Tez özetleri Astronomi ve Uzay Bilimleri Anabilim Dalı

The Effects of Swimming Ecercise on Epileptic Rats
The clinical and experimental studies have been showed the useful effects of physical exercise on brain functions but its effects on epilepsy and the pathways of this action have not been fully lightened. Behavioral and cognitive problems have been detected in more than half of epileptics. Anticonvulsant drugs considered one of the factors that affect cognitive functions. There are no studies that’s show the type of effects could be produced by regular exercises during the intake of sodium valporate (SV), which is one of anticonvulsants, on epilepsy fits, antioxidant mechanism, learning and memory. We aimed in this study to fill some of the shortage in the literatures of this field also to be a leading for the clinical studies.
In our study 48 male Wister albino rats have been used. Animals randomly divided as 6 animals in each group to eight groups, Control, Pentilentetrazol (PTZ), Swimming, Swimming+PTZ, SV, SV+PTZ, SV+Swimming, SV+ Swimming+PTZ. Treatment are administrated as: PTZ 13x40 mg/kg/i.p.; SV 25x200 mg/kg/i.p.; physiologic serum 25x0,5 ml/kg/i.p.; swimming exercise 20x60 min/day. Through a period of eight weeks water adaptation, accustom of swimming, swimming exercise, PTZ Kindling epilepsy model induced and SV have been administrated. In Kindling epilepsy model fits have been observed for 30 minutes and scored on Racine scale. At the end of the process all animals subjected to Passive Running Test and levels of second day latans are determined. At the end of experiment blood samples have been taken under ketamine-xylazine anesthesia. Blood plasma soperoxide (SOD), total antioxidant capacity (TAC), total nitric oxide (NO) and homosistein (Hcy) levels have been estimated.
In our study comparison between Swimming+PTZ, SV, SV+PTZ and PTZ groups in term of fit severity and frequency, difference broadly was low and not significant than PTZ group. When Swimming+PTZ, SV, SV+PTZ and PTZ groups are examined in term of latans levels, latans period lengthened but also there was no significant difference between groups. However, fit severity and frequency in Swimming+SV+PTZ group was significantly lower than PTZ group, while latans periods significantly lengthened. Plasma SOD and TAC levels for Swimming+SV+PTZ groupwas significantly high than PTZ and Control groups, while NO level for this group was significantly lower than control and PTZ groups. In Passive Running Test second day latans for groups when compared with Control group PTZ (p<0.001), Swimming+PTZ (p<0.05), SV+PTZ(p<0.05) significantly lower, but decline was not significant in Swimming+SV+PTZ group.
Based on our results, we can say that exercise, and SV through antioxidant mechanism and NO are effective on epilepsy and learning. Our work is unique in the term of being the first study combining swimming exercise as will as implementation of anticonvulsant with PTZ kindling model and will lead to future work in this respect.

  

SİNAN Sena

Tez Adı : Türkiye Güneydoğu Anadolu Bölgesi’ndeki Petrol Rezervuarlarında Desulfovıbrıo Sp. Bakterisinin Floresan In Sıtu Hibridizasyon (Fısh) Yöntemiyle Araştırılması

Danışman : Doç. Dr. Esra İLHAN SUNGUR

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı : Temel Ve Endüstriyel Mikrobiyoloji

Mezuniyet Yılı : 2013

Tez Savunma Jürisi : Doç. Dr. Esra İLHAN SUNGUR

Prof. Dr. Ayşın ÇOTUK

Doç. Dr. Ayten KİMİRAN ERDEM

Doç. Dr. Hakan HOŞGÖRMEZ

Doç. Dr. İrfan TÜRETGEN

Türkiye Güneydoğu Anadolu Bölgesi’ndeki Petrol Rezervuarlarında

Desulfovıbrıo Sp. Bakterisinin Floresan In Sıtu

Hibridizasyon (Fısh) Yöntemiyle Araştırılması
Petrol rezervuarları bakteri çeşitliliği bakımından mikroorganizma topluluğunun limanı durumundadır. Petrolün çıkartılmasında kullanılan petrol üretim suyunun redoks potansiyelinin düşük olması, rezervuarlarda aerobik bakterilerden çok metanojenler, nitrat, demir ve mangan indirgeyenler ile birlikte sülfat indirgeyen bakteriler (SRB) gibi anaerobik bakterilerin bulunmasına olanak sağlamaktadır. Özellikle SRB’ler SO₄^-2, SO₃^-2, S₂O₃^-2 gibi kükürt bileşiklerini H₂S’e disimilatif bir şekilde indirgeyerek petrol endüstrisinde ciddi sorunlara yol açmaktadırlar. Petrol-su fazından en sık izole edilen SRB cinsi Desulfovibrio’dur.
Desulfovibrio spp., oluşturduğu H₂S gazı ile petrolü ekşiterek kalitesizleştirmekte ve petrolün çıkartılması esnasında kullanılan metal ekipmanları mikrobiyolojik korozyona uğratmaktadır. Ayrıca H₂S, son derece toksik bir gaz olduğundan dolayı hem çevrede yaşayan insanların hem de çalışanların sağlığını ciddi bir şekilde tehdit etmektedir.
SRB’lerin doğadaki ve endüstriyel sistemlerdeki çeşitliliklerine ait bilgilerin çoğu hedef genler kullanılarak elde edilmiştir. Moleküler çalışmalarda genellikle daha kesin ve güvenilir sonuçlar elde edebilmek için hedef gen olarak 16S rRNA kullanılmaktadır. FISH yöntemi, 16S rRNA probları kullanılarak farklı ekolojilerde yaşayan mikroorganizmaların hızlı ve güvenilir bir şekilde tespit edilmesini sağlamaktadır. FISH yöntemi, membran filtre ve teflon kaplı kuyucuklu lam kullanılmak üzere iki farklı şekilde gerçekleştirilebilmektedir.
Bu çalışmanın amacı, Güneydoğu Anadolu Bölgesi’ndeki (Batman ve Diyarbakır) 11 farklı petrol kuyusundan alınmış 11 petrol ve 5 atık su örneğinde Desulfovibrio spp. bakterisinin varlığını, dağılımını ve ayrıca toplam bakteri populasyonu içerisindeki yoğunluğunu FISH metodunun her iki yöntemini de kullanarak tespit etmek ve sonuçlar bakımından yöntemler arasında fark olup olmadığını belirlemektir. Tez çalışması kapsamında Desulfovibrio spp. bakterisi için Cy3 floresan boyası ile işaretli SRB-687 probu kullanılırken, toplam bakteri populasyonunun tespiti için ise floresan bir boyama tekniği olan DAPI uygulaması yapılmıştır.
Diyarbakır ve Batman Bölgeleri’ndeki petrol kuyularına ait örnekler içerisinde, membran filtre yönteminden elde edilen sonuçlara göre en fazla toplam bakteri yoğunluğu B5 kuyusunda 65654535 ± 21645659 h/ml olarak saptanmış olup, en düşük bakteri yoğunluğu ise 20616158 ± 12587360 h/ml olarak D7 kuyusunda tespit edilmiştir. Kuyucuklu lam yöntemine göre ise maksimum toplam bakteri yoğunluğu D2 kuyusunda 27689086 ± 4796023 h/ml, minimum bakteri yoğunluğu ise D8 kuyusunda 8880806 ± 3115394 h/ml olarak saptanmıştır.
Diyarbakır ve Batman Bölgeleri’ndeki çalışılan tüm kuyularda Desulfovibrio spp. bakterisi tespit edilmiştir. Membran filtre yöntemine göre Desulfovibrio spp. bakterisi en yoğun 28545450 ± 12765913 h/ml olarak B5 kuyusunda, en az ise 8155842 ± 7629092 h/ml olarak D2, D5 ve D7 kuyularında saptanmıştır. Kuyucuklu lam yöntemine göre ise maksimum Desulfovibrio spp. bakterisi 11744413 ± 5343996 h/ml olarak D4 kuyusunda saptanırken, minimum bakteri sayısı 1903030 ± 932290 h/ml olarak D8 kuyusunda tespit edilmiştir.
Membran filtre yöntemi sonuçlarına göre Diyarbakır Bölgesi’ndeki çalışılan tüm kuyular baz alındığında, toplam bakteri populasyonunun % 38.67’sini Desulfovibrio spp. bakterisi oluşturmaktadır. Batman Bölgesi’nde ise bu oran % 43.18 olarak tespit edilmiştir. Kuyucuklu lam yöntemi sonuçlarına göre ise Diyarbakır Bölgesi’ndeki çalışılan tüm kuyular baz alındığında, Desulfovibrio spp. bakteri yoğunluğunun toplam bakteri populasyonunun % 35.75’ini oluşturduğu görülmektedir. Batman Bölgesi’ne bakıldığında ise bu oranın % 36 olduğu tespit edilmiştir.
Polikarbonat membran filtre kullanılarak uygulanan FISH metodunda saptanan toplam ve Desulfovibrio spp. bakteri sayılarının, teflon kaplı kuyucuklu lam kullanılarak belirlenen bakteri sayılarından anlamlı derecede daha yüksek olduğu belirlenmiştir (p ≤ 0.05).
Desulfovibrio spp. bakterisinin, Diyarbakır ve Batman Bölgeleri’ndeki çalışılan tüm petrol kuyularında yaygın olarak bulunduğu ve sayılarının da oldukça yüksek olduğu gözlenmiştir. Hem petrolün kalitesinin azalmasını hem de mikrobiyolojik korozyonu önlemek amacı ile bu bakterilerin tespit edildiği rezervuarlarda en kısa sürede gerekli önlemlerin alınması zorunluluğu ortaya çıkmaktadır.
 
