturan kontrol sıçanlara ve ikinci grubu oluşturan radyasyon uygulanan sıçanlara serum fizyolojik, üçüncü grup sıçanlara melatonin, dördüncü gruba karnozin, beşinci gruba da karnozin ve melatonin aynı anda enjekte edildi. Bir hafta boyunca 48 saatte bir olmak üzere üç kez enjeksiyon yapıldı. İkinci enjeksiyondan bir saat sonra kontrol grubu dışındaki diğer dört grup 8 Gray total vücut ışınlamasına maruz bırakıldı. Jejunumdan alınan doku örnekleri histolojik incelemeler için Bouin fiksatifi ile fikse edildi. Parafin bloklardan alınan doku kesitlerine Hematoksilen & Eosin, Masson’un üçlü boyası ve Periodik Asit Schiff reaksiyonu uygulandı. Formalinde fikse edilmiş doku kesitlerine ise çoğalan hücrelerin nükleer antijeni (PCNA), kaspaz-3 ve tümör nekroz faktör-α (TNF-α) immünohistokimyası uygulandı. Biyokimyasal olarak katalaz ve total glutatyon değerleri ELISA yöntemiyle tayin edildi.
Radyasyon uygulaması ince bağırsak dokularında histolojik olarak dejeneratif değişikliklere yol açtı. İmmünositokimyasal olarak PCNA pozitif kript hücre sayısında azalış gözlenirken, kaspaz- 3 ve TNF-α pozitif kript hücre sayısında artış gözlendi. Ayrıca radyasyon uygulanması katalaz ve total glutatyon değerlerinde azalışa sebep oldu. Melatonin, karnozin ve melatonin + karnozin verilen gruplarda bu bulgular kontrol bireylerdeki değerlere yakın sonuçlar gösterdi. Sonuç olarak, eksojen olarak verilen melatonin, karnozin ve melatonin + karnozinin sitoprotektif, antioksidan, antiapoptotik, antienflamatuvar ve proliferatif bir etki ile radyasyonun neden olduğu ince bağırsak hasarı üzerinde koruyucu bir rolü olabileceğini söyleyebiliriz.
 

The Effects of Carnosine and Melatonin Against Gamma Radiation-Induced Small Intestine Injury
Today, application areas of radioactive isotopes and radiation such as basic science, medicine, agriculture, industry, energy have reached a very large size. Although such a wide field of radiation, its negative effects on many systems, tissue and organ are available. These negatively effects are seen as more intense in the rapidly dividing cells like small intestine, especially.
Radiation exposure to biological materials cause quickly increasing of the reactive oxygen species (ROS). The negative effects of reactive oxygen species in the organism has been demonstrated in various studies. For this reason, the antioxidants, which may affect the sensitivity of the living material to radiation, were used in many studies. Melatonin is a powerful antioxidant which is secreted from pineal gland and decreased free radicals. Carnosine is a neuropeptid which is combination of the β-alanine and L-histidine. It has antioxidant properties depend on its biological function which cleans active oxygen radicals. In addition to the antioxidant function, carnosine has also the anti-apoptotic and cytoprotective properties.
There is no study about the effects of combination of melatonin and carnosine on radiation damage in the small intestine. The aim of this study is to evaluate whether melatonin and carnosine, which are known as antioxidant, antiinflamatory and antiapoptotic, have protective effect against radiation-induced small intestine injury, as histologically, immunohistochemically and biochemically.
In our study, 40 male adult Wistar albino rats were used. Experimental animals were divided into five groups which has 8 rats each. Serum physiologic was given to control rats, which is the first group, and irradiated rats, which is the second group. Melatonin, carnosine and combination of carnosine and melatonin were injected to the thirth, fourth and fifth group, respectively. They were injected for three times every 48 hours during a week. All groups, except control group, were exposed 8 Gray whole body irradiation an hour after second injection. Tissue samples which taken from jejunum were fixed with Bouin solution for histological examinations. Tissue sections which taken from paraffin blocks were stained with Hematoxylin & Eosin (HE), Masson’s trichrome and Periodic Acid Schiff (PAS) reaction. Tissue sections, which were fixed in formalin, were prepared for immunohistochemical examinations of proliferating cell nuclear antigen (PCNA), caspase-3 and tumor necrosis factor- α (TNF-α). Catalase and total glutathione levels were determined by ELISA as biochemically.
Radiation treatment caused degenerative changes on small intestine tissues, histologically. Decreasing number of PCNA positive crypt cells and increasing number of caspase-3 and TNF-α positive crypt cells were observed, immunohistochemically. Moreover, the radiation treatment also caused decreasing of catalase and glutathione levels. Findings of the groups which were applied melatonin, carnosine and melatonin + carnosine showed similar results with values of the control groups. Consequently, we can say that applying of exogenous melatonin, carnosine and melatonin + carnosine may have protective effects on radiation-induced small intestine injury.