Investıgatıon of Desulfovıbrıo Sp. by FluorescenceıIn Sıtu Hybrıdızatıon (Fısh)

Method ın Petroleum Reservoırs ın Turkey South East Anatolıa Regıon
Oil fields harbor subsurface microbial communities that contain a rich diversity of bacteria. Redox potential of production water which is used for oil drilling is low, therefore anaerobic bacteria such as methanogens, nitrate, iron, manganese and sulphate reducing bacteria (SRB) are highly favored over aerobic bacteria in the reservoirs. Especially, SRB are known as being responsible for various problems at the oil industry while reducing sulfur compounds from SO₄^-2, SO₃^-2, S₂O₃^-2 to H₂S with dissimilative way. Desulfovibrio is the most frequently isolated genus of SRB from oil-water phase.
Desulfovibrio spp. generates H₂S gas which reduced the oil quality while souring the petroleum. It also causes microbiological influenced corrosion of metal equipments used in oil industry while oil drilling. Also, the toxic effect of H₂S produced in reservoirs is the result of a serious danger in terms of health and safety of both the workers and people who lives around the oil fields.
The most of the information about the diversity of SRB in nature and industrial systems are obtained via target genes. In molecular studies, 16S rRNA is used as target gene in order to obtain accurate and reliable results. FISH method enables the quick and safe detection of microorganisms living in different ecologies by using 16S rRNA probes. FISH analysis can be carried out in two different ways, such as membrane filter and teflon-coated slide technique.
The aim of this study is to determine the presence and the abundance of Desulfovibrio spp. in 11 oil and 5 waste water samples taken from 11 different oil wells located in the Southeast Anatolia Region (Batman and Diyarbakır) and also to specify bacterial diversity of Desulfovibrio spp. in the total bacterial population in the samples taken from these wells using both method of FISH technique and to determine whether there is any difference between the two methods in terms of results. In this study, probe SRB-687 labeled with Cy3 fluorescent dye was used for Desulfovibrio spp. and DAPI fluorescent staining technique was applied for the determination of total bacterial population.
According to the results of the membrane filter method from oil field samples in Diyarbakır and Batman Regions, the density of total bacteria of B5 well was determined 65654535 ± 21645659 cell/ml as the highest and D7 well was determined 20616158 ± 12587360 cell/ml as the lowest result. According to the teflon-coated slide technique density of total bacteria of D2 well was determined 27689086 ± 4796023 cell/ml as the highest and D8 well was determined 8880806 ± 3115394 cell/ml as the lowest result.
Desulfovibrio spp. was determined from all of the studied oil wells in Diyarbakır and Batman Regions. According to the membrane filter method, Desulfovibrio spp. was detected the highest number in B5 well as 28545450 ± 12765913 cell/ml and the lowest number in D2, D5 and D7 wells as 8155842 ± 7629092 cell/ml. Additionaly, according to the teflon-coated slide technique Desulfovibrio spp. was detected the highest number in D4 well as 11744413 ± 5343996 cell/ml and the lowest number in D8 well as 1903030 ± 932290 cell/ml.
According to the membrane filter method, Desulfovibrio spp. was determined 38.67 % of total bacterial population in terms of all wells in Diyarbakır while the rate was 43.18 % in Batman. However, Desulfovibrio spp. was determined as 35.75 % of total bacterial population in terms of all wells in Diyarbakır while the rate was determined 36 % in Batman by teflon-coated slide technique.
Result of the study in terms of the correlation between two different methods were showed that, the number of bacteria which was obtained by polycarbonate membrane filter was more higher correlated than teflon-coated slide technique results (p ≤ 0.05).
Desulfovibrio spp. was observed high number and abundant in both Diyarbakır and Batman Regions. These bacteria, which reduce the quality of petroleum and cause for microbiological influenced corrosion, have to be controlled and taken care of it.


GÖZEL Furkan

Tez Adı : İstanbul Halici Sediment ve Biyota Örneklerinde ²¹⁰Po Aktivitesinin Belirlenmesi

Danışman : Doç. Dr. Önder KILIÇ

Anabilim Dalı : Biyoloji Anabilim Dalı

Programı (Varsa) : Radyobiyoloji Programı

Mezuniyet Yılı : 2013

Tez Savunma Jürisi : Doç. Dr. Önder KILIÇ

Prof. Dr. Tuncay ORTA

Doç. Dr. Murat BELİVERMİŞ

Doç. Dr. Erol SARI

Doç. Dr. Akın ÇAYIR
İstanbul Halici Sediment ve Biyota Örneklerinde ²¹⁰Po Aktivitesinin Belirlenmesi
Bu tez çalışmasında, İstanbul Haliç’inde sediment ve midye (Mytilus galloprovincialis) örneklerinde ²¹⁰Po aktivite konsantrasyonları belirlenmiştir. Haliç’ten 13 istasyonda sediment ve 8 istasyonda midye örnekleri toplanmıştır. Sediment örneklerinin partikül büyüklüğü <63 µm ve >63 µm – 2 mm olarak ayrılmıştır. Ayrıca, midye örneklerinin ise yumuşak dokuları analiz için kullanılmıştır. Örneklerdeki ²¹⁰Po aktivitesi radyokimyasal ayırma ve depozisyon işlemlerinden sonra alfa spektrometresinde ölçülmüştür. Elde edilen ²¹⁰Po aktiviteleri literatürde bulunan değerler ile karşılaştırılmıştır.
Sediment örneklerinde fiziko-kimyasal parametrelerin (partikül büyüklüğü, organik madde miktarı ve pH) ²¹⁰Po birikimi üzerindeki etkisi istatistik testleri kullanılarak araştırılmıştır. Aynı zamanda, alınan su örneklerinde ölçülen fiziko-kimyasal parametrelerin (sıcaklık, tuzluluk, pH değeri ve çözünmüş oksijen) midyelerdeki ²¹⁰Po birikimi üzerindeki etkileri de incelenmiştir.
Yapılan analizler sonucunda ortalama ²¹⁰Po aktivitesi, midyede 91.98 ± 35.42 Bq kg^-1, >63 µm sedimentte 55.11 ± 34.05 Bq kg^-1 ve <63 µm sedimentte 97.92 ± 35.16 Bq kg^-1 bulunmuştur. Elde edilen bulgulara göre İstanbul Haliç’inin çalışılan dönemde ²¹⁰Po aktivite konsantrasyonunun biyolojik ve ekolojik denge açısından tehdit edici bir risk oluşturmadığı gözlemlenmiştir.
Determination of ²¹⁰Po Activity in Sediment and Biota Samples of Golden Horn
In the thesis study, activity concentrations of ²¹⁰Po were determined in the sediment and mussel (Mytilus galloprovincialis) samples of Golden Horn estuary. Sediment and mussel samples were collected from 13 and 8 stations in the Golden Horn, respectively. Sediment samples were separated to <63 µm and >63 µm – 2 mm particle fractions. In addition, soft tissues of mussel samples were used for analysis. ²¹⁰Po was measured by using an alpha spectrometer after radiochemical separation and deposition of samples. Obtained activity concentrations of ²¹⁰Po were compared with the levels found in literature.
The effect of physico-chemical parameters (particulate fractions, organic matter % and pH) on the ²¹⁰Po accumulation in the sediment samples were evaluated by using statistical tests. At the same time, the effects of measured physico-chemical parameters (temperature, salinity, pH value and dissolved oxygen) of collected water samples on the ²¹⁰Po accumulation in the mussels were examined.
As a results of performed analysis, average activity of ²¹⁰Po, in the mussel samples 91.98 ± 35.42 Bq kg^-1, in the >63 µm sediment samples 55.11 ± 34.05 Bq kg^-1 and in the <63 µm sediment samples 97.92 ± 35.16 Bq kg^-1 were found. It was realized from this study data, it was determined that Golden Horn have not a risk that threats the biological and ecological balance for examined concentrations of ²¹⁰Po in the present study.

  

BAŞTUĞ Berk

Tez Adı : Seleksiyon Ve Melezleme Islahı İle Elde Edilen Yeni Süsen (Irıs L.) Varyete Adaylarının Moleküler Karakterizasyonu

Danışman : Doç. Dr. Tamer ÖZCAN

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı : Botanik

Mezuniyet Yılı : 2013

Tez Savunma Jürisi : Doç. Dr. Tamer ÖZCAN

Prof. Dr. Gül CEVAHİR ÖZ

Prof. Dr. Orhan KÜÇÜKER

Prof. Dr. Celal YARCI

Doç. Dr. Gülriz BAYÇU KAHYAOĞLU

Seleksiyon Ve Melezleme Islahı İle Elde Edilen Yeni Süsen (Irıs L.)

Varyete Adaylarının Moleküler Karakterizasyonu
Dünyada önemli biyoçeşitlilik merkezlerinden olan Türkiye, bulunduğu iklim kuşağında yaklaşık 12 000 takson ve %35’lik endemizm oranı ile oldukça zengin ve ilginç floraya sahip ülkelerden biridir. Bu çeşitlilik, ihraç edilmek üzere doğadan toplanan ve/veya kültür koşullarında üretimi yapılan soğanlı, yumrulu ve rizomlu bitki türlerini kapsayan geofitlerde de görülmektedir. Böylesine yoğun gen kaynağına sahip olmamıza rağmen, Türkiye’de ıslah edilmiş standart süs bitkisi çeşidi bulunmamakta, doğal bitki ticareti de yok denecek kadar az gerçekleştirilebilmektedir. İhraç edilen geofitler arasında özellikle Süsenler (Iris L.), parlaklıkları, renkleri, hızlı çiçek açmaları ve çabuk büyümeleri nedeniyle önemli bir yere sahiptir.
Bu çalışmada, Türkiye’de yayılış gösteren Iris L. cinsine ait doğal seleksiyon ile oluşan 14 adet Iris türünden ve melezleme ıslahı ile elde edilmiş 11 adet melez Iris çeşit adayından oluşan 25 genotipin moleküler sistematik analizi yapılmıştır.
Çalışma kapsamında, AFLP moleküler markör sistemine ait floresan ile işaretlenmiş 7 primer kombinasyonu ve kloroplast genomuna özgü trnL-F bölgesine ait 4 evrensel primer kullanılarak moleküler analizler gerçekleştirilmiştir. AFLP primerleri ile gerçekleştirilen analizler sonucu elde edilen ürünler, GeXP Genetik Analiz Sistemi ile analiz edilmiştir. Analiz sonucu elde edilen veriler PHYLIP programı kullanılarak incelenmiş ve bu yolla türler arası akrabalık ilişkilerini ortaya koyan ağaçlar elde edilmiştir.
trnL-F bölgesine ait primerler ile gerçekleştirilen PZR sonucu elde edilen ürünlerin GeXP Genetik Analiz Sisteminde dizi analizleri yapılmış, her örnek için trnL-F bölgesi baz dizileri belirlenmiştir. Dizilerin işlenmesinde DNA Baser ve MEGA programı birlikte kullanılmıştır. Elde edilen ve işlenen diziler MEGA programı dahilinde Clustal W ile hizalanmış ve filogenetik ilişkileri ortaya koyan ağaçlar elde edilmiştir.
Tez çalışması kapsamında, Türkiye’de yayılış gösteren Iris genotiplerinin filogenetik ilişkileri ortaya konulmuştur. Moleküler markörlerin kullanımından elde edilen sonuçlar, Iris genotiplerinin taksonomik ayırımında ve kimliklendirilmesinde etkin olarak kullanılabileceğini göstermektedir. Çalışma kapsamındaki veriler, istenilen özellikleri taşıyan yeni melezlerin oluşturulma sürecine katkı sağlanması amacıyla ıslah programlarının kullanımına sunulmuştur.
  

 

 

 

 

Molecular Characterization of New Iris (Iris L.) Variety Candidates

Obtained by Selection and Hybridization Breeding Techniques
As one of the most important biological diversity center in the world; Turkey has got approximately 12.000 taxa, and with the ratio of 35% endemism, it has really generous and interesting flora in its regional climate zone. This diversity is also seen among the geophytes that involves alliaceous, tuber and rhizomatous plants, which are collected from nature and/or produced at cultural conditions for the purpose of export. Despite having such intense gene resources, there is no cultivated ornamental plant species in Turkey and there is little if any natural plant trade. Among the exported geophytes, Iris (Iris L.) holds an important position thanks to the radiances, colors, rapid blooming and fast growth capabilities.

 

In this study, the molecular systematic analysis of 25 genotypes, which are composed of 14 Iris species of Iris L. genus emerged through natural selection that spread through Turkey and 11 hybrid Iris candidate varieties obtained by hybridization breeding have been conducted.

 

In the frame of this study, molecular analyses have been performed by using 7 primer combinations that are marked by the fluorescent belonging to AFLP molecular marker system and 4 universal primers which are indigenous to chloroplast genome belonging to trnL-F region. The products that are obtained through analyses by AFLP primers were analyzed using GeXP Genetic Analysis System. The resulted data of the analysis were examined by using PHYLIP program and by this way the phylogenetic trees that indicates the relationships  among the species were obtained.

 

Sequence analysis of the products derived from PCR by primers belonging to trnL-F region are made at the GeXP Genetic Analysis System and trnL-F region based sequence have been  identified for each sample. DNA Baser and MEGA softwares were used together through the processing of sequence data. The obtained and processed sequences were aligned via Clustal W within the MEGA software and pedigrees that present phylogenetic relations were obtained.