ÇELİK Mehmet

Danışman : Doç. Dr. Tamer ÖZCAN

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı : Botanik

Mezuniyet Yılı : 2014

Tez Savunma Jürisi : Doç. Dr. Tamer ÖZCAN

Prof. Dr. Gül CEVAHİR ÖZ

Prof. Dr. Orhan KÜÇÜKER

Doç. Dr. Gülriz BAYÇU KAHYAOĞLU

Doç. Dr. Şener AKINCI

Türkiye'de Doğal Yayılış Gösteren Capparis L. Taksonlarının Moleküler Karaterizasyonu
Uzun yıllardır, tür içi ve türler arası biyoçeşitliliğin belirlenmesinde, türlerin sınıflandırılmasında ve akrabalık ilişkilerinin incelenmesinde morfolojik ve biyokimyasal karakterlerden yararlanılmıştır. Fakat bu karakterlerin çevresel ve iklimsel koşullardan etkilenmesi nedeniyle yanıltıcı sonuçların ortaya çıkma ihtimali bulunmaktadır. Moleküler markör sistemlerinin çevresel ve iklimsel faktörlerden etkilenmemesi, organizmanın gelişme evrelerinin her aşamasında kullanılabilmesi ve daha güvenilir bilgi vermesi; morfolojik ve biyokimyasal karakterler yerine, ilgili araştırmalarda yaygın olarak kullanılmasına sebep olmuştur. Kapari (Capparis sp.) bitkisi, Türkiye ve Akdeniz Bölgesinde yer alan ülkelerin doğal florasında bulunmaktadır. Bu araştırmada Türkiye florasında doğal yayılış gösteren kaparinin farklı taksonlarına ait örnekler incelenmiştir. Bu amaçla örneklerin toplanılması için Türkiye genelinde çeşitli bölgelere arazi çalışması yapılmıştır.
Türkiye’de yayılış gösteren Capparis cinsinin genetik çeşitliliğini, IRAP analiz yöntemi kullanarak ortaya koymak için, Türkiye’den 10 farklı grid karesine ait 15 farklı lokaliteden örnekleme yapılmıştır. Çalışma sonucunda incelenen örnekler arasında yüksek düzeyde (%93) polimorfizm tespit edilmiş, C. spinosa and C. ovata’nın tür düzeyinde ayırımı, tür içi varyasyonları ve eko-coğrafik dağılımları, dendrogramlar ve PCA analizleriyle değerlendirilmiştir. IRAP metodu ile, Capparis cinsinde genetik çeşitliliğin çözünürlüğü yüksek ve daha kapsamlı belirlenebileceği, ekolojik olarak toleranslı ve ürün verimi yüksek genotiplerin tespiti ile temel germplasm koleksiyonlarının hazırlanması ve ıslah programlarında kullanımının mümkün olabileceği düşünülmektedir.

Molecular Characterızatıon Of Some Capparıs L. (Capparaceae) Taxa Growıng Wıld In Turkey
Morphological and biochemical characteristics have been utilized for a long time in the process of determining inter and intra species biodiversity, and classifying the species. However, due to the environmental and climatic impacts on these characteristics there was a risk of receiving illusive results. Thanks to the recent improvements in molecular methods such risky possibilities have disappeared. Because of the environmental and climatic immunity of the molecular marker techniques they are suitable to be used in every phase of organism’s growth and can provide more reliable data, which makes it possible to use widely in relevant studies, instead of morphological and biochemical characteristics. Caper (Capparis sp.) is an important plant which is found in various countries of Mediterranean region including Turkey. Collections of plant material have been carried out in Turkey.
15 accessions from 10 different grid square of Turkey were analysed based on IRAP patterns in order to observe the genetic diversity in the gene pool of Capparis. In the results, high levels of polymorphisms were detected with IRAP primers (93%). Specific delineation between C. spinosa and C. ovata, and segregations of the accessions related to infraspecific status and eco-geographical distributions were presented in the dendrograms and PCA analysis. Regarding marker systems may be useful approach for determining the broad genetic diversity in the gene pool of Capparis, identification of the germplasms and ecologically tolerant genotypes in breeding programs.

BOZTAŞ Kadir

Danışman : Prof. Dr. Gül CEVAHİR ÖZ

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı : Botanik

Mezuniyet Yılı : 2014

Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. Gül CEVAHİR ÖZ

Prof. Dr. Orhan KÜÇÜKER

Prof. Dr. Mahmut ÇALIŞKAN

Doç. Dr. Tamer ÖZCAN

Doç. Dr. Halil KAVAKLI

Mercimek (Lens Culınarıs Medik.) Bitkisinde Nişasta Dallandırma Enzimlerinin Farklı Fotoperiyotlardaki Ekspresyon Analizi
Mercimek, baklagiller (Fabaceae) familyasına ait uzun gün bitkisi olup önemli oranlarda nişasta ve protein ihtiva etmektedir. Bu özelliklerinden dolayı özellikle gelişmekte olan ülkelerde önemli bir besin kaynağıdır. Son yıllarda yapılan çalışmalarda nişasta enzimlerinin manipülasyonu ile bitkilerdeki verimin arttırılabileceğine dair sonuçlar elde edilmiştir. Bu amaçla nişasta biyosentezinden sorumlu enzimlerin [ADP-glukoz pirofosforilaz (AGPase; EC 2.7.7.23), nişasta dallandırma enzimi (SBE; EC 2.4.1.28) ve çözünür nişasta sentaz (SSS; EC 2.4.1.21)] karakterizasyonu büyük önem taşımaktadır. Grubumuz tarafından mercimek nişasta biyosentezinde görevli ADP-glukoz pirofosforilazın dokuya ve zamana bağlı anlatım profilleri oluşturulmuştur. Ancak nişasta dallandırma enziminin anlatım profili mercimek bitkisinde çalışılmamıştır. Nişasta dallandırma enziminin, amino asit dizileri ve saflaştırılmış proteinlerin in vitro katalitik özelliklerine dayanarak A (SBEII) ve B (SBEI) olmak üzere iki gruba ayrıldığı bilinmektedir. SBEI’i kodlayan genler genel olarak fotosentetik ve vejetatif dokularda, SBEII’yi kodlayan genler ise nişastanın depolandığı bölümlerde ifade edilir.
Bu tez çalışmasında kısa gün (8 saat ışık, 16 saat karanlık) ve uzun gün (16 saat ışık, 8 saat karanlık) fotoperiyotlarında yetiştirilen mercimek bitkisinde SBEI ve SBEII enzimlerini kodlayan genlerin ifade düzeyleri incelenmiştir. Özetle; (1) Her iki fotoperiyottaki büyüme koşullarında SBEI ve SBEII genleri yaprak dokusunda daha fazla ifade edilmektedir. (2) Gen ifadeleri karşılaştırıldığında yaprak ve gövde dokularında SBEII geni SBEI genine göre daha fazla ifade edilmektedir. (3) Farklı fotoperiyot büyüme koşulları SBEI ve SBEII gen ifadesini etkilemektedir. Total mRNA kopya sayıları karşılaştırıldığında, kısa gün fotoperiyodunda SBEI gen ifadesi gövde dokusunda yaklaşık %30 oranında azalmaktadır. SBEII gen ifadesi ise kısa gün fotoperiyodunda yaprak dokusunda yaklaşık %50 azalmakta, gövde dokusunda ise yaklaşık %50 artmaktadır. (4) SBEI ve SBEII gen ifade profilleri gün içerisinde her iki dokuda da 4-6 saatlik aralıklarla ritmik dalgalanma göstermektedir. Uzun gün ışık koşullarında görülen 16 saatlik ışık süresince görülen ifade profilleri kısa gün koşulundaki 8 saat ışık süresine adapte olacak şekilde aynen görülmektedir. (5) Grubumuz tarafından SSSI-III (Soluble Starch Synthase) genlerinin ifadelerini inceleyen çalışmanın sonuçları incelendiğinde SBEII ve SSSI genlerinin anlatım profillerinde benzerlik görülmektedir. Benzer gen ifadesi profilinin görülmesi ve SBEII geninin daha fazla ifade edilmesi SBEII ve SSSI enzimlerinin hücre içerisinde trimerik olarak beraber çalıştığını ifade eden çalışmalarla uyumludur.
Yapılan bu analizler sonucunda SBEI ve SBEII genlerinin farklı doku ve foto periyotlardaki gen ifade düzeyleri belirlenmiştir. SBEII gen ifade profilleri ile SSS gen ifadeleri arasında benzerlikler gözlenmiştir. Bu veriler SBE ve SSS enzimlerinin trimerik yapı oluşturarak birlikte çalıştıklarını belirten hipotezi desteklemektedir. Bu çalışma, grubumuz tarafından nişasta biyosentezinde görev alan genlerin karakterizasyon çalışmalarının devamı niteliğindedir. Mevcut çalışma ve önceki araştırmalarla birlikte AGPaseL1-2, AGPaseS1-2, SBEI-II, SSSI-III genlerinin dokuya ve fotoperiyoda bağlı gen ifadeleri tanımlanmıştır. Mevcut bulgular ışığında yapılacak kinetik analizler ile baklagillerin önemli bir üyesi olan Mercimeğin nişasta biyosentez mekanizmasının aydınlatılmasına, doğal olarak baklagillerdeki mekanizmanın anlaşılmasına ve bitki verimini arttırmaya yönelik çalışmalara katkı sağlayacağı düşünülmektedir.