 

Within the scope of the thesis study, phylogenetic relations of Iris genotypes spreading across Turkey were revealed. It was also proved that the results obtained from the usage of molecular markers can be evaluated in taxonomical delimitation and identification of Iris genotypes effectively. The results from molecular markers were put into service of breeding programs with the purpose of contributing to the process of producing new hybrids having desired features.

  

AKMAN Gizem

Tez Adı : Gama Radyasyonu Ve Hipobarik Stres Koşulları Altındaki HeLa Hücrelerinde Siklin Bağımlı Kinaz (CDK) Genlerinin Anlatımının Araştırılması

Danışman : Doç. Dr. Gül ÖZCAN ARICAN

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı : Radyobiyoloji

Mezuniyet Yılı : 2013

Tez Savunma Jürisi : Doç. Dr. Gül ÖZCAN ARICAN

Prof. Dr. Çimen ATAK

Prof. Dr. Seyhan ALTUN

Yard. Doç. Dr. Sema ALİKAMANOĞLU

Yard. Doç. Dr. Mehmet TOPÇUL

Gama Radyasyonu Ve Hipobarik Stres Koşulları Altındaki HeLa Hücrelerinde

Siklin Bağımlı Kinaz (CDK) Genlerinin Anlatımının Araştırılması

Kanser, hücrelerin kontrolsüz olarak bölünmesi sonucu normal olmayan oluşumların meydana geldiği bir hastalık olarak tanımlanmaktadır. Kanser tedavisinde kullanılan yöntemlerden biri olan radyoterapide amaç, kanserli hücrelerin DNA’sına zarar vermektir. Hipobarik stres koşulları, hücrelerde hipoksi meydana getirmektedir. Hipoksi sonucu meydana gelen serbest radikaller hücrelerde hasara yol açmaktadır. Bu tez çalışmasında, gama radyasyonu ve hipobarik stres koşullarının insan serviks karsinomu kökenli HeLa hücrelerinde siklin bağımlı kinaz genlerinin anlatımı incelendi. Bu amaçla 5 farklı gama radyasyonu dozu (2 Gy, 8 Gy, 16 Gy, 32 Gy ve 64 Gy) uygulanan HeLa hücrelerinin uygulamadan 0 ve 24 saat inkübasyon süresi sonunda Mitokondriyal Dehidrogenaz Enzim Aktivitesi yöntemi ile sitotoksik aktiviteleri incelendi. Hücrelerde meydana gelen sitotoksisitenin uygulanan dozun artmasına bağlı olarak kontrole göre anlamlı olarak arttığı saptandı (p<0,01). IC₅₀ dozu olarak belirlenen 32 Gy gama radyasyonu dozu ve hipobarik stres koşulları uygulanan HeLa hücrelerinde meydana gelen sitotoksisitenin kontrol grubuna göre istatistiksel açıdan anlamlı olduğu belirlendi (p<0,01).

Gama radyasyonu ve hipobarik stres koşulları uygulanan HeLa hücre kültürlerinde 0 ve 24 saat sonunda meydana gelen morfolojik değişiklikler faz-kontrast ve ışık mikroskobunda gösterildi. Siklin bağımlı kinaz genlerinin moleküler düzeyde anlatımının saptanması amacıyla siklin A, siklin E ve p21 primerlerinin anlatım seviyeleri Revers Transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu yöntemi ile araştırıldı. Elde edilen PCR ürünleri agaroz jel elektroforezi yöntemi kullanılarak incelendi. HeLa hücrelerinde 0 ve 24 saat inkübasyon süresi sonunda tek başına hipobarik stres koşulları uygulanan deney grubunda ve gama radyasyonu ile birlikte hipobarik stres koşulları uygulanan deney grubunda sadece siklin A geninin anlatım yaptığı ve kontrol grubuna göre anlatım seviyesinin düştüğü belirlendi.

Sonuç olarak elde edilen parametreler doğrultusunda, HeLa hücre kültürlerine gama radyasyonu ve hipobarik stres koşullarının birlikte uygulanmasının en yüksek sitotoksik etkiye neden olduğu belirlendi. Bu etki ile birlikte siklin bağımlı kinaz genlerinden siklin A geninin anlatım seviyeleri arasındaki farkın literatürde ilk kez ortaya konmuş olması bu bağlamda yapılacak diğer çalışmalara temel teşkil etmesi açısından oldukça önemlidir.

  

 

 

 

Evaluation Of Cyclin Dependent Kinase Genes Expression In HeLa Cells

Under Gamma Radiation And Hypobaric Stress Conditions

Cancer is defined as a disease, as a result of uncontrolled cell division and occurs abnormal formations. The purpose of radiotherapy which is one of the methods used for cancer treatment, doing harm to cancer cells’ DNA. Hypobaric stress conditions, generate hypoxia in cells. Free radicals caused by hypoxia, leading to damage in cells. In this thesis, the expression of cyclin dependent kinase genes in HeLa cells which were originated from human cervical carcinoma were examined under the conditions of gamma radiation and hypobaric stress. For this reason, the cytotoxic activities of HeLa cells which were exposed to 5 different doses of gamma radiation (2 Gy, 8 Gy, 16 Gy, 32 Gy and 64 Gy), were examined via Mitochondrial Dehydrogenase Enzyme Activity method, after 0 and 24 hours of incubation. It was determined that cytotoxicity increased significantly due to control group when the dose was increased (p<0.01). Under 32 Gy gamma radiation which is also known as IC₅₀ dose, and hybobaric stress conditions, it was determined that cytotoxicity of HeLa cells was statistically significant according to control group (p<0.01).

After 0 and 24 hours, HeLa cell cultures that were exposed to gamma radiation and hypobaric stress conditions, the morphological changes were examined under phase-contrast and light microscopies. To detect the molecular expressions of cyclin dependent kinase genes, the expression degrees of cyclin A, cyclin E and p21 primers were examined via Revers Transcriptase Polymerase Chain Reaction method. The outcomes of PCR were examined by agarose gel electrophoresis method. In the end of 0 and 24 hours of incubation, HeLa cells group it was observed that only cyclin A gene was expressed and expression decreased according to the control group under hypobaric stress conditions, also under hypobaric stress conditions and gamma radiation

Regarding acquired parameters, it was obtained that in HeLa cell cultures show the most cytotoxic effect when gamma radiation and hypobaric stress conditions were applied simultaneously. With this effect, for the first time showing the difference of expression levels between cyclin A genes of cyclin dependent kinase genes and because of this, it is highly significant to create basis for following studies.

  

  

DÖKÜMCÜ Nilay

Tez Adı : Istranca Deresi (Durusu-İstanbul) Bentik Makroomurgasız Faunasının Tespiti

Danışman : Yrd. Doç. Dr. Oya ÖZULUĞ

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı : Zooloji

Mezuniyet Yılı : 2013

Tez Savunma Jürisi : Yrd. Doç. Dr. Oya ÖZULUĞ

Prof. Dr. Melike ERKAN

Prof. Dr. Kadriye AKGÜN DAR

Prof. Dr. Serhat ALBAYRAK

Prof. Dr. Mustafa TEMEL

Istranca Deresi (Durusu-İstanbul) Bentik Makroomurgasız Faunasının Tespiti
Bu çalışmada Istranca Deresi ve kollarına ait toplam 18 istasyonda Eylül-Ekim 2011, Aralık 2011, Mart 2012, Nisan 2012, Haziran 2012 ve Ağustos 2012 tarihlerinde altı kez örnekleme yapılmış olup, 2 filuma (Mollusca ve Arthropoda) ait 3480 birey incelenmiştir. Bunun sonucunda Bivalvia, Gastropoda, Malacostraca ve Insecta klasislerine ait 15 ordo, 66 familya, 80 genus ve 105 tür bulunmuştur. Çalışma neticesinde, 1 cins (Erotesis (Trichoptera)) ve 11 tür (Arthroplea congener, Leptophlebia marginata, Parameletus chelifer, Rhithrogena germanica (Ephemeroptera); Cordulegaster boltonii, Aeshna caerulea (Odonata); Brachyptera risi, Guadalgenus franzi (Plecoptera); Gerris odontogaster (Hemiptera); Gyrinus (Gyrinus) natator, Esolus angustatus (Coleoptera)) ile Türkiye faunasına katkıda bulunulmuştur. Aynı zamanda 14 cins (Agnetina, Eoperla, Rhabdiopteryx, Capnia, Leuctra (Plecoptera); Hydrochus, Hydaticus, Elmis, Hygrotus (Coleoptera); Leptocerus, Oecetis, Halesus (Trichoptera); Dixa, Wiedemannia (Diptera)) ve 11 tür (Pisidium casertanum (Bivalvia); Bithynia pesicii (Gastropoda); Siphlonurus lacustris (Ephemeroptera); Libellula quadrimaculata (Odonata); Nepa cinerea, Aquarius najas, Gerris gibbifer (Hemiptera); Gyrinus (Gyrinus) urinator (Coleoptera); Sialis fuliginosa (Megaloptera); Ecnomus tenellus (Trichoptera); Chironomus cingulatus (Diptera)) Trakya Bölgesi için yeni kayıttır.

Determınatıon of Benthıc Macroınvertebrate Fauna of Istranca

Stream (Durusu-Istanbul)
In this study 3480 individuals of the 2 phyla (Mollusca and Arthropoda) are investigated in 18 stations, which belong to Istranca stream and its branches, by six times sampling on the dates of September - October 2011, December 2011, March 2012, April 2012, June 2012 and August 2012. Consequently 15 orders, 66 families, 80 genera and 105 species are found, belonging to Bivalvia, Gastropoda, Malacostraca and Insecta classes. As an outcome of the study contribution has been made to the fauna of Turkey with 1 genus (Erotesis (Trichoptera)) and 11 species (Arthroplea congener, Leptophlebia marginata, Parameletus chelifer, Rhithrogena germanica (Ephemeroptera); Cordulegaster boltonii, Aeshna caerulea (Odonata); Brachyptera risi, Guadalgenus franzi (Plecoptera); Gerris odontogaster (Hemiptera); Gyrinus (Gyrinus) natator, Esolus angustatus (Coleoptera)). On the other hand 14 genera (Agnetina, Eoperla, Rhabdiopteryx, Capnia, Leuctra (Plecoptera); Hydrochus, Hydaticus, Elmis, Hygrotus (Coleoptera); Leptocerus, Oecetis, Halesus (Trichoptera); Dixa, Wiedemannia (Diptera)) and 11 species (Pisidium casertanum (Bivalvia); Bithynia pesicii (Gastropoda); Siphlonurus lacustris (Ephemeroptera); Libellula quadrimaculata (Odonata); Nepa cinerea, Aquarius najas, Gerris gibbifer (Hemiptera); Gyrinus (Gyrinus) urinator (Coleoptera); Sialis fuliginosa (Megaloptera); Ecnomus tenellus (Trichoptera); Chironomus cingulatus (Diptera)) are new records for the Thrace region

 

AĞBA Tuğçe

Tez Adı : Metal Stresindeki Populus Tremula L. (Titrek Kavak) X Populus Alba L. (Akkavak) 717-1b4’ De Ekofizyolojik Araştırmalar

Danışman : Doç. Dr. Gülriz BAYÇU KAHYAOĞLU

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı : Botanik

Mezuniyet Yılı : 2013

Tez Savunma Jürisi : Doç.Dr. Gülriz BAYÇU KAHYAOĞLU

Doç. Dr. Tamer ÖZCAN

Yard. Doç. Dr. Ergül ÇETİN

Prof. Dr. Gül Cevahir ÖZ

Prof. Dr. Doğanay TOLUNAY

Metal Stresindeki Populus Tremula L. (Titrek Kavak) X Populus Alba L.

(Akkavak) 717-1b4’ De Ekofizyolojik Araştırmalar
Orman ekosistemi, ekonomik ve ekolojik açıdan özel bir önem taşımaktadır. Ancak bu ekosistemin çok yıllık ağaçlarının ve odunsu bitkilerinin stres fizyolojileri tam olarak anlaşılamadığından yeni araştırmalar gereklidir.

Kadmiyum (Cd), insanlar, hayvanlar ve bitkiler için toksik, yaygın olarak bulunan, biyolojik yarı-ömrü uzun ve kirletici bir ağır metaldir. Bu metal, ağırlıklı olarak endüstriyel prosesler, fosfatlı gübreler ve atmosferik presipitasyonlar sonucunda tarımsal topraklara girebilir ve ardından besin zincirine transfer olabilir. Kavak ağaçlarının, ağır metalleri önemli miktarlarda absorplayarak topraküstü organlarında biriktirebilme yeteneği, substrattaki kirleticilerin uzaklaştırılmasında kullanımlarını sağlamaktadır. Ancak, kavak ağacının organları ve odunsu dokuları arasındaki metal dağılım profilini açıklayan herhangi bir çalışmaya rastlanmamıştır.

Bu amaçla, Cd’un Populus tremula x Populus alba (genotip INRA 717-1B4)' daki kümülatif etkilerini anlayabilmek için ardışık iki Cd konsantrasyonu (3.2 mmol ve 16 mmoles Cd) uygulanmıştır. Uygulama süresince, toplam yaprak alanı ve çeliklerin çapı (radyal büyüme) ölçülmüştür. Net fotosentez hızı ve yaprak stoma iletkenliğinin su buharına dönüşümü tamamen gelişmiş yaprak üzerinde saptanmıştır. Farklı zamanlarda yürütülen iki stres uygulamasının sonucunda, genç ağaçların farklı organlarındaki (kök, yaprak ve odun dokuları) iyon dağılımı ICP-OES ile belirlenmiş ve ağaç metabolizmasına etkileri değerlendirilmiştir.

Yapılan analiz sonuçlarına göre her iki periyotta da bitki su içerikleri ve yaprak sayılarında herhangi bir değişim görülmedi. İkinci periyotta kuru ağırlıklarda indirgenme, bodurluk, klorozis, nekrozis, stoma iletkenliğinde bozulma, fotosentez ve radyal büyümede azalma belirlenirken, ilk periyotta değişmedi. Bitki uzunlukları ve yaprak alanları ise her iki periyotta da değişiklik göstermiştir. İyon dağılımlarına göre ise her iki uygulamada da Cd en fazla kökte birikim göstermiştir. Bu sonuçlara göre Populus’un fitoremediasyon ve özellikle de fitostabilizasyon için potansiyel bir bitki olabileceğini düşünmekteyiz.

.

Ecophysıologıcal Investıgatıons In Metal Stressed Populus Tremula L.