Expressıon Analysıs Of Starch Branching Enzymes In Lentıl (Lens Culınarıs Medık.) Under Dıfferent Photoperıods
Lentil is a long-day plant of Legume (Fabaceae) family and contains a considerable amount of starch and proteins. Due to these characteristics, lentil is an important food source especially in developing countries. Recent studies have shown that plant yields could be improved with the manipulation of starch enzymes. For this purpose, characterisation of the enzymes which are responsible for the starch biosynthesis [ADP-glucose pyrophosphorylase (AGPase; EC 2.7.7.23), starch branching enzyme (SBE; EC 2.4.1.28) and soluble starch synthase (SSS; EC 2.4.1.21)] is very important. The effect of the photoperiyod length on the tissue expression of the genes encoding AGPase subunits and SSSI-III enzymes has been determined previously. However, expression profile of starch branching enzyme has not been studied. It is known that starch branching enzyme is categorized as A (SBEII) and B (SBEI) on the basis of amino acid sequences and in-vitro catalytic characteristics of purified proteins. Genes that are coding SBEI are generally expressed in photosynthetic and vegetative tissues, genes that are coding SBEII are expressed in parts where the starch is stored.
In this thesis, we investigated the transcription profiles of SBEI-II genes in lentil growing under long-day (16-h light/8-h dark) and short-day (8- h light/16-h dark) photoperiod conditions. Briefly, (1) SBEI and SBEII genes show higher expression in leaf tissue. (2) When compared with SBEI, SBEII gene transcripts are more abundant in both tissues. (3) Shortened photoperiod length has effect on the transcription of both genes. Overall transcription of lentil SBEI decreased by approximately 30% in stems under a short-day photoperiyod regime. Overall transcription of lentil SBEII decreased by approximately 50% in leaves, increased by approximately 50% in stems under a short-day regime. (4) Both SBE genes showed rhytmic fluctuations with gene expression peaks in every 4-6hrs. SBE gene expression pattern observed in long-day 16 hr light time interval was adapted to short-day 8 hr light time interval. (5) When the expression of SBEII and SSSI (Soluble starch synthase) genes is compared, similar gene expression pattern was observed in both tissues. The findings of similar expression profiles of SBEII and SSSI and abundant expression of SBEII are in consistance with the trimeric structure model of SBEII-SSSI enzymes.
In the scope of this study, the effect of the photoperiod length on tissue expression profiles of SBEI and SBEII genes has been determined. Similar tissue expression profiles of SBEII and SSSI genes are in consistance with the studies proposing the SBEII and SSSI enzymes trimeric structure in cytosol. This study complements the previous studies carried out by our research group targeting the characterization of genes encoding the enzymes involved in starch biosynthesis. Together with the previous studies, the effect of the photoperiod on tissue expression profiles of AGPaseL1-2, AGPaseS1-2, SBEI-II, SSSI-III genes has been determined. Kinetic analyses of SBEI-II enzymes are needed to complete this study. Expression and kinetic analyses results will help us to undestand the regulation of enzymes involved in starch biosynthesis in Lentile, an important member of Fabaceae family. Understanding the starch biosynhesis mechanism will contribute the studies aiming to increase the plant growth and yield.