(Tremelous Poplar) X Populus Alba L. (Whıte Poplar) 717-1b4
The forest ecosystem is of particular importance from an economic and ecological perspective. However, the stress physiology of trees, perennial and woody plants, is far from being fully understood. Cadmium is a heavy metal toxic for humans, animals and plants. It is a widespread trace pollutant with a long biological half-life.
Cadmium (Cd) heavy metal enters agricultural soils mainly from industrial processes, phosphate fertilizers and atmospheric deposition, and then it could be transferred to the food chain. The ability of Populus to absorb and accumulate significant quantities of heavy metals in aerial parts offers the possibility to use them for removing pollutants from their substrate. However, scarcely any studies have attempted to describe the profile of metal distribution among the tree organs and the wood tissues.
For that purpose, Populus tremula x Populus alba (genotype INRA 717-1B4) was exposed to two consecutives Cd concentrations (3.2 mmoles and 16mmoles Cd ) in order to better understand the cumulative effects Cd. During the treatment, the total leaf area and the diameter of the cuttings (radial growth) were measured. The net photosynthetic rate and the leaf stomatal conductance to water vapour were also measured on the last fully expanded leaf. At the end of the two stress time courses, we have determined the ion distribution in the different organs (roots, leaves and wood tissues) of young trees by ICP-OES and evaluated their effects on tree metabolism.
According to the results of our analysis, plant water contents and leaf numbers have not shown any change in both Cd application period. In the second application period, we have determined decreases in dry weights and stomatal conductance, stunted growth, chlorosis, necrosis, inhibition in photosynthesis and radial growth. No change was observed in the first period. In both periods, plant lengths and the area of ​​leaves ranged differently. For the distribution of ions in each period, Cd accumulation showed higher accumulation in roots. According to these results, we think that Populus might be a good candidate for phytoremediation, especially for phytostabilization.

 

AYAN Hakan

Tez Adı : Büyükçekmece Gölü’ndeki Bazı Ağır Metallerin Astacus leptodactylus (Eschscholtz, 1823)’ta Mevsimsel Olarak İzlenmesi

Danışman : Yrd. Doç. Dr. Simten Nerdin KUBANÇ

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı : Zooloji

Mezuniyet Yılı : 2013

Tez Savunma Jürisi : Yrd. Doç. Dr. Simten Nerdin KUBANÇ

Prof. Dr. Melike ERKAN

Doç. Dr. Nuray BALKIS

Prof. Dr. Mustafa TEMEL

Doç. Dr. Figen Esin KAYHAN

Büyükçekmece Gölü’ndeki Bazı Ağır Metallerin Astacus leptodactylus

(Eschscholtz, 1823)’ta Mevsimsel Olarak İzlenmesi

Bir yıl boyunca yürütülen bu çalışmada; Büyükçekmece Gölü’nün suyu ve sedimenti ile gölde yaşayan Astacus leptodactylus (Eschscholtz, 1823)’un kas dokularında kurşun (Pb) ve kadmiyum (Cd) ağır metallerinin mevsimsel olarak birikiminin incelenmesi amaçlanmıştır.

Bu amaç doğrultusunda Büyükçekmece Gölü’ndeki kurşun (Pb) ve kadmiyum (Cd) ağır metallerinin A. leptodactylus’ta mevsimsel olarak takibi yapılmıştır. Araştırma için kullanılan 80 istakoza ve gölden alınan numunelere kuvvetli asit çözünürleştirmesi uygulanmış metal ölçümleri ICP-MS cihazında yapılmıştır.
Çalışmada, metal birikimlerinin mevsimler arasında istatistiksel olarak önemli farklılıklar gösterdiği tespit edilmiştir (p<0.005). En yüksek Pb, Cd birikimi, göl suyu ve istakoz da ilkbaharda ölçülürken, sediment de Pb sonbaharda, Cd için ise kış mevsiminde ölçülmüştür. Ağır metal birikim sıralaması sediment>istakoz>su olarak belirlenmiştir.
Bu çalışmayla Büyükçekmece Gölü’nün sediment tabakasının Ontario Regulation’a göre herhangi bir tehlike arz etmediği görülmüştür. Tarım ve Köy İşleri Bakanlığı’nın Su Ürünleri Yönetmeliği’ne göre sucul ortamın kabul edilebilir değerler arasında olduğu ve A. leptodactylus’un kas dokularının kurşun ağır metali bakımından kabul edilebilir değerlerin üstünde olduğu görülmüştür. Dünya Sağlık Örgütü (WHO)’ne göre ise göl suyunun ağır metaller bakımından içilebilir standartlarda olduğu tespit edilmiştir.


Seasional Monitoring of Some Heavy Metals in Astacus leptodactylus

(Eschscholtz, 1823) from the Lake Büyükçekmece
This study, carried out for one year, aimed to investigate as seasonal accumulation of some heavy metals as Cadmium and Lead in water and sediment of the Lake Büyükçekmece; also in muscle tissue of crayfish Astacus leptodactylus inhabiting in the lake.

For this purpose, Lead and Cadmium was monitored seasonally in the Lake Büyükçekmece. Strong acids digestion methods were used to determined heavy metals, ICP-MS for measurement of metal contents in 80 crayfishes and samples from the lake.

As a conclusion; it is determined that metal concentrations were significantly different by seasons (p<0,005). The highest accumulation was found to be for crayfish in spring time waters, for sediment in terms of Pb in autumn, Cd in winter. Accumulations in sediment were higher comparing with crayfish in or around the water. Heavy metal concentrations were determined sediment>muscle>water.

From this study, it is found that values for sediment of the Lake Büyükçekmece are lower than the acceptable levels, according to the Ontario Regulation. In Turkey, according to the standards determined by the government, it is possible to say that the values of Cd in muscle tissues we found in our study, lower than the acceptable limits but the values for Pb we found seems higher than the acceptable limits. Considering the WHO standards, the values of the study seems to be in the intervals for the drinking water.

EROL Deniz

Tez Adı : İskemik Ön Koşullama ve Tempolün İzole Sıçan Kalbinde İskemi/Reperfüzyon Hasarındaki Rolü

Danışman : Prof. Dr. Cihan DEMİRCİ - TANSEL

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı : Zooloji

Mezuniyet Yılı : 2013

Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. Cihan DEMİRCİ-TANSEL

: Prof. Dr. Sönmez UYDEŞ-DOĞAN

: Prof. Dr. Kadriye AKGÜN-DAR

: Prof. Dr. Nazlı ARDA

: Prof. Dr. Berrak YEĞEN

İskemik Ön Koşullama ve Tempolün İzole Sıçan Kalbinde

İskemi/Reperfüzyon Hasarındaki Rolü

Tempol (4-hidroksi-2,2,6,6 tetrametil piperidin-1-oksil), biyolojik zarlardan geçebilen ve süperoksit dismutaz (SOD) taklitçisi olarak davranan, düşük molekül ağırlıklı, stabil bir piperidin nitroksit radikalidir. Yapılan çalışmalar, tempolün kardiyak hücrelerde meydana gelen apoptozu ve serbest oksijen radikallerinin üretimini ve iskemi/reperfüzyon (I/R) yoluyla meydana gelen hasar ve fonksiyon bozukluklarını azalttığını göstermiştir.

Kalbi koruyan sinyal yollarının pek çoğu, iskemik ön koşullama (IPC=Ischemic preconditioning) çalışmaları ile açıklanmaktadır. Pek çok çalışmada IPC’nin, uzun süreli iskeminin meydana getirdiği hasarı azalttığı gösterilmiştir. Bu çalışmada, izole sıçan kalplerinde tempol uygulamasının ve kısa süreli I/R yoluyla meydana getirilen IPC’nin I/R hasarındaki koruyuculuğunun araştırılması ve karşılaştırılması amaçlanmıştır.

Deney esnasında kalpler, Langendorff izole kalp sistemine in situ kanülasyon yöntemi ile asılmıştır. Kontrol, I/R ve IPC grupları için farklı zaman noktaları temel alınarak, tempol uygulanan ve uygulanmayan her biri 7 sıçandan oluşan toplam 6 deney grubu oluşturulmuş ve kardiyodinamik parametreler deney boyunca kaydedilmiştir. Deney sonunda kalpler biyokimyasal analizler için alınmış ve elde edilen veriler istatistiksel olarak değerlendirilmiştir.

İzole edilen sıçan kalplerinde; I/R’dan kaynaklanan hasarlar deney boyunca düzelmezken, IPC ve tempolün ayrı ayrı uygulanması ile perfüzyon basıncı, son diyastolik basınç, sol ventrikül içi basınç değişimi, kalp vurumu, miyokardiyal oksijen tüketiminin belirteci olan RPP, kalbin kasılabilme yeteneğinin belirlenmesinde kullanılan bir parametre olan MaxdP/dt ve kasılma indeksi parametrelerinde bir geri dönüş gözlendi. Ancak bu gruplar arasında, I/R hasarına karşı IPC uygulanan gruptaki geri dönüşün daha belirgin olduğu tespit edildi. Tempol uygulamasının ise I/R hasarına karşı kısmen etkili olduğu belirlendi.

Hücresel hasarı göstermek için kullanılan kreatin kinaz-MB düzeylerinde, I/R grubunda anlamlı bir artış varken, IPC ve tempol uygulamasında bu artış kontrol grubu değerlerine yaklaştı. Dokuda nekrozun belirteci olarak kullanılan laktat dehidrogenaz düzeyleri, I/R grubunda anlamlı bir artış gösterirken, IPC uygulamasının I/R hasarını azalttığı, tempol uygulamasının ise bir etkisinin olmadığı belirlendi. Bir antioksidan enzim olan SOD düzeylerinin, sadece tempol uygulanan grupta azaldığı, diğer gruplarda ise kontrol grubuna göre anlamlı bir artış gösterdiği tespit edildi.

Sonuç olarak, çalışmada kardiyodinamik ve biyokimyasal veriler birlikte değerlendirildiğinde, iskemi/reperfüzyon uygulamasının kalp dokusunda hasar oluşturduğu, IPC’nin bu hasarı önlemede tempolden daha etkili olduğu, tempol uygulamasının ise bu süreçte kısmen yarar sağladığı belirlenmiştir.
Role of Ischemic Preconditioning and Tempol in Ischemia/Reperfusion

Injury In Isolated Rat Heart

Tempol (4-hydroxy-2,2,6,6-tetramethyl piperidine 1-oxyl) is a stable piperidine nitroxide (stable free radicals) of low molecular weight, which permeates the biologic membranes and behaves as superoxide dismutase (SOD) mimic. Studies have shown that tempol reduces reactive oxygene species production and apoptosis in cardiac cells, as well as injuries and dysfunctions which are induced by ischemia/reperfusion (I/R).

Many signaling pathways that take place in heart protection have been demonstrated by ischemic preconditioning (IPC) studies. Numerous studies have shown that IPC reduces injury followed by prolonged episodes of ischemia. Therefore, with this study, we aimed to investigate and compare the protective effect of either tempol administration or IPC which is induced by the short-term episode of I/R on I/R injury in isolated rat hearts.

In this study, hearts were attached to Langendorff isolated heart system with in situ cannulation method. A total of six experimental groups, each containing seven rats, were formed on the basis of different time points for control, I/R and IPC groups. All groups were studied in the presence or absence of tempol administration. Cardiodynamic parameters were recorded during the experiment. At the end of experiment, hearts were taken for biochemical analysis and all data were statistically evaluated.

In isolated rat hearts, while injuries caused by I/R have not changed during the experiment, a recovery was observed with implementation of IPC and tempol separately in perfusion pressure, end diastolic pressure, left ventricular developed pressure, heart rate, RPP which is an indicator of myocardial oxygen consumption, MaxdP/dt which is a parameter used to determine the ability of contractility of heart and contractility index parameters. However, among these groups, it was observed that there was a marked recovery in the group in which IPC was applied against to I/R injuries. Also, it was determined that tempol administration was partly effective on I/R injuries.

While there was a significant increment on creatine kinase-MB levels, which are used for showing cellular injuries, in I/R groups, IPC and tempol administration resulted an increase close to the value of the control group. Levels of lactate dehydrogenase, a marker of necrosis on tissues, showed a significant increment in I/R group, but implementation of IPC reduced I/R injuries, tempol administration possessing no effect. Levels of SOD, which is an antioxidant enzyme, decreased only in tempol group, and significantly increased in other groups, compared to the control group.

As a result, when cardiodynamic and biochemical data were evaluated collectively, it is revealed that ischemia/reperfusion leads to damage in heart tissue, IPC is more effective than tempol on prevention of this damage, and tempol administration partly provides benefit.

Six new compounds were synthesized with condensation reaction of 4-amino-3-mercapto-1,2,4-triazin-5(4H)-on with coumarin-3-carboxylic acid, 3-bromo-5-iodobenzoic acid, 2-bromo-5-chlorobenzoic acid, 5-chloro-2-methylbenzoic acid, 4-chloro-3,5-dinitrobenzoic acid, and 2 ,4,6-trichlorobenzoic acid in POCl_3. Structures of the synthesized compounds are characterized by IR, ¹H-NMR, ¹³C-NMR and MS.

KARADAĞ Seda
Tez Adı : Sinirli Ot (Plantago Lanceolata L.) Bitkilerinde Mikorizanın Kuraklık Toleransına Etkisi

Danışman : Doç. Dr. Gülriz BAYÇU KAHYAOĞLU

Prof. Dr. Wolfram BEYSCHLAG

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı (Varsa) : Botanik

Mezuniyet Yılı : 2013

Tez Savunma Jürisi : Doç. Dr. Gülriz BAYÇU KAHYAOĞLU

Prof. Dr. Nazlı ARDA

Prof. Dr. Orhan KÜÇÜKER

Prof. Dr. Gül CEVAHİR ÖZ

Y. Doç. Dr. Ergül ÇETİN

Sinirli Ot (Plantago Lanceolata L.) Bitkilerinde Mikorizanın

Kuraklık Toleransına Etkisi
Bu çalışma, Rhizophagus intraradices uygulamalarının kuraklık stresi altında yetiştirilen Plantago lanceolata L. bitkisinde, bitki gelişimi, bitki beslenmesi ve strese karşı toleransındaki değişimleri ortaya koymak amacıyla yürütülmüştür.

Araştırmada, Plantago lanceolata L. bitkisine mikorizalı ve mikorizasız koşullarda ve 3 farklı düzeyde (düşük, orta, yüksek) kuraklık stresi, rastgele parseller deneme desenine göre 5 tekrarlamalı olarak uygulanmıştır. Çimlendirilen tohumlar önce plastik kasalara aktarılmış, 3 hafta sonra ise fideler 3 lt’lik plastik saksılara şaşırtılmıştır. Yaklaşık 3 aylık olan bitkilerde kuraklık stresi uygulamasına başlanmıştır.

Deney sonuçlarımızda kök kuru ağırlığı, yaprak kuru ağırlığı, toplam kuru ağırlık, yaprak boyu ve kök\sürgün oranına mikoriza uygulamasının pozitif etkisi gözlenirken yaprak alanında herhangi bir etkiye rastlanmamıştır. Kuraklık stresinin köklerde fungal kolonizasyon yüzdesi ve arbuskül miktarına herhangi bir etkisi görülmemiş ancak vesikül miktarı, yaprak sayısı ve yaprak yaş ağırlığı üzerinde etkisi olduğu saptanmıştır. Sonuç olarak, Plantago lanceolata L. bitkisinde kuraklık stresinin bitki gelişimi ve bitki beslenmesi üzerindeki olası olumsuz etkilerinin mikoriza uygulaması ile önemli derecede azaltılabileceği ve bitkinin strese daha fazla tolerans gösterebileceği sonucuna varılmıştır.