4- MATEMATİK ANABİLİM DALI

ÇINARCI Burcu

Danışman : Yard. Doç. Dr. Temha ERKOÇ

Anabilim Dalı : Matematik

Programı : -

Mezuniyet Yılı : 2014

Tez Savunma Jürisi : Yard. Doç. Dr. Temha ERKOÇ

Prof. Dr. İsmail GÜLOĞLU

Prof. Dr. Gülin ERCAN

Yard. Doç. Dr. Özkan DEĞER

Yard. Doç. Dr. Şükrü YALÇINKAYA 

Sonlu Grupların Kompleks Karakterleri
Karakter teorisi, sonlu yuplan ve onların gösterilişlerini çalışmada önemli bir araçtır. Bu alandaki ilk çalışmalar F. G. Frobenius'a aittir. W. Bumside'ın 1911 'de yayınlanan kitabı Theory of Groups of Finite Order, gösteriliş teorisindeki birikimi sistematik olarak veren ilk kitaptır. Bu kitap soyut yuplarla ilgili. grup karakterleri kullanılarak ispat edilebilen birçok sonucu içermektedir. 
Bu tezde, sonlu grupların kompleks karakter teorisine bir giriş yapılmaya çalışılmıştır. Tezin hazırlanmasında I. Martin Isaacs'in Character Theory of Finite Groups kitabından önemli ölçüde faydalanılmıştır. Karakter teorisiyle ilgili temel tanımlar ve başlıca teoremler ikinci bölümde verilmiştir. Üçüncü bölümde bir sonlu grubun gösterilişleri ve kompleks karakterleriyle ilgilenilmiştir. Ortogonallik bağıntıları ve karakter tablosunun özellikleri bu bölümde verilmiştir. Ayrıca bu bölümde sonlu bir grubun karakter tablosundan gubun yapısı hakkında nasıl çıkarımlarda bulunalabileceği de açıklanmıştır. Grup teorisinde önemli bir yere sahip olan Burnside teoremi, dördüncü bölümde anlatılmıştır. Yaptırılmış karakterler beşinci bölümün ana konusudur. Clifford'un teoremi ve Taketa'nın teoremine bu bölümde yer verilmiştir. Frobenius gruplarının indirgenemez karakterlerini belirlemek için Brauer'in karakter tabloları üzerine olan lemması altıncı bölümde verilmiştir. Ayrıca yedinci ve sekizinci bölümlerde, dihedral grupların karakter tabloları oluşturulmuş ve simetrik grupların karakter tablolarım inşa için kullanışlı bir yönteme yer verilmiştir. Son olarak tezde, karakter derece çizgelerine bir giriş yapılıp, simetrik ve alleme gruplara karşılık gelen karakter derece çizgeleri sunulmuştur. 