Drought Tolerance Effect of Mycorrhıza ın Plantago

Lanceolata L. (Narrowleaf Plantaın) Plants
This study was conducted to determine the effects of Rhizophagus intraradices applications on the plant growth changes, plant nutrition and stress tolerance in Narrowleaf Plantain under the drought stress.
In this research, three different drought levels (low, medium, high) were applied with mycorrhizal and without mycorrhizal conditions according to the randomized design with five replications. Germinated seeds were first sown into the plastic trays and 3 weeks later they were transfered into the 3 lt plastic pots. When the plants were approximately three months old, drought stress application was started.
In our results, we have observed that mycorrhiza applications had positive effects on the root and leaf dry weights, total dry weight, leaf lenght and root/shoot ratio, but had no effects on the leaf area. Drought stress applications had also effects on the amount of vesicles, number of leaf and leaf fresh weight but no effects on the percentage of fungal colonization of the roots and amount of arbuscules. In conclusion, by mycorrhizal applications, it might be possible to decrease the negative effects of drought stress on plant growth and plant nutrition in Plantago lanceolata L. considerably and plants may become more tolerant against drought stress.

GENİŞEL Hayriye
Tez Adı :Türkiye Florası’ndaki Acı Çiğdem (Colchicum L.) Yeni Tür Adaylarının Karakterizasyonunda ISSR Markörlerin Kullanımı

Danışman :Yard. Doç. Dr.Mine SARSAĞ GÜMÜŞ

Anabilim Dalı :Biyoloji

Programı :Botanik

Mezuniyet Yılı :2013

Tez Savunma Jürisi :Yard. Doç. Dr. Mine SARSAĞ GÜMÜŞ

Prof. Dr. Orhan KÜÇÜKER

Prof. Dr. Muammer ÜNAL

Prof. Dr. Gül CEVAHİR ÖZ

Prof. Dr. Meral ÜNAL

Türkiye Florası’ndaki Acı Çiğdem (Colchicum L.) Yeni Tür Adaylarının

Karakterizasyonunda ISSR Markörlerin Kullanımı
Colchicaceae geniş dağılım gösteren çiçekli bitkilerin bir ailesidir. Türkiye ve Balkanlar çok sayıda tür ve endemik bitkinin varlığı nedeniyle türleşmenin ve çeşitliliğin ana merkezidir. Colchicum spp. 3000 yıldan daha fazla süredir tıbbi bitki olarak kullanılmaktadır.

Colchicum türleri modern tıpta kullanılan, kolşinosinoid olarak adlandırılan terapotik olarak aktif olan alkoloidlerin kaynağıdır. Bunlar kolşisin gibi zehirli alkoloidlerdir. Kolşisin, Gut, FMF (Ailevi Akdeniz Ateşi) ve Behçet hastalıklarının tedavisinde ilaç olarak kullanılmaktadır.
Geofitler sadece tıpta değil süs bitkisi endüstrisinde de kullanılmaktadır ve birçoğu güzel çiçeklerinden dolayı süs bitkisi olarak parklarda ve bahçelerde yetiştirilmektedir.
Moleküler markörlerin, populasyonlar ile türlerin arasında veya içinde genetik çeşitliliğin belirlenmesi ve karakterizasyonunda yararlanılan kullanışlı araçlar olduğu kanıtlanmıştır. Özellikle, ISSR analizleri genetik çeşitliliği belirlemede, daha uzun baza sahip primer kullanımı ve yüksek bağlanma sıcaklığı gibi üstünlükleri ile daha belirgin ve tekrarlanabilir bant oluşumuna olanak sağlamaktadır. Bu nedenle ISSR analizi birçok bitki türünde genetik çeşitlilik çalışmalarında kullanılmıştır.
Bu çalışmada, acı çiğdem (Colchicum L.) yeni tür adayları ve bazı bilinen acı çiğdem (Colchicum L.) türleri arasındaki genetik çeşitliliği belirlemek için ISSR primerleri kullanılmıştır. Bu amaçla, 14 adet bilinen acı çiğdem türü ve 20 adet acı çiğdem yeni tür adayının genetik çeşitliliğinin belirlenmesi için 100 adet ISSR primeri kullanılmıştır. ISSR analizinde 23 primer, tümü polimorfik olan toplam 799 adet skorlanabilir bant sağlamıştır. Polimorfizm oranı %100’ dür. En yüksek bant sayısı UBC 827 primeri kullanılarak elde edilmiştir. Bu analiz ile 52 polimorfik bant meydana gelmiştir.
Polimorfik primerlerden elde edilen veriler "PHYLIP 3.69" ve "TreeView" bilgisayar programlarında analiz edilerek, türler arasındaki genetik ilişkiyi gösteren Maksimum parsimoni ve neighbour joining filogenetik ağaçları oluşturulmuştur.
Sonuçlar Colchicum türlerinin taksonomisinin tanımlanması için faydalı bir kaynak oluşturmaktadır. Ayrıca ISSR tekniğinin Colchicum türleri arasındaki ilişkilerin ve genetik çeşitliliğin değerlendirilmesi için faydalı bir yöntem olduğu gösterilmiştir.

Bu çalışma ISSR tekniği kullanılarak Colchicum türleri ile gerçekleştirilen ilk çalışmadır. Bu nedenle, ileride yürütülecek olan ıslah çalışmaları için bir temel oluşturacak potansiyele sahiptir.

Using ISSR Markers for Characterization of New Meadow Saffron

(Colchicum L.) Species Candidates in the Flora of Turkey
Colchicaceae is a family of flowering plants which shows a widespread distribution. Due to the high frequencies of species and endemics, Turkey and the Balkans are the major centers of diversity and speciation. Colchicum spp. have been used as medical plant for more than 3000 years.
The modern medicine use of Colchicum as a source of therapeutically active alkoloids called colchicinoids. These are poisonous alkoloids, named as colchicine. It has been used in the treatment of gut, FMF (Familial Mediterranean Fever) and Behcet disease as the drug.
Geophytes are used not only in medicine but also in ornamental industries. Also, many of them are grown in parks and gardens as ornamental plants due to their beautiful flower.
Molecular markers have been proved to be useful tools in the characterization and evaluation of genetic diversity either within or between species and populations. Especially, ISSR analysis has several advantages for assessing genetic diversity due to the use of longer primers with higher primer annealing temperature, which enable higher-stringency and greater band reproducibility. For this reason, ISSR analysis have been used in genetic diversity studies for many plant species.
In this study, ISSR primers have been used to assess genetic diversity among some known meadow saffron (Colchicum L.) species and new meadow saffron (Colchicum L.) species candidates. For this purpose, 100 ISSR primers were used for the determination of genetic diversity between 20 new meadow saffron species candidates and 14 known meadow saffron species. In ISSR analysis, 23 primers yielded a total of 799 scorable bands, which are all polymorphic. The percentage of polymorphism is 100%. Maximum band number was obtained by using UBC 827 primer. As a result of this analysis, 52 bands have been occured.
Maximum parsimony and neighbour joining phylogenetic trees exhibiting genetic diversity between species have been generated by the analysis of the data obtained from polymorphic primers using " PHYLIP 3.69" and "TreeView" software programs.

The results would be valuable source for identification of taxonomy of the Colchicum species. Also, it has been aimed to report the usefulness of ISSR for the assessment of genetic diversity and relationships among Colchicum species.

This is the first study focusing on Colchicum species by using ISSR technique. Therefore, it would have a potential to be a basis for breeding studies to be conducted in the future.
  

KÖM Deniz
Tez Adı : Partikül Bombardımanı Yöntemi İle Mısır (Zea mays L.) Bitkisine GenAktarımı

Danışman : Yard. Doç. Dr. Serap SAĞLAM-ÇAĞ

Doç. Dr. Selma ONARICI

Anabilim Dalı : Biyoloji

Programı : Botanik

Mezuniyet Yılı : 2013

Tez Savunma Jürisi : Yard. Doç. Dr. Serap SAĞLAM-ÇAĞ

Prof. Dr. Orhan KÜÇÜKER

Prof. Dr. Muammer ÜNAL

Prof. Dr. Gül CEVAHİR-ÖZ

Doç. Dr. Şener AKINCI