Cowlex Characters Of Fmte Groups

Character theory is an important tool for studying finite groups and their representations. The first studies in this area belong to F. G. Frobenius. W. Burnside's book , Theory of Groups of Finite Order, published in 1911, is the first book to give a systematic account of representation theory. This book contains many results on abstract groups proved by using group characters. In this thesis, we have attempted to provide an introduction to the complex character theory of finite groups. During the preparation of the thesis, it was significantly benefited from I. Martin Isaacs' book Character Theory of Finite Groups. The basic definitions and fundamental theorems of character theory are given in Chapter 2. Chapter 3 is concerned with the representations and complex characters of a finite group. Orthogonality relations and character table properties are given here. In this chapter, it is also explained that how information about a finite group can be recovered from its character table. Bumside•s theorem, an important theorem in group theory, is stated and proved in Chapter 4. Induced characters are main concem of Chapter 5. Clifford-s theorem and Taketa' s theorem are given in this chapter. Brauer's lemma on character tables is given in Chapter 6 to determine the irreducible characters of Frobenius groups. Moreover, in Chapters 7 and 8, the character tables of dihedral groups are constructed and a useful method for constructing character tables of symmetric groups is presented. Finally, an introduction to character degree graphs is given and corresponding character degree graphs for symmetric and altemating groups are presented in the thesis.

5- MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI

  

ÇAKMAK Buket

Danışman : Prof. Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI

Anabilim Dalı : Moleküler Biyoloji ve Genetik

Programı : -

Mezuniyet Yılı : 2014

Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI

Prof. Dr. Şule ARI

Prof. Dr. Keriman GÜNAYDIN

Doç. Dr. İbrahim İlker ÖZYİĞİT

Doç. Dr. Yıldız AYDIN


Arpa’da (Hordeum Vulgare L.) Endojen Sirevirüs Analizi
Bu çalışmada, ilk kez soya bitkisinde bulunmuş olan SIRE1 retrotranspozonu, IRAP yöntemi ile arpa bitkisinde araştırıldı. Çalışmada, tek bir bitkiye ait 10 günlük dört kök ve 10 günlük dört yaprak analiz edildi. Kontrol materyali olarak olgun arpa embriyosu kullanıldı. IRAP analizi sonucu olgun embriyo, kök ve yaprak DNA’larında polimorfik bantlar gözlendi. Embriyo, kök ve yapraklardaki polimorfizm oranı % 0-64 arasında bulundu. Embriyolar arasında % 0-27, kökler arasında % 8-60 ve yapraklar arasında da % 11-50 oranında polimorfizm gözlendi. Farklı bitkilere ait kökler ve yapraklar arasında görülen polimorfizm aynı fideden elde edilen kök ve yapraklarda da tespit edildi (% 11-64).
IRAP analizinin yanı sıra SIRE1 retrotranspozonunun gag, rt ve env domenleri de embriyo, kök ve yapraklarda analiz edildi. Embriyo, kök ve yapraklarda bu domenlerin buluınduğu tespit edildi. Env ve rt domenlerinin analizi sonucunda örneklerin bant profillerinin farklı olduğu gözlendi. Bu farklılık, gelişim sürecinden kaynaklanabilir veya domenler içerisindeki dizilerin duplikasyonu veya delesyonu ile ortaya çıkabilir. SIRE1 gag, env, rt domenlerinin dizi analizi gerçekleştirildi. BLAST analizi sonuçlarına göre SIRE1 retrotranspozonunun Ty1- copia retrotranspozonlarına benzerlik oranı, gag domeninde %79, rt domeninde %84 ve env domeninde %95 olarak bulundu